Когда Македония входила в состав СФРЮ, существовала единая Народная Армия Югославии, которая в качестве базы своих ВВС и ПВО в регионе использовала аэропорт Петровец (Petrovec), расположенный в 20 км на юго-восток от македонской столицы Скопье (Skopje). Там постоянно базировалась 98-я авиабригада ВВС, в состав которой входили 241-я и 247-я истребительно-бомбардировочные эскадрильи, оснащенные, соответственно, истребителями- бомбардировщиками J-22 Orao и J-21 Jastreb, и 354-я разведывательная эскадрилья с оснащенными специальным оборудованием IJ-21. В Петровце базировались также самолеты общего назначения А-66 и вертолеты SA-341H Gazelle-HERA производства компании SOKO. В те времена Петровцу отводилась большая роль в защите южных районов Югославии от опасности, которая грозила им с востока, где располагалась Болгария – страна Варшавского договора, и с юга – от Греции, являвшейся членом НАТО.
8 сентября 1991 г. состоялся референдум, на котором жители Македонии проголосовали за независимость, а 17 ноября парламент республики принял Конституцию, согласно которой эта страна была провозглашена суверенным, независимым и демократическим государством, имеющим собственные Вооруженные Силы. 21 февраля 1992 г. Президент страны Киро Глигоров подписал договор, по которому войска Югославской Народной Армии должны были покинуть территорию Македонии до 15 апреля. Федеральная армия выполнила условия договора даже ранее назначенного срока – последний югославский солдат покинул землю Македонии 27 марта 1992 г. Практически все вооружение уходящая армия вывезла в Сербию. В Македонии осталось лишь несколько единиц легкой военной техники, принадлежавшей подразделениям Территориальной обороюны. Перелетело из Петровец на сербские аэродромы и более 35 самолетов. После масштабного конфликта, начавшегося в 1991 г. в Боснии и Герцеговине. Совет Безопасности ООН объявил эмбарго на поставки вооружений всем бывшим республикам Югославии, что значительно замедлило развитие Вооруженных Сил Македонии.
10 июня 1992 г. официально было объявлено об образовании Военно-воздушных сил Македонии, которые первоначально назывались Военно-воздушными силами и Войсками ПВО Армии Республики Македония. Они стали одними из самых молодых ВВС в Европе. С первого дня существования их главной авиабазой стал Петровец – самый большой в стране военно-гражданский аэродром.
Изначально ВВС Македонии уделяли большое внимание поддержанию должного уровня квалификации своих пилотов. Для этого использовались восстановленные UTVA-66, которые федеральная армия бросила разбитыми в аэропорту Куманово (Kumanovo), и четыре легких самолета UTVA-75A21. арендованных у Авиационной ассоциации Македонии. Однако после того, как в 1993 г. в Македонии катастрофа двух больших лайнеров унесла жизни 197 пассажиров, одной из важнейших задач государства стало оснащение ВВС страны вертолетами для проведения поисково-спасательных операций и оказания срючной медицинской помощи. Несмотря на эмбарго, в течение 1994 г. ВВС Македонии приобрели у частной российской компании, работавшей в Чехии, 4 вертолета Ми-17. Эти машины, оборудованные для проведения гражданских операций, были покрашены в белый цвет и несли как гражданские, так и военные обозначения. Эмбарго удалось обойти, переведя приобретенные вертолеты в разряд -медицинского оборудования-. Получив их, ВВС Македонии организовали 301-ю эскадрилью транспортных вертолетов (301.TRHE). Затем, после приостановки действия эмбарго, эти Ми-17 были перекрашены и получили только военные обозначения.
Обучение летчиков ВВС Македонии вышло на качественно новый уровень в 1995 г.. когда у Чехии были приобретены четыре двухместных тренировочных самолета Zlin-242L. Эти машины первыми вошли в состав 101-й авиационной эскадрильи (101.АЕ). Получив их, ВВС Македонии решили вернуть UTVA-75A21 прежнему владельцу. Один UTVA-66 оставался в составе ВВС вплоть до августа 2001 г., после чего был передан в аэроклуб города Битола (Bitola).