В самом конце жизни Франклин взялся за выполнение одной из своих последних общественных миссий — морального крестового похода против рабства. Это помогало ему смыть одно из немногих темных пятен его жизни, отданной борьбе за свободу. На протяжении большей части XVIII века рабство было тем институтом, против которого выступали немногие белые. Даже в славившейся духом братства Филадельфии рабовладение набирало силу вплоть до 1760 года, когда доля рабов в городском населении достигла почти десяти процентов. Однако взгляды на эту проблему начали постепенно изменяться, особенно после призывов, прозвучавших в Декларации независимости, и нескольких довольно неуклюжих компромиссов в тексте Конституции. Джордж Мейсон из Виргинии, несмотря на то что сам владел двумя сотнями рабов, на конституционном съезде назвал институт рабства «вредным» и заявил: «Все хозяева рабов являются мелкими тиранами, навлекающими гнев небес на страну». Взгляды Франклина также эволюционировали. Он, как мы уже знаем, долгое время держал в доме одного или даже двух рабов, а будучи молодым издателем, печатал объявления о продаже людей. Но еще в 1729 году он издал одно из первых произведений, направленных против рабства, а позднее присоединился к сторонникам доктора Брея, открывавшим в Америке школы для черных. Дебора записала своих чернокожих слуг в одну из таких школ. После этого Франклин заявил о своей «крепнущей вере в природные способности черной расы». В написанных им в 1751 году «Наблюдениях о росте народонаселения» он резко критиковал рабство, но главным образом с экономической, а не с моральной точки зрения. Выражая симпатию филадельфийскому аболиционисту Энтони Бенезету в 1770-х годах, он соглашался, что ввоз новых рабов должен быть немедленно прекращен, но ослабил свою поддержку безоговорочной отмене рабства словами о том, что она должна произойти «в свое время». В качестве дипломатического агента Джорджии в Лондоне он защищал право этой колонии иметь рабов. Но в написанной в 1772 году статье «Дело Сомерсета и работорговля», как и в нескольких других, утверждал: один из самых тяжелых грехов Британии в отношении Америки заключается в том, что она «навязала» ей институт рабовладения.
Трансформация взглядов Франклина достигла своего апогея к 1787 году, когда он возглавил Общество Пенсильвании за отмену рабства. Его члены попытались убедить его подать петицию против рабства Конституционному конвенту, но, понимая необходимость достижения деликатных компромиссов между Севером и Югом, он предпочел не поднимать этот вопрос. Однако после конвента стал открыто высказываться на эту тему.
Одно из соображений против немедленной отмены рабства, которое до поры до времени разделял и Франклин, заключалось в том, что было бы практически неосуществимо и небезопасно освободить сотни тысяч взрослых рабов и попытаться сделать их членами общества, к жизни в котором они не готовы (в 1790 году из четырехмиллионного населения Соединенных Штатов почти семьсот тысяч составляли рабы). Поэтому филадельфийское Общество не только занималось пропагандой отмены рабства, но и старалось помочь рабам стать добропорядочными гражданами. «Рабство является таким жестоким унижением человеческой натуры, что само его искоренение, если оно не будет выполнено с должным тщанием, иногда может стать источником многих серьезных зол, — писал Франклин в ноябре 1789 года, обращаясь к населению от имени членов Общества. — Несчастный, с которым долгое время обращались как с грубым животным, слишком часто не соответствует общепринятым представлениям о человеческом существе. Цепи, сковывающие его тело, сковывают также его умственные способности и чувства к окружающим людям». Как это характерно для Франклина, он представил обществу подробный план и процедуры «улучшения условий освобождения чернокожих». План предусматривал создание комитета из двадцати четырех человек, разделенного на четыре подкомитета: