Батоги ещё с Навигацкой школы были чуть ли не единственным воспитательным средством в то грубое, торопкое время. Традиционно передавалось битие от поколения к поколению, видоизменялось разве что в формах. В каждом классе за порядком наблюдал «дядька». В обязанность ему вменялось «иметь хлыст в руках; а буде кто из учеников станет бесчинствовать, оным хлыстом бить, несмотря какой бы ученик фамилии ни был». Жестоко наказывался и тот, «кто поманит», то есть кто будет потворствовать. К числу наказаний причислялось и такое: «Сечь по два дни нещадно батогами, или по молодости лет вместо кнута наказывать кошками». За преступления тяжкие гоняли шпицрутенами сквозь строй и после этого оставляли по-прежнему в учении.
Дикая грубость нравов не щадила и учителей, которые «были поведения не совсем одобрительного». В случае загула их сажали в «трубную» — сарай, где хранились противопожарные инструменты и помпы, и «ставили в буй». Так назывался неподъёмный комель толстой сосны, к нему приковывали один конец цепи, а другой оканчивался ошейником, запиравшемся на шее виноватого.
И царь, и подчинённые ему доброхоты вырастить желали семя крепкое, устойчивое ко всяким невзгодам. Но получалось всё как-то шиворот-навыворот, шло сикось-накось.
Великому преобразователю ни сил, ни времени не хватало, чтоб до всего докопаться, порядок навести. Хорошее начинание по мере исполнения начинало вихлять из стороны в сторону, как колесо, терявшее ступицы, и останавливалось, совсем развалившись.
На содержание Морской академии отпускалась половина суммы, раньше расходуемой на Навигацкую школу. Однако и эти деньги из казны поступали неисправно. А нужны они были не только на жалованья, но и для обустройства верхнего этажа, не имевшего печей. Один год академия вообще не получила ни копейки. Как-то, уже на последнем году жизни, Пётр заглянул в заведение, им учреждённое, да чуть рассудка от гнева не лишился. Разузнал и о жалованье с недоимками, о том, что топить нечем, увидел худо одетых учеников, каких хоть на паперть выпускай за подаянием, лекции послушал, удивился, что одни воспитанники в здании академии живут, другие в магазинах на Адмиралтейском острове между Фонтанкой и Невой ютятся, и, перебесившись, начал наводить воинский порядок.
Учеников разделили на шесть бригад, по пятьдесят человек в каждой. Над всеми в строевом отношении поставил гвардейского офицера, названного «командиром морской гвардии». В помощники также из гвардии послал двух офицеров и двух сержантов и несколько старых солдат — «дядек». Приказал занятия начинать зимой и осенью в седьмом часу, а весной и летом — в шестом. После умывки и завтрака все собирались в залу для молитвы, потом разводились по классам, рассаживались по своим местам «со всяким почтением, возможною учтивостью, без всякой конфузии, не досадя друг другу». В классах ученики должны были «никакого крика и шума не чинить и особенно не проводить время в разговорах».
Он же зачислил в комплект гардемаринов с ружьями, приравняв их к Преображенскому и Семёновскому полкам. Гардемарины при Петре составили роту по образу гвардейской со всеми бывшими в то время чинами. Для обучения воинским экзерцициям приставил к ним нескольких «солдатских» офицеров. Опричь того гардемарины осваивали артиллерийские и инженерные науки, рисование, фехтование. Обязанности Пётр определил Морским уставом: «В бой как солдаты, в ходу как матросы». Лето они проводили на судах, а зиму в Петербурге и Кронштадте.
В академии установился постоянный караул из одного офицера и восемнадцати учеников, по трое от каждой бригады. Дозор ночью ходил по дворам и вокруг здания, в определённое время бил зорю.
Преподаватели тоже обязывались являться вовремя и «обучать всему, что их чину принадлежит, со всяким прилежанием и лучшим разумительнейшим образом». Для изучения кораблестроения ученики ходили в Адмиралтейство, где присматривались к ремеслу.
Стала практиковаться и посылка геодезистов Морской академии в Сибирь. Они участвовали в описи России и составили географический атлас, за что некоторым из них уже дочь Петра Елизавета пожаловала потомственное дворянство.
Из Морской академии с1717по 1725 год вышло 147 мичманов, 4 корабельных секретаря, 61 унтер-лейтенант и 3 лейтенанта. Чин мичмана в то время не был офицерским. Первыми мичманами стали два брата Мусиных-Пушкиных, Степан Малыгин, Алексей Чириков, Алексей Нагаев, Семён Мордвинов, Воин Римский-Корсаков, чьи имена увековечились на российских картах в истории российского флота.
Но с кончиной Петра Россия потеряла великого монарха, а русские моряки — отца и благодетеля...
После Петра судьба России попала в руки жестоких, тупых остерманов и биронов, невежественных проходимцев, коим щедро раздавались высокие военные и гражданские чины, титулы, доходные места. Флот, как и дом без хорошего хозяина, приходил в упадок, а вместе с ним и все его заведения. Подстрекаемые то французами, то англичанами соседи России — немцы на западе, шведы — на севере, турки на юге — стремились отнять петровские завоевания.