Секретаря Гаагского трибунала на четырехлетний срок назначал также Генеральный секретарь ООН. Согласно сложившейся практике, это был юрист из Голландии. В обязанности Секретариата, помимо административных и финансовых вопросов, входили техническое обеспечение работы следствия и суда, связи с общественностью и журналистами, организация службы безопасности, службы переводов, защиты жертв и свидетелей. Всего в Международном трибунале, включая технический персонал, работали около 1200 человек из почти 80 стран мира. Среди обслуги МТБЮ были представители России.
Кроме того, есть сведения и о других источниках финансирования. Так, еще в 2001 г. появилась информация о том, что МТБЮ получил значительные средства от отдельных правительств, частных фондов и корпораций в нарушение статьи 32 его Устава. Основная часть средств поступала от правительства США наличными (!) или в виде подарков компьютерного оборудования. Так, в 1994-1995 гг. США предоставили 700 тыс. долл. и оборудование на 2,3 млн. долл. В том же году Институт открытого общества – Фонд Сороса предоставил 150 тыс. долл. Аналогичные пожертвования были сделаны Фондом Рокфеллера, корпорацией «Тайм-Уорнер». Кстати, Фонд Сороса финансировал не только Трибунал, но и главную газету Армии освобождения Косово. Трибунал получал поддержку от Коалиции за международную справедливость, созданной и финансируемой опять же Соросом, а также от Института права для Центральной и Восточной Европы, созданного Американской ассоциацией адвокатов, и юристами, сотрудничающими с правительством США для преобразования юридической системы бывших социалистических стран. Таким образом, «вызов карьеры» работников Трибунала как и выносимые ими решения хорошо оплачивались, что является еще одним доказательством ангажированности этого института.
И все же главной фигурой МТБЮ являлся не Председатель, а прокурор Трибунала. Именно от него во многом, если не во всем, зависела судьба обвиняемых. Широко известный афоризм: «Некомпетентный прокурор может затянуть передачу дела в суд на месяцы или годы, а компетентный – на гораздо более длительный срок» – как нельзя лучше подчеркивает высокий профессионализм гаагских обвинителей.