На брустверах разместили четырнадцать шестифунтовых орудий. С этих пор, а именно с 18 мая 1704 года, когда ещё шумела ледяная шуга, ворочались игольчатые заструги и рассыпались в прах под весенним теплом, форт окрестили крепостью, сначала назвали Кроншлоссом, а вскоре переименовали в более ёмкое и боевитое Кроншлот.
В первый гарнизон Пётр отрядил полк Тимофея Трейдена, ему же дал должность коменданта форта и наказал: «Содержать сию цитадель, с Божьей помощью, аще случится, до последнего человека... Если неприятель захочет пробиться мимо, не стрелять, когда подойдёт ближе. Стрельбою не спешить: но при выстрелянии последней пушки первая была бы паки готова, и ядер даром не тратить...» Словом, приказывал вести непрерывную прицельную стрельбу, прикрывая перекрёстным огнём южный фарватер. Северный же — извилистый и каменистый — считался непроходимым для судов.
Как и ожидалось, с чистой водой не замедлили появиться шведы. 9 июля 1704 года Трейден доносил коменданту Санкт-Петербурга Роману Брюсу: «Пришло к острову неприятельских судов с тридцать, да при них мелких не малое число...» Эскадра вице-адмирала де Пру с месяц осаждала крепость, высаживала десант, но взять её не смогла.
В январе 1705 года генерал Майдель пришёл из Финляндии с сильным отрядом через замерзший залив. Замыслил генерал смело. Ночью, в страшную стужу, хотели перебить русских как кур, но по «недогадливости проводника» сбились с дороги, долго блуждали по льду, продрогли до чёртиков, а когда вышли к Котлину, их уже не ждали.
Пётр поручил адмиралу Корнелию Крюйсу усилить оборону Котлина и Кроншлота. Крюйс передал приказание своему сыну «взметать» батарею на мысу южного берега — её прозвали «Ивановской», а Фёдору Толбухину — на западной косе, которая стала именоваться «Толбухинской». Кроме того, адмирал распорядился закрыть фарватер плавучими рогатками. Ох, нелегко давались солдатикам такие распоряжения. Орудия приходилось тащить по гатям в болотистом лесу, под комариный звон и духоту торфяной гнили.
4 июня 1705 года горизонт заслонили паруса шведского флота. Самонадеянный Карл XII послал семь линейных кораблей, шесть фрегатов и столько же вспомогательных судов. Фрегаты подошли к самым рогаткам и тут попали под меткий огонь батарей. Линейные корабли контр-адмирала Спарре устремились к косе. Под прикрытием своих орудий тучи шлюпок и ботов нацелились на самое, как им казалось, уязвимое место. Первая сотня рослых усатых гренадер побежала по мелководью с ружьями наперевес. Толбухин малость помешкал, подпустил поближе да и врезал картечью. Гренадеры в панике кинулись назад, опрокидывая лёгкие десантные судёнышки.
На другой день шведы подвергли русские батареи бешеному артиллерийскому огню. У русских было мало крупных орудий, ядра шестифунтовых пушек до цели не долетали. Шведские же бомбардирские корабли, стоя в глубине боевого порядка, хоть и редко, но доставали защитников крепости. Одна бомба упала на палубу галеры «Святой Пётр», но не взорвалась, зато другая попала в форт и «разорвалась таково, что весь Кроншлот затрясся», — доносил Крюйс.
Не добившись успеха, шведы отошли. Недостатки русской обороны стали видны даже рядовым защитникам. Мелкий калибр орудий — раз. Слабая защита косы — два. И нет никаких укреплений на северном берегу пятнадцатикилометрового в окружности острова. Так что шведы сохранили надежду взять Котлин.
Но и защитники крепости не мух ловили. Из Петербурга пришли большие пушки, мортиры и гаубицы. Их установили там, куда нацеливался неприятель. Вторая, Толбухинская, батарея могла теперь стрелять по южному и северному фарватерам.
Попытка овладеть крепостью 10 и 14 июля шведам не удалась. Тогда через три недели они начали решающий штурм. Двадцать четыре вымпела подошли к острову, полукругом охватили косу с севера, запада и юга. Канонада не смолкала пять часов. Русские солдаты укрывались от огня за камнями и в траншеях, а молодые канониры учились стрелять быстро и точно. В полдень к северному берегу косы ринулся десант — более полутора тысяч человек. Подойдя к мели, атакующие попрыгали со шлюпок в воду, но у самой косы глубина неожиданно увеличилась. Адмирал Анкаршерн, ломая пальцы, видел, как захлёбывались и тонули его солдаты. А кто выбирался на берег, тотчас попадал под ружейный и картечный огонь. В тот день шведы потеряли около тысячи человек. В плен сдались три капитана, четыре поручика и шестьдесят рядовых.
После этого побоища шведы уже не решались подходить к Котлину, поняв, что московиты на этом острове утвердились прочно и навсегда, как и их северная столица.
Теперь Крюйс мог приступить к более капитальному и долговременному строительству. На косе возвели крепостное укрепление в память Александра Невского — Александр-шанц, редут с сорока пушками.
Через два года на котлинском рейде состоялись торжества, до которых царь был всегда охоч. Фёдор Матвеевич удостаивался звания генерал-адмирала, на флагманском корабле впервые взвился флаг высшего командира военного флота России.