Отмечалось, что на тот момент на линиях Аэрофлота находились 77 самолетов Як-42, которые базировались в следующих управлениях ГА: УГАЦ (аэропорт Быково – 12 машин), Приволжское (аэропорты Саратов – 11 бортов, Казань – 6), Украинское (Донецк – 8, Львов – 7), Северо-Кавказское (Краснодар – 9, Волгоград – 9), Литовское (Вильнюс – 12), Центр ОГА СЭВ (Ульяновск – 3). Самолеты на тот момент выполняли полеты в более чем 70 аэропортов страны. За рассматриваемый период суммарный налет парка составил около 385000 ч, было совершено около 250000 полетов и перевезено более 21 млн. пассажиров. Средний годовой налет Як-42 по парку достиг 1730 ч, а у отдельных лайнеров 2300 ч, что, по мнению авторов доклада, практически соответствовало уровню «лучших зарубежных самолетов Б-737-300, Б-727-200». Исправность парка за рассматриваемый период в среднем составила 70%, что выше установленных МГА нормативов. Относительно высокий удельный вес простоев по доработкам Як-42 был связан с внедрением мероприятий по доводке систем и узлов самолета, направленных на повышение его надежности и расширение эксплуатационных возможностей.
В документе отмечалось, что большая работа проводилась по повышению надежности систем механизации крыла, шасси и управления стабилизатором. Для предотвращения причин проявившихся отказов системы управления стабилизатором разработанные мероприятия были выполнены во всем парке. До проведения доработок существовало требование: перед каждым полетом производить проверку перекладки стабилизатора на пи кирование и кабрирование. В результате на земле удалось выявить 3 отказа. В полете отказов не было. В эксплуатации произошли случаи невыпуска предкрылков (один в 1986 г. и несколько в 1987 г.), случаи невыпуска закрылков, отказы в системе выпуска спойлеров, что повлекло за собой необходимость доработок. Были случаи неуборки шасси. Левинских признавал, что ОКБ допустило просчеты в разработке конструкции и технологических процессов по спойлерам, предкрылкам, закрылкам, системе управления шасси, и это привело к доработке указанных систем уже в процессе эксплуатации.
После развала Советского Союза произошел распад Аэрофлота. На базе его территориальных управлений было создано большое количество новых, зачастую мелких авиакомпаний, к которым и перешла часть парка самолетов Як-42. На его эксплуатации сказалось общее снижение объема авиаперевозок в условиях резкого повышения цен на билеты.
Тем не менее, Як-42 оставался востребованным, не в последнюю очередь благодаря своей экономичности. Например, в России такие лайнеры использовал целый ряд авиакомпаний, в т.ч.: «Авиалинии Кубани», «Саратовские авиалинии», ЮТэйр, «Як-Сервис», «Грозный- Авиа», «Газпромавиа». Среди украинских эксплуатантов можно отметить: «Донбасо, -Крым», «Львовские авиалинии». Як-42 также оказались в парке авиакомпаний Армении, Грузии, Казахстана, Киргизии, Латвии, Литвы. Молдавии и Туркменистана.
В начале 2000-х годов в России в качестве оператора Як-42 выступила лизинговая компания «Авиатехнология». В 2002 г. в ее собственности числилось почти 30 Як-42, которые сдавались авиаперевозчикам в эксплуатационный лизинг. Прошедшие доработку Як-42 с установленными звукопоглощающими панелями удовлетворяли требованиям Главы 3 ИКАО по шуму, что позволяло эксплуатировать их на международных линиях без ограничений. Заказчиками «Авиатехнологии» стали авиакомпании «Алания», «Карат» и «Самара», которые использовали эти самолеты для регулярных и чартерных рейсов как внутри России, так и в зарубежные аэропорты (например, «Самара» осуществляла чартерные программы на линиях в Турцию и на Кипр).
По данным на начало 2011 г., сотня Як-42 находилась в парке 35 российских авиакомпаний. Наиболее крупными эксплуатантами на тот период являлись «Кубань» и «Саратовские авиалинии». Однако в последние годы Як-42 испытывает растущую конкуренцию со стороны пассажирских самолетов иностранного производства, вытесняющих российскую авиатехнику. Так, в 2013 г. ЮТэйр вернула все Як-42 арендодателю – компании «Тулпар Эйр». К 2013 г. в гражданской авиации России эксплуатировались 44 самолета Як-42 и Як-42Д (по другим данным – около 50).
Тем не менее, в 2013 г. Як-42 продолжали выполнять значительный объем работы в своем сегменте. По итогам того года среди основных реактивных самолетов на региональных авиалиниях РФ наибольший объем пассажирооборота оказался у самолетов CRJ100/200 (1,9 млрд. пасс-км), второе место у Як-42 (1,7 млрд. пасс-км), третье – у Ан-148 (893 млн. пасс-км). При этом надо учитывать, что и CRJ, и Ан-148 – самолеты существенно меньшей размерности, а «сто сорок восьмых» в то время было еще и в четыре раза меньше, чем Як-42.