Внешне самолет отличают относительно большие обтекатели аппаратуры сверху фюзеляжа и под центропланом, а также обтекатели меньшего размера на левом борту перед крылом. Снизу фюзеляжа перед крылом устроен оптический люк. По обоим бортам добавлены датчики разных приборов, под каждым полукрылом установлены по 3 пилона для подвески небольших контейнеров с датчиками. 14 ноября 2013 г. были завершены приемо-сдаточные испытания самолета, после чего его передали заказчику
ОКБ Яковлева разработало немало проектов модернизации Як-42, которые остались нереализованными. Например, к таковым относятся все грузовые, десантно-транспортные и санитарные варианты. Уже в аванпроекте 1972 г. предусматривалось создание транспортного самолета с боковой грузовой дверью размером 2050х 2200 мм, десантного самолета на 99 десантников, а также санитарного на 60 коек и трех медработников. Интересно, что в начале 1973 г. в ОКБ, наряду с макетами пассажирского Як-42, демонстрировался полноразмерный макет хвостовой части грузового варианта. Средний двигатель располагался над фюзеляжем, который имел расширенную хвостовую часть с грузовой рампой.
В 1974 г. МГА выработало «Техническое задание на грузовой вариант ближнего магистрального самолета Як-42». В следующем году ОКБ разработало проект грузо-пассажирского Як-42 с прямым крылом для перевозки грузов массой до 15 т. На левом борту был устроен открываемый вверх грузолюк размером 2050x3200 мм или 2050x2200 мм. Грузы должны были перевозить спакетированными на поддонах типа I и II ОТТ-3-72, а также россыпью. Под полом размещались 8 стандартных контейнеров типа Боинг-727. Герметичный грузовой отсек имел обогрев. В чисто грузовом варианте в нем помещалось 8 поддонов. В грузопассажирском – в задней части вместо трех поддонов устанавливались 36 кресел. В этом варианте самолет мог взять, кроме пассажиров, 11,5 т груза. Грузопассажирский Як-42 мог оснащаться убираемым лыжным шасси в расчете на эксплуатацию с необорудованных аэродромов удаленных районов СССР.
В 1975 г. на базе лайнера с прямым крылом был подготовлен проект рампового транспортного самолета, получившего обозначение Як-42Т. Машина имела новую хвостовую часть фюзеляжа и двухкилевое оперение. Средний двигатель размещался над фюзеляжем на пилоне. Основные опоры шасси убирались в крыльевые гондолы по типу туполевских машин.
Позднее проект был переработан и получил обозначение Як-44. Его максимальную взлетную массу подняли до 60 т, а грузоподъемность – до 20 т. Основные опоры шасси стали убирать в центроплан поворотом к фюзеляжу. Предусматривалась возможность эксплуатации машины с грунтовых аэродромов. Для удобства погрузочно-разгрузочных работ задумывалось «приседание» самолета на 480 мм.
После 1987 г. ОКБ разработало на базе Як-42Д еще несколько проектов транспортных машин. Так, в официальной истории ОКБ указано, что «была разработана конструкторская документация конвертируемого варианта Як-42АК, предусматривающего возможность перевозки крупногабаритных грузов, для чего был спроектирован люк размером 3200*2000 мм. Большая работа проведена по проектированию санитарно-транспортного варианта самолета (ЯК-42СТ)».
Куда больше осталось нереализованных проектов пассажирских вариантов. Так, уже в 1975 г. прорабатывался проект Як-42А с удлиненным фюзеляжем на 138 мест.
В 1982 г. в ОКБ появился документ, озаглавленный «Як-42М. Пассажирский самолет на 150 мест. 1982 г.». В частности, в нем было указано, что модернизированный самолет с тремя двигателями Д-36 повышенной тяги «предназначен для перевозки 150 пассажиров на авиалиниях протяженностью до 2500 км». Увеличение числа пассажиров получено за счет удлинения фюзеляжа на 4,2 м.
В последующие годы было разработано еще несколько проектов под тем же обозначением Як-42М. Например, в 1984 г. ОКБ выпустило Техническое предложение на разработку Як-42М на 156- 168 мест, оснащенного тремя двигателями Д-436 со взлетной тягой по 7500 кгс. За счет вставок перед крылом и за ним фюзеляж удлиняли на 4,68 м. Взлетная масса возрастала до 65 т. Согласно техническому предложению по Як-42М 1987 г. удлиненный самолет пассажировместимостью 150-168 человек предусматривалось оснастить крылом уменьшенной до 120 м² площади (у серийного лайнера 150 м