С целым комплексом проблем пришлось столкнуться таганрогским конструкторам при создании системы пожарного оборудования Бе-200. В частности, опыт эксплуатации гидросамолетов, а также испытания крупногабаритных динамически подобных моделей показали, что наибольшие нагрузки на днище лодок, угловые колебания по тангажу, вертикальные перемещения центра масс и вертикальные перегрузки возникают на режиме глиссирования по водной поверхности в диапазоне скоростей 0,6-0,85 от взлетной. Для Бе-200 решили разработать систему, позволяющую набирать воду на скоростях глиссирования 0,9-0,95 от скорости взлета, что позволяло проводить эту операцию быстрее, вне зоны наибольших нагрузок, экономить топливо, ресурсы двигателей и конструкции самолета. Для испытания системы была создана летающая лаборатория Бе-12П-200 (регистрационное обозначение RA-00046). Работы по ней велись под руководством Генерального конструктора Г.С.Панатова и его первого заместителя А.В.Явкина, ведущим конструктором стал Ю.Г.Дурицын. Кроме системы забора и сброса воды, для новой амфибии на Бе-12П-200 отрабатывалась методика борьбы с лесными пожарами.
После развала СССР проект Бе-200 не был закрыт, более того, необходимость создания амфибии была подтверждена соответствующим Постановлением Правительства Российской Федерации от 17 июля 1992 г. Но начавшиеся проблемы с бюджетным финансированием существенно осложнили развертывание серийного выпуска самой машины и ее многочисленных комплектующих. Как метко заметил Г.С.Панатов: «В то время деньги считали все, поскольку их ни у кого не было». Помимо Иркутска, новую амфибию предлагали для производства авиазаводам в Киеве, Харькове и Омске, но только на ИАПО проявили осторожную заинтересованность. После детального ознакомления с разрабатываемой машиной руководство ИАПО приняло решение о принятии Бе-200 к производству. Решающую роль в этом сыграл тогдашний Генеральный директор предприятия Г.Н.Горбунов. Он первым поверил в Бе-200 и, взвесив все «за» и «против», твердо заявил: «Будем делать таганрогскую амфибию!». Пошел навстречу ТАНТК в финансовых вопросах и сыграл не меньшую роль в судьбе Бе-200 В.А.Богуслаев – Генеральный директор запорожского ОАО «Мотор Сич», где серийно выпускаются двигатели.
Поскольку привлечение зарубежных инвестиций в предприятия «оборонки» напрямую было делом очень сложным, то для производства и продаж Бе-200 решено было создать закрытое акционерное общество «БЕТАИР». Кроме ТАНТК, в него вошли ИАПО, швейцарская финансовая группа ILTA Trade Finances SA и украинский Промышлен- но-инвестиционный банк. Генеральным директором «БЕТАИРа» стал В.А.Кобзев. Чтобы ускорить запуск Бе-200 в серию, было решено строить опытные машины на ИАПО по серийной технологии. Экземпляры для статических (№7682000001, «изделие СИ») и ресурсных (N"7682000004, «изделие РИ») испытаний были доставлены из Иркутска в Таганрог на борту Ан-124 в марте 1995 г. и августе 1997 г. соответственно. Первую летную машину (заводской N97682000002) в противопожарном варианте заложили в 1992 г., а ее испытания планировали начать в 1995 г. Однако на сроки выполнения работ самым негативным образом отразился общий кризис отечественной экономики, сказавшийся на положении ТАНТК и ИАПО. В итоге Бе-200 выкатили из сборочного цеха только 11 сентября 1996 г., а подготовить к первому вылету смогли лишь через два года.