Чтобы укрепить свои позиции, в том числе в Италии, Франц Иосиф в 1855 г. пошел на заключение конкордата с римско-католической церковью. Это соглашение стало явным отступлением от йозефинистских принципов религиозной политики, которых — хоть и не в столь радикальной форме, как при Иосифе II — Габсбурги, несмотря на свой строгий католицизм, придерживались на протяжении всей первой половины XIX века. Теперь были вновь расширены права церкви в сфере образования, особенно начального, и гражданского законодательства (в первую очередь семейного права). Церковь вновь, как в эпоху барокко, становилась государством в государстве: светские власти отказались от какого-либо контроля за перестановками в церковной иерархии и взаимоотношениями австрийской церкви с Римом. Австрия стала одним из самых клерикальных государств Европы.
Конкордат с Римом ничуть не помог Францу Иосифу в итальянских делах: политический авторитет Пия IX по сравнению с 40-ми гг. заметно снизился, а влияние Сардинии, выступавшей в роли лидера Рисорджименто (объединения Италии), наоборот, быстро возрастало. Консервативно-репрессивная политика Габсбургов в Ломбардии и Венеции вела к тому, что к концу 50-х гг. их власть в этих провинциях основывалась исключительно на силе штыков армии Радецкого. После ухода старого полководца ее возглавил человек гораздо менее способный — «паркетный генерал» граф Дьюлаи, представитель той части венгерской аристократии, которая была лояльна австрийскому дому. Эрцгерцог Максимилиан, пытавшийся наладить диалог между властями и населением, заслужил на севере Италии репутацию либерального, доброжелательного, но связанного Веной по рукам и ногам правителя. К концу 1858 г. он понял, что все его усилия тщетны. «Я нахожусь здесь в роли осмеянного пророка, — с горечью писал Максимилиан матери, — который теперь на каждом шагу должен выслушивать то, что сам столько раз повторял глухим» и которого нынче — только для того, чтобы скрыть истинные причины, — осыпают упреками. Как будто я и только я... являюсь источником всех здешних бед». Нетрудно было догадаться, кого эрцгерцог подразумевал под «глухими». 20 апреля 1859 г., приняв решение о новой войне с Сардинией, Франц Иосиф отозвал брата с поста ломбардо-венецианского наместника.
К тому времени Наполеон III и сардинский премьер-министр Кавур заключили тайное соглашение, согласно которому Франция обязалась прийти на помощь Сардинии в случае столкновения с Австрией. Однако хитрый Бонапарт продолжал уверять австрийцев, что наметившееся охлаждение между Веной и Парижем совсем не соответствует его воле и настроениям Франции. Наполеон усыпил бдительность Франца Иосифа, который ошибочно полагал, что ему придется воевать лишь с неоднократно битой и не слишком опасной Сардинией. Более того, император совершенно напрасно рассчитывал на то, что Пруссия прикроет его на Рейне — в случае, если Франция все-таки решится на враждебные действия.
21 апреля австрийский посол в Турине вручил Кавуру ультиматум с требованием отвести пьемонтскую армию от границ Ломбардии. Сардиния оставила это требование без ответа, и с 27 апреля обе страны находились в состоянии войны. Шесть дней спустя Наполеон III обратился к французскому народу с призывом помочь итальянцам в борьбе с «австрийской тиранией». Пруссия молчала. Франц Иосиф слишком поздно понял, что ввязался в крупную авантюру.