В эти «классы» ежегодно поступали шесть-восемь лучших офицеров — выпускников корпуса. Сначала был установлен двухгодичный срок обучения, однако убедившись в том, что для изучения всех необходимых наук этого времени явно недостаточно, был добавлен 3-й год обучения. В этом учебном заведении преподавали такие выдающиеся ученые, как Буняковский и Ленц, Остроградский и Савич, Салов и Устрялов. Общеизвестно, что Николай I очень тепло относился к кадетскому корпусу. Он неоднократно посещал его и ставил в пример другим учебным заведениям. Воздавая должное уровню подготовки будущих моряков, император мысленно представлял русские корабли, бороздящие воды многих морей мира и, быть может, эта постоянная опека корпуса и привела к тому, что офицерские классы, преобразовавшиеся затем в Морскую академию, были названы в честь этого императора. Прошли годы. Корпус приобрел популярность, и не только в России. Обилие дисциплин требовало наличия немалого количества преподавателей.
Немало средств уходило и на практические плавания на учебных судах. Именно поэтому с 1835 г. в стенах этого заведения начали учиться и так называемые «своекоштные воспитанники». С них взималась плата за обучение, которая составляла 850 рублей ассигнациями в год.
В 1842 г. бразды правления корпусом перешли в руки не менее известного морского офицера, можно сказать, одного из представителей морской и военной династий, контр-адмирала Н. П. Римского-Корсакова. Он, в свою очередь, расширил программу летних практических занятий. Год спустя был утвержден герб корпуса: под короной двуглавый орел с распростертыми крыльями, щит с символикой и надписью и перекрестье якорей. 15 декабря 1862 г., когда наступил 100-летний юбилей корпуса, император преподнес ему в дар знамя.
В середине XIX в. неудачи в Крымской войне и необходимость преобразования парусного флота в паровой и броненосный потребовали коренных преобразований в системе подготовки морских офицеров.
В 1861 г. новым командиром корпуса был назначен В. А. Римский-Корсаков. Программа летнего плавания была еще более увеличена. Появилось много новых выдающихся педагогов, привлеченных из других ведомств. Для учебных классов было закуплено самое современное оборудование, а на учебной батарее установили орудия новейших образцов. Черты внешней муштры постепенно уступили место воспитанию в учащихся большей самостоятельности. Римского-Корсакова сменил капитан первого ранга Епанчин. Затем адмирал Арсеньев. В 80-е гг. Морской корпус переименовали в Морское училище, однако к 1891 г. старое название было возвращено. Кроме того, был установлен 6-летний курс обучения, а воспитанники разделены на шесть рот, причем из четырех старших составлен батальон. Таким стало строевое подразделение, а учебное составляло шесть классов. Из них было три класса общих и три специальных. В 1896 г. Вторая по старшинству рота получила звание младшей гардемаринской.
Наступил XX век. Командиром корпуса был назначен известный в ту пору контр-адмирал Г. Н. Чухнин, а количество воспитанников увеличено до 750 человек (1902). Русско-японская война внесла значительные изменения в систему подготовки. Теперь в корпус можно было поступать не только в младшие классы — общий и специальный, но также и в средний и старший — общеобразовательные. Минимальный же возраст поступления был установлен 14 лет.
Кого же стали принимать в корпус в этих новых условиях? К сдаче экзаменов стали допускать детей, чьи родители принадлежали всем сословиям христианского вероисповедания и имели высшее образование. Кроме того, допускались и дети дворян, священнослужителей христианских вероисповеданий, офицерских и гражданских чинов VIII класса, окончивших одно из средних учебных заведений. Брали также детей, чьи родители принадлежали к магометанскому вероисповеданию. Причем в каждом таком случае требовалось Высочайшее разрешение.
Курс общих классов был увеличен до объема реальных или коммерческих училищ, а гардемаринов трех специальных классов в служебном отношении можно было сравнить с юнкерами военных училищ.
В эти годы стали еще больше внимания уделять занятиям гимнастикой, прививать любовь к спорту. Вводились занятия трудом. Был улучшен и стол воспитанников. Что же касается специальных дисциплин, то их число и значимость самого курса еще более возросли. Так, например, в зимнее время в отдельных классах ввели морскую тактику и основные сведения по морской стратегии. Из курса законоведения была выделена военно-морская администрация. Установлен курс морской гигиены и подачи первой помощи в бою и при несчастных случаях во время морской службы, а военно-морская истории была заменена курсом истории военно-морского искусства.