По состоянию на начало 2014 г., в России для региональных авиасообщений использовались 30 самолетов Як-42, входивших в парк пяти эксплуатантов, в т.ч. «Саратовские авиалинии» располагали девятью такими лайнерами, «Газпромавиа» – семью, «Грозный Авиа» – шестью. Однако почти все эти авиакомпании вынашивали планы замены Як-42 на другие типы. В других постсоветских странах этот процесс уже практически завершен. До недавнего времени такие самолеты еще летали в авиакомпаниях Украины и Казахстана. Однако по состоянию на 31 марта 2014 г. в реестре гражданских воздушных судов Украины Як-42 уже не значатся. Согласно справочнику JP airlines fleets 2013/14, в Казахстане числится 8 лайнеров этого типа (из них 4 – на хранении).
Нужно отметить, что Як-42 оказался одним из самых безопасных пассажирских самолетов. После катастрофы 28 июня 1982 г. с лайнерами этого типа произошло еще 7 тяжелых летных происшествий, однако все они были связаны с навигационными и пилотажными ошибками экипажей или неправильными действиями наземных служб. Сам самолет больше не подводил ни разу.
Пожалуй, наибольший резонанс получили две катастрофы. 26 мая 2003 г. Як-42Д (UR-42352, зав. № 4520421811395) авиакомпании «Украинские Средиземноморские линии», выполнявший чартерный рейс из Бишкека в Сарагосу, врезался в гору при промежуточной посадке в турецком аэропорту Трабзон. Погибли 62 испанских военнослужащих, возвращавшихся из Афганистана, и 13 членов экипажа. Комиссия, расследовавшая катастрофу, пришла к выводу, что она стала следствием потери экипажем понимания текущей ситуации, нарушения требований, установленных РЛЭ самолета и схемой захода на посадку, выполнения неточного захода на посадку, неправильного использования автоматизированных систем управления полетом, отсутствия должного уровня подготовки и снижения ниже установленной высоты снижения для данного района.
7 сентября 2011 г. Як-42Д (борт RA- 42434, зав. № 4520424305017) авиакомпании «Як Сервис» разбился при взлете рядом с аэропортом Туношна в Ярославской области. На борту находились 8 членов экипажа и 37 пассажиров – команда ярославского хоккейного клуба -Локомотив», летевшая на игру в Минск. Выжили только двое: хоккеист Александр Галимов и бортинженер Александр Сизов, Специалисты МАК пришли к выводу, что к трагедии привели несогласованные действия экипажа. Непосредственной причиной катастрофы были названы непроизвольные нажатия на тормозные педали во время разбега самолета, сделанные командиром либо вторым пилотом. Этот случай вызвал проверку парка Як-42 в ряде авиакомпаний, после чего эксплуатация самолета была возобновлена.
Остался в истории Як-42 и целый ряд других происшествий, которые, к счастью, не привели к человеческим жертвам. Так, в сентябре 1986 г. во время антитеррористических учений МВД был ненамеренно поврежден Як-42 (борт СССР-42536, зав. №22204251823), выпущенный на СмАЗ. Из-за применения дымовых гранат загорелась обшивка кресел, пожар удалось потушить, но самолет вышел из строя. МВД должно было выплатить компенсацию за потерю действующего самолета. В декабре 1986 г. лайнер передали ММЗ -Скорость», но не восстанавливали и через почти полтора года списали. В дальнейшем его использовали как пожарный тренажер в Быково, а в 1997 г. утилизировали.