На следующий день советская авиация выполнила в общей сложности 571 вылет и отчиталась о 4 потопленных баржах и 2 катерах. Противник подтвердил потерю в районе Тамани баржи N601 (238 тонн). Скорее всего, ее потопили не флотские, а армейские Ил-2 из 103-го ШАП. 230-я ШАД выполнила 68 вылетов и потеряла один Ил-2, сбитый зенитной артиллерией. «ЛаГГи» из 249-го ИАП в конце сентября в основном по-прежнему занимались тактической разведкой и аэрофотосъемкой, лишь время от времени их привлекали к ударам по наземным целям и прикрытию войск. Отметим, что если весной и в начале лета полк использовал «смешанную» матчасть, одновременно воюя на ЛаГГ-3 и Ла-5, то осенью вторых в его составе больше не числилось.
Целями штурмовиков из 214-й ШАД снова были позиции немецких войск перед фронтом 9-й армии (в районе Старотитаровской, Вышнестеблиевской и Ахтанизовской). Выполнив 118 вылетов, в том числе 80 штурмовиками, дивизия потеряла 4 самолета. Ил-2 № 6165 младшего лейтенанта Киселева и сержанта Кайбанова из 622-го ШАП был сбит огнем с земли и упал в районе Вышнестеблиевской. Ил-2 № 9754 младшего лейтенанта Борзова и старшего сержанта Матвеева из 190-го ШАП был подбит истребителем и разбился в ходе аварийной посадки на своей территории (отбито крыло и хвост). Летчики отделались травмами и вернулись в часть. Еще один Ил-2 младшего лейтенанта Иванова и старшего сержанта Козлова также был поврежден истребителями, но дотянул до своего аэродрома. Однако при посадке штурмовик зацепил колесом автомобиль-автостартер и потерпел аварию. Козлов при этом погиб. Одноместный Ил-2 младшего лейтенанта Ильина из 502-го ШАП также был разбит во время аварийной посадки на своем аэродроме.
Люфтваффе действовали ограниченно, в основном прикрывая переправы через Керченский пролив. В конце месяца действиям авиации мешала опять испортившаяся погода. 29 сентября 4-я воздушная армия выполнила 218 вылетов, а 30 сентября – 196. При этом штурмовики в воздух не поднимались вовсе.
«В четвертый раз предпринятая атака успеха не имела»
На протяжении всей операции командование 17-я армии очень боялось, что противник предпримет крупномасштабное наступление на одну из промежуточных позиций, а также начнет наносить массированные авиаудары как по плацдарму, так и по переправам. Был большой риск возникновения хаоса и паники на финальной стадии эвакуации. Однако, к немалому удивлению немецких генералов, ничего подобного не последовало. Хотя штаб СКФ регулярно отчитывался о «смелых и решительных» атаках против немецких арьергардов, по данным противника, только в ночь на 1 октября была предпринята по-настоящему мощная атака на фронте 97-й егерской и 98-й пехотных дивизий. Но и она была успешно отражена с большими потерями для нападавших.
В 20.00 по берлинскому времени 1 октября начался отход с «Малой готической головы». Первой на южном фланге оставила позиции 19-я румынская пехотная дивизия, которая одновременно являлась и последней союзнической частью, еще остававшейся на Кубани. Утром 3-го числа румыны вышли к месту посадки и к полудню 5 октября в полном составе уже находились на западном берегу пролива.
4-я воздушная армия и ВВС ЧФ за 2 октября выполнили 412 вылетов, в основном на атаку наземных и надводных целей. Флотские летчики отчитались о 8 потопленных транспортах и 7 поврежденных (не подтверждается).