В начале июля в полк прибыло пополнение: 6 самолетов с экипажами из Рязанской высшей школы штурманов и 5 новеньких ДБ-ЗФ из Воронежа. На рассвете 5 июля п-к Юханов повел звено на колонны противника под Бобруйском. Сделав два захода на цель и оставив после себя горящую технику, бомбардировщики без потерь вернулись на базу. Однако уже на следующий день полк недосчитался в боях семи экипажей. 14июляИлы покинули Сещу буквально из-под носа наступающего противника и перелетели в Судомир, откуда уже 21 июля перебазировались в Елец.
Служба полка началась на бомбардировщиках СБ
Эскадрилья гвардии майора Героя Советского Союза В.Т.Митрошина. Аэродром Лабуне, 1945 г.
Здесь полк принял группу пополнения с Дальнего Востока, возглавлял которую будущий командир полка к-н Н.А.Косихин.
Осенью 1941 г. 51-й ДБАП часто менял аэродромы: Щигры, Кирсанов, Пла-тоновка, Грязи. Принимая участие в боях на московском направлении, экипажи вылетали на бомбежки эшелонов с войсками противника на участках Вязьма-Смоленск и Смоленск-Витебск, наносили удары по аэродромам Сеща, Болбасово и Витебск. Однажды в октябре пятерка ДБ-ЗФ, воспользовавшись низкой облачностью, атаковала аэродром под Орлом, где базировалось до 80 вражеских самолетов и, оставив за собой множество пожаров, без потерь вернулась домой.
На 1 января 1942 г. в полку числилось 19 бомбардировщиков, из которых только 7 исправных, ввиду чего действия свелись к ударам одиночных самолетов и звеньев. В ночь на 2 января 6 ДБ-ЗФ ушли бомбить аэродром противника под Курском. Пока пять машин работали по стоянкам, экипаж П.А.Юрченко сбросил бомбы на ту часть авиагородка, где до войны располагался штаб родной дивизии, а в тот момент, по разведданным, находилось управление немецкого соединения. Зимой 1942 г. налеты на выявленные агентурой объекты противника выполнялись не раз. Так, экипаж Б.П.Чистова уничтожил гостиницу в Армавире, где ночевали более сотни немецких летчиков.
6 марта в связи с организацией АДД полк укомплектовали по штату военного времени новыми Ил-4. Согласно Приказу НКО №0056 от 12.03.1942 г. часть получила наименование 749-й АПДД и вошла в состав 24-й АДДД (бывшей 52-й ДБАД).
22 июня к-ну А.К.Кувшинову первому в полку присвоили звание Героя Советского Союза. Одновременно ему предоставлялся и семидневный отпуск, однако воспользоваться им Герой не успел. В ту же ночь, сменив заболевшего летчика, он вылетел на боевое задание и был сбит над целью.
Летом 1942 г. командование приняло решение о нанесении силами АДД ударов по глубоким тылам противника. Для выполнения этой задачи 9 наиболее подготовленных экипажей откомандировали на подмосковный аэродром Монино. Отсюда они приняли участие в рейде на столицу Германии, а в ночь на 30 августа - на военно-промышленные объекты Берлина, Кенигсберга, Данцига и Штеттина. Всего с 15 июля по 20 сентября летчики 749-го АПДД выполнили 90 боевых вылетов на дальние цели, сбросив 90 т бомб.
Остальные экипажи полка с аэродрома Платоновка (Тамбовская обл.) наносили удары по скоплениям войск врага на Сталинградском направлении. В октябре в часть назначили нового командира Героя Советского Союза м-ра Зайкина. В дни разгрома 6-й армии Паулюса приоритетной задачей 749-го АПДД стало уничтожение аэродромов, с которых велось снабжение окруженной группировки. Новый 1943 г. полк встретил, располагая 25 самолетами и 39 подготовленными экипажами. По завершении Сталинградской битвы часть продолжала "специализироваться" по вражеским аэродромам, а кроме того, ее целями стали железнодорожные узлы. Бомбовым ударам 749-го АПДД подверглись аэродромы: Сталине, Полтава, Мокрое, Харьков, Красноград; станции: Ростов, Брянск, Полтава, Курск, Харьков, Запорожье, Днепропетровск.
26 марта 1943 г. полку присвоили звание "гвардейский", и он стал именоваться 9-й ГвАПДД, а 24-я АДДД была преобразована в 3-ю ГвАДДД. В апреле полк перелетел в Монино, откуда начал работать по глубоким тылам врага, в частности по Кенигсбергу. В те дни ст. л-ту Б.П.Чистову как лучшему летчику полка вручили именной Ил-4 "Советское Приморье"*.
14 мая в полк назначили нового командира - гв. майора А.И.Аверьянова, а через 6 дней часть включили во вновь формируемую 7-ю ГвАДДД. 30 июня гвардейцы перебазировались в Мигалово под Калининым, откуда наносили удары по дальнобойным батареям противника в Пулково, снабжали белорусских партизан, вели разведку в интересах командования Ленинградского фронта. За успешные бомбардировки и фотографирование позиций немецкой осадной артиллерии гв. к-н Ф.Ф.Кошель был представлен к званию Героя Советского Союза.