Интенсивное использование индийских машин продолжалось в январе 1962 г. Повстанцы, среди которых было немало хорошо подготовленных наемников, стали маскировать свои объекты, так что часто индийским летчикам приходилось прибегать к помощи авианаводчиков. К тому же, погода, и так не баловавшая экипажи в этих краях, порой становилась просто непредсказуемой. Сильная многослойная облачность с верхней границей до 12 км, грозы и ливни, видимость в которых мгновенно становилась нулевой.
После январских боев военная активность повстанцев быстро сошла на нет. Индийские авиаторы продолжали вести фоторазведку и наблюдение за жизненно важными коммуникациями и объектами. Только в марте 1962 г. самолеты 5-й эскадрильи вернулись в Агру.
В начале осени все эскадрильи IAF были приведены в состояние полной боевой готовности в связи с пересечением границы китайскими войсками в районе Тибета. Трехмесячный конфликт обошелся без применения ударной авиации. Единственными «Канберрами», поучаствовавшими в нем, стали разведчики PR.57, выполнившие с 13 октября по 11 ноября 22 вылета с общим налетом более 50 ч.
А вот во второй индо-пакистанской войне «Канберрам» пришлось поучаствовать довольно интенсивно. Уже 6 сентября 1965 г. бомбардировщики нанесли удар с высоты 9100 м по пакистанским аэродромам Равалпинди и Саргодха. Поднявшиеся наперехват «Старфайтеры» попытались их достать уже на обратном пути, но система предупреждения о радиолокационном облучении Orange Putter, установленная на «Канберрах», своевременно оповестила экипажи об угрозе. Уклонившись от встречи с истребителями, все машины вернулись в Агру.
На следующий день в боевые действия включилась 16-я эскадрилья с авиабазы Калайкунда на востоке Индии, совершив пробный налет на аэродром Читтагонг в Восточном Пакистане (ныне – Бангладеш), где базировались «Сейбры» 14-й АЭ пакистанских ВВС. Рано утром две «Канберры», каждая вооруженная парой 454-кг бомб и пушечным контейнером, зашли на цель на малой высоте со стороны Бенгальского залива с интервалом 10 минут. Ведущий сбросил свой груз в точке пересечения двух ВПП, но бомбы не взорвались. Второй экипаж отработал более эффективно – бомбы угодили в одну полосу и повредили ее. Обе «Канберры» благополучно вернулись на аэродром, преследуемые «Сейбрами». Не успев перехватить индийские самолеты в воздухе, «Сейбры» атаковали Калайкунду, уничтожив две «Канберры» на земле. Чуть позже пакистанские истребители повторили налет и уничтожили еще пару«Канберр». Пакистанская сторона заявила о повреждении еще 14 бомбардировщиков, но индийцы этого не признали. Причина столь серьезных потерь объяснялась отсутствием возможности для рассредоточения авиатехники на аэродроме Калайкунда.
Эскадрилью перебросили на западный фронт, на авиабазу Барили. Начиная с 17 сентября, вместе с 5-й эскадрильей из Агры экипажи наносили удары по пакистанским аэродромам Чак Джумра, Аквал и Саргодха.
Боевое применение индийских «Канберр» не всегда наносило ощутимый урон противнику по нескольким причинам. Получаемые разведданные нередко были неточными. Использовалось много старых бомб (в основном, времен Второй мировой войны), значительное количество которых не взрывалось. Кроме того, определенные трудности вызывали полеты ночью, из-за чего впоследствии действия бомбардировщиков были перенесены, в основном, на дневное время.
Первые потери в воздухе индийские «Канберры» понесли в ночь на 15 сентября. По данным ACIG Group, два B(l).58 были сбиты ракетами AIM-9B «Сайдвиндер», выпущенными пакистанскими истребителями F-104 и F-86. Эти потери в индийских источниках не упоминаются. По официальным индийским данным, за время конфликта истребителям противника удалось сбить лишь одну «Канберру» – 21 сентября во время отражения ночного рейда на Саргодху «Старфайтер» провел удачную атаку, используя УР «Сайдвиндер». Индийскому пилоту удалось катапультироваться, он попал в плен, а штурман погиб. По версии, изложенной в книге Барри Джонса English Electric Canberra and Martin B-57, во время низковысотного полета пилот отключил систему «Оранж Паттер», т.к. из-за отражавшихся от близкой земли РЛ-сигналов в его наушниках назойливо звенел зуммер. После выхода из атаки и подъема на высоту летчик забыл включить «Оранж Паттер», что и погубило экипаж. Атаку истребителя они не заметили, и первый же пущенный «Сайдвиндер» поразил самолет.