Полетам на «свободную охоту» предшествовала тщательная подготовка: по картам и фотопланшетам изучался район, расположение своих войск и сил противника, уточнялись разведданные и связь. Поиск караванов, автотранспорта и стоянок моджахедов велся на высотах 600-1200 м на скорости 600-700 км/ч. Одновременная атака производилась парами, сходу, чтобы не дать возможности боевикам использовать естественные укрытия, с последующим изменением боевого курса на 50-60° и новым заходом на цель. При обнаружении движущихся одиночных объектов по радиосвязи выполнялся запрос на командный пункт1
нет ли в данном квадрате советских войск или «демократов». В случае получения информации о том, что в квадрате своих или афганских войск нет - цель уничтожалась со второго захода, после построения контура удара. Иногда точно идентифицировать принадлежность объекта не удавалось (удаленность и горы ухудшали радиосвязь) и решение принимали экипажи. Это приводило к различным последствиям. Например, докладывали об атаке цели, которая, как позже выяснилось, оказалась автобусом с мирным населением. Другие летчики, опасаясь взысканий, умолчали о поражении неизвестного джипа - оказалось, что в нем были уничтожены американские и пакистанские военные советники, и командование армии искало «авторов» для представления к награде, которая так и не нашла своих героев... Боевая загрузка при вылетах на РУД включала авиабомбы калибра 250 и 500 кг, РБК, блоки Б-8 или УБ-32.Уже с первых же дней по штурмовикам активно применялись средства ПВО, в первую очередь стрелковое оружие и МЗА, в том числе хорошо проверенный временем ДШК. Кабина летчика на Су-25 защищена достаточно хорошо (множественные следы от крупнокалиберных пуль при осмотрах на земле обнаруживались на лобовом бронестекле и боковых бронелистах), однако уязвимыми оставались другие части самолета, в основном плоскости, так как имели наибольшую площадь поверхности. Су-25 возвращались на аэродромы вылета и с более серьезными повреждениями - в ряде случаев летчикам приходилось сажать машины на одном работающем двигателе.
В ходе операции «Каньон» в сентябре 1981 г. летчик старший лейтенант А.С. Лавренко производил атаку ЗГУ (зенитной горной установки). В результате удара цель была уничтожена, но и Су-25 получил боевые повреждения крыльевого топливного бака и проводки управления. Самолет загорелся на высоте 2500 м. Маневрируя в воздухе, летчику удалось сбить пламя и произвести успешную посадку на аэродроме вылета.
25 ноября 1981 г. штурмовик №25508101018 (предположительно бортовой №03) под управлением командира звена Г.Н. Гаруса после поражения очередью ДШК получил сквозную пробоину левого двигателя. В результате произошел отказ гидравлической системы, и производить посадку пришлось без применения механизации крыла и тормозных щитков. Самолет эвакуировали с ВПП, а после осмотра на стоянке обнаружили рваные пробоины обшивки мотогондол и шпангоутов с размером сечения от 5 до 20 см.
На следующий же день, 26 ноября, в аналогичной ситуации оказался старший лейтенант В.В. Бондаренко. После выполнения боевого задания Су-25 №25508101021 (предположительно бортовой №06) на остатках топлива, с повреждениями гидравлики и электропроводки, грозившей в любой момент возникновением пожара, благополучно вернулся на базовый аэродром. Самолет вскоре был восстановлен, но уже в первом боевом вылете после ремонта в декабре 1981 г. все тот же Бондаренко попал под еще более серьезный огонь ДШК противника. С нарушенным управлением самолета летчик начал заход на посадку. Во время выпуска шасси из-за поврежденной гидравлики внезапно самопроизвольно пошел на уборку один закрылок, при этом другой остался в прежнем положении. Штурмовик начал крениться, и лишь мастерство Бондаренко позволило произвести посадку. Однако жесткое касание привело к дополнительным повреждениям, и самолет надолго выбыл из строя.
Опасность в воздухе для Су-25 представляли не только огонь противника, но и конструктивная особенность самолета: отсутствие бустеров в поперечном канале управления. В ходе боя ситуация стремительно менялась и летчики не всегда выдерживали ограничения по максимальной скорости в 850 км/ч и перегрузке 5 единиц. В результате на таких режимах эффективность сервокомпенсаторов снижалась - вплоть до выхода их на упор и заклинивания, что приводило к недостаточной эффективности элеронов, самолет терял управление и «сваливался» в крен. Подобная ситуация, при выполнении пикирования на цель с увеличивающейся скоростью, чуть не привела к падению самолета, однако майор Г.Н. Гарус смог вывести штурмовик из опасного маневра.