Кроме того, для повышения регулярности полетов на самолете установлена система автоматического управления САУ-42-01 (взамен САУ-42), снабженная автоматом управления тягой, которая обеспечивает посадку в сложных метеоусловиях по II категории ИКАО. Для сокращения времени экстренного снижения самолет оборудовали системой выпуска спойлеров в воздухе (до этого их выпускали только на земле, сразу после касания ВПП). Вспомогательную силовую установку ТА-6В заменили на ТА-12, отличавшуюся большей высотностью запуска. Обеспечили выпуск закрылков в дополнительные промежуточные положения 10 и 30 градусов, что позволяло получить наилучший градиент набора высоты в случае отказа одного двигателя и ухода на второй круг при высоких температурах наружного воздуха.
На левом борту установили увеличенную входную дверь (1700x850 мм вместо 1500x700 мм). В пассажирском салоне разместили унифицированные кресла, детские люльки, закрытые багажные полки, буфетно-кухонное оборудование для обеспечения пассажиров горячим питанием.
На двигателях Д-36 и на ТА-12 установили звукопоглощающие конструкции для снижения шума в салоне и на местности. Крейсерскую высоту полета увеличили до 9600 м, что давало некоторую экономию топлива.
В декабре 1992 г. был построен опытный образец Як-42А (борт RA-42423, зав. № 4520424216606, серийный № 09-13). Работами руководили С.А. Андреев и А.Г. Рахимбаев. В силу изменившихся экономических условий Як-42А серийно не строился. Летом 2006 г. САЗ передал заказчику этот единственный Як-42А с салоном, переоборудованным в VIP- вариант (из соображений сертификации на борту осталось обозначение Як-42Д).
Большинство изменений, внесенных в конструкцию и оборудование Як-42А, было позже использовано при доработках и модернизации серийных Як-42Д (за исключением увеличенной двери, которая так и осталась только на одном экземпляре). Кроме того, чтобы обеспечить полеты Як-42 в европейском регионе по правилам, вступившим в силу с 2000 г., на самолет стали устанавливать навигационную спутниковую систему, систему предотвращения столкновения в воздухе TCAS II, улучшенные интерьеры салонов, в том числе бизнес- и эконом-класса. В 2001 г. Як-42Д с указанными доработками прошел летные испытания и был сертифицирован Авиарегистром МАК.
В ноябре 1993 г. А. Г. Рахимбаев выступил в журнале-Гражданская Авиация» со статьей «Як-42-100». В ней, в частности, отмечалось, что основным отличием самолета, созданного на базе Як-42Д, является новое пилотажно-навигационное и радиосвязное оборудование американской фирмы Allied Signal. На лайнере также установлена система автоматического управления САУ-42-02. Используются пассажирские кресла с регулируемым наклоном и встроенными столиками, багажные полки закрытого типа, предусмотрена кислородная система для пассажиров с выпадающими в случае разгерметизации масками.
Получение дополнения к сертификату летной годности планировалось на первый квартал 1994 г., после чего предполагалось начать серийную постройку Як-42- 100 на САЗ. Обозначение Як-42-100 носил борт СССР-42424, который, в частности, экспонировался на МАКС-95. Летом следующего года этот экземпляр, уже в окраске компании «ЛУКОЙЛ», появился в Англии под обозначением Як-142.
Популярным стало переоборудование Як-42 в самолеты с VIP-салонами. Более 30 машин были приобретены организациями и компаниями для перевозки корпоративных пассажиров. В том числе такими самолетами обзавелись «ЛУКОЙЛ», «Газпромавиа», «Росвооружение», МЧС, правительство Татарстана.
Салоны этих самолетов рассчитаны на перевозку от 20 до 40 пассажиров, включая главного пассажира и сопровождающих его лиц. Каждый такой «Як» имел индивидуальную компоновку салонов. Например, на борту RA-42368 оборудован изолированный салон главного пассажира, два салона сопровождения 1-го класса по 8 мест каждый, салон сопровождения улучшенного экономического класса на 30/24 мест. Самолет был оснащен пятиканальной аудио-видеосистемой для развлечения пассажиров в полете, спутниковой телефонной связью, доступом к Интернету во время полета.
Борт RA-42427 был переоборудован для перевозки 35 пассажиров, которые размещались в 4-местном купе главного пассажира, VIP-салоне на 11 мест, а также салонах бизнес- и экономклассов на 8 и 12 мест соответственно. Салоны разделялись раздвигающимися дверями. На борту как на земле, так и в полете действовали высокоскоростная линия Интернет, спутниковая телефонная связь с 3 номерами и факсимильная связь. Две внешние видеокамеры позволяли пассажирам получить больше впечатлений от полета.