Почти параллельно шли испытания трофейных немецких машин. Конечно же, лучшим среди них был истребитель Me 262. Он развивал у земли 780 км/ч и разгонялся до 850 км/ч на высоте 7000 м. Для набора 5000 м ему требовалось всего 4,2 мин. В акте ГК НИИ ВВС об окончании испытаний «Мессершмитта» было написано следующее: «... Ходатайствовать перед СНК Союза ССР о постройке серии самолетов Ме-262 без всяких изменений в одноместном и двухместном вариантах, с целью быстрейшей подготовки летного состава строевых частей ВВС Красной Армии и исследования вопросов аэродинамики, связанных с большими скоростями полета».
Командующий ВВС А.А. Новиков и замнаркома авиапромышленности П.В. Дементьев обратились к Сталину с предложением о серии Me 262 и получили поддержку. Производство хотели организовать на заводах в Москве и Саратове. Но Яковлев был против. В своих воспоминаниях он написал, что в разговоре с «вождем» решительно возражал против запуска в серию Me 262, «потому что это плохой самолет, сложный в управлении и неустойчивый в полете, потерпевший ряд катастроф в Гзрмании. Если он поступит у нас на вооружение, то отпугнет наших летчиков от реактивной авиации. Они быстро убедятся, что это самолет опасный и к тому же обладает плохими взлетно-посадочными свойствами. Я заметил также, что если будем копировать «мессершмитт», то все внимание и все ресурсы будут мобилизованы на эту машину и мы нанесем большой ущерб работе над отечественными реактивными самолетами». Несмотря на это, решение о производстве «мессера» не отменили. Однако промышленность вопрос, как тогда говорили, «заволокитила», и производство все-таки не началось.
Тем временем И-300 продолжал летные испытания. 7 мая он совершил второй полет, через 4 дня — третий. Самолет достиг высоты 2000 м и скорости 550 км/ч. Гринчик отмечал хорошую поперечную устойчивость самолета. Путевая устойчивость была недостаточной, истребитель в полете немного вело вправо. При изменении тяги двигателей, при уборке и выпуске шасси нарушалась продольная балансировка, и летчику приходилось все время работать триммером руля высоты. При оборотах ТРД 6500 об/мин летчик ощущал неприятный «зуд».
В полете 13 мая начали проявляться недостатки трофейных ТРД и конструкции истребителя. Оба двигателя недодавали тяги, а левый работал неустойчиво. На высоту 5000 м И-300 поднялся за 5 мин. Во время выполнения площадки на скорости 550-560 км/ч самолет начало трясти, летчик ощутил биения ручки управления и педалей, истребитель начал рыскать. По мере увеличения скорости тряска прекратилась. В последующих полетах тряска, неустойчивость по направлению и «зуд» стали постоянными спутниками летчика. 17 мая тряска обнаружилась даже при газовках двигателей на земле.
Главным виновником всех неприятностей были двигатели и вибрирующие панели теплозащиты. Конструкторы боролись с недостатками всеми доступными в аэродромных условиях средствами: подтягивали крепления ТРД, как могли усиливали теплозащитный экран, увеличивали число «жабр», изменяли угол установки стабилизатора. Все эти меры принципиально проблему не решали, требовалась серьезная доработка. Список необходимых изменений был следующим: заострить заднюю кромку элеронов, установить эластичную подвеску двигателей, уменьшить ход триммера руля высоты, усилить тепловой экран.
На доработки ушло 12 дней. 4 июня Гринчик вновь поднялся в воздух. Сначала тряска не проявлялась, но после 550 км/ч все началось сначала и даже в большем масштабе. После посадки выяснилось, что виновником был все тот же экран, крепление которого ослабло. Полеты пришлось прекратить.
На следующий день в ОКБ собрался научно-технический совет, на который пригласили начальника НИИ-1 академика М.В. Келдыша и специалистов из ЦАГИ. Келдыш считал, что причина тряски кроется в неудачной компоновке. Он посоветовал отправить второй экземпляр для подробного исследования в ЦАГИ и сделать новый проект истребителя — с двигателями под крылом. Ведущий конструктор Карев не соглашался и предлагал усилить жесткость конструкции экранов. Микоян решил дать зеленый свет всем предложениям. И-300 «Ф-2» отправили в ЦАГИ, конструкторам ОКБ было дано задание проработать новый проект, а экраны первого экземпляра стали переделывать.
5 июня постановлением Совмина СССР истребитель И-300 получил обозначение МиГ-9.
17 июня состоялся очередной полет. Гринчик отметил, что увеличение жесткости экранов пошло на пользу, и тряска исчезла. Тем не менее, работу над улучшением конструкции не прекращали. В июле к силовому набору хвостовой части, к которому крепился экран, добавили несколько шпангоутов.