После начала военной агрессии против СССР проблема Русской Православной Церкви попала в сферу интересов важнейших нацистских ведомств – Партийной канцелярии, РСХА, Министерства занятых восточных территорий и МИД Деятельность Министерства церковных дел отошла на второй план, на оккупированные территории СССР его вообще не допустили Следует отметить, что РКМ при этом осталось верно прежнему курсу, в основном благожелательному к русскому православию, проявляя в этом направлении большое упорство.
При всей первоначальной внешней разнице национал-социалистической и советской (1920-1930-х гг) религиозной политики между ними было много общего Это сходство подтверждается на примере области Вартегау, которая в 1939 г стала своеобразным «испытательным полигоном» для нацистских церковных экспериментов Как и в СССР, там были закрыты монастыри, вся религиозная деятельность низводилась до уровня немногочиотенных приходских общин и т. д.
Реальная религиозная политика германской оккупационной администрации также имела много общего с довоенной советской. В своем приказе от 16 августа 1941 г. шеф РСХА Гейдрих приказывал подразделениям полиции безопасности и СД постоянно сообщать о развитии ситуации в церковно-государственных отношениях на оккупированной части СССР, а также проявлял большой интерес к сохранению Московского антирелигиозного музея Изучение опыта движения воинствующих безбожников в советской России казалось правительству III Рейха очень полезным.
В III Рейхе, так же как и в СССР, религиозным организациям, в частности РПЦЗ, уделяло внимание высшее руководство страны, в том числе Сталин и Гитлер лично В некоторых деталях совпадала нацистская и советская религиозная политика на контролируемых территориях за пределами собственных стран Например, в генерал-губернаторстве в 1939–1944 гг. германские ведомства стремились противопоставить лояльную, как им казалось, РПЦЗ оппозиционной и преследуемой Католической Церкви И во второй половине 1940-х гг новые власти Польши отчасти действовали подобным образом Как и Сталин, Гитлер в годы войны, опасаясь раскола в обществе и дестабилизации режима, старался избегать явных антицерковных акций.
Однако в СССР вождь был способен, если того требовали обстоятельства, на кардинальное изменение позиции в религиозном вопросе, что оказалось совершенно неожиданно для властей III Рейха В СССР невозможно было и представить такого различия позиций и открытой борьбы различных ведомств по вопросам церковной политики, какие существовали в III Рейхе.
В советской идеологии полностью отсутствовали элементы характерной для национал-социализма расовой теории, которую нацистские идеологи всячески старались привнести в церковную сферу. Почти все руководители III Рейха (в отличие от советских) были мистически, псевдорелигиозно ориентированы и уделяли этому существенное внимание.
С конца 1930-х гг. немецким правительством разрабатывались и планы создания «новой религии» Об одном таком проекте, вероятно, добытом американской разведкой, упоминалось в официальном заявлении президента США Рузвельта от 28 октября 1941 г. В 1939 г другой детальный, поэтапный, рассчитанный на 25 лет «План национал-социалистической религиозной политики» разработала служба рейхсляйтера Розенберга В этом документе говорилось о необходимости через 25 лет ввести обязательную для каждого гражданина нацистскую религию В случае осуществления этого плана традиционные конфессии, в том числе и РПЦЗ на территории Германии, ждала бы печальная участь Во всех европейских странах, где утвердились авторитарные режимы, в том числе в Германии и России, христианские ценности рассматривались в качестве важнейшего составного элемента национальной идеологии и культуры Однако Церкви и сами верующие не сумели воспрепятствовать установлению указанных режимов.
Положение РПЦЗ в период господства национал-социализма в Германии можно охарактеризовать как борьбу за выживание В то же время имели место случаи сотрудничества церковных организаций и нацистских властей на разных уровнях Несмотря на крайне сложное положение, в котором оказалась РПЦЗ в фашистской Германии, на протяжении всего периода существования этого тоталитарного режима она оставалась одним из немногих островков нравственности, опорой внутреннего сопротивления тоталитарной идеологии и этики В суровых, порой жесточайших условиях РПЦЗ сумела выстоять Расчеты немецких ведомств использовать ее в своих целях не оправдались.
Неожиданно для нацистов на оккупированных территориях начался бурный, стихийный процесс церковного возрождения Как только советские войска отступили в глубь страны, на оставленных землях произошел настоящий «религиозный взрыв» – за несколько месяцев открылись сотни православных храмов Они стали центрами возрождения русского национального самосознания.