Впоследствии Михаил Черняев вспоминал о тревожных моментах после взятия Ташкента: «Несколько дней после взятия штурмом Ташкента, когда стотысячная армия населения его едва успела в знак покорности выдать оружие (конечно не все), а я стоял с отрядом у одних из ворот города, не решаясь расположиться внутри его стен, из опасения попасть в западню, бухарский эмир, Музафар с громадным скопищем занял Ходжент, сдавшийся ему без сопротивления. Оттуда он прислал мне письмо, в котором напоминая, что не только Ташкент принадлежал его предкам, но и Россия до Владимира Святого была им подвластна, требовал немедленного отступления от города, грозя в противном случае истребить всех до последнего. Положение маленького отряда (1100 человек пехоты с 85 ранеными на руках) между стотысячным населением, только что покорившимся и таким же почти многочисленным бухарским скопищем, было поистине трагическим. Так как почты и телеграфа там в то время не было, то послав нарочного за две тысячи верст в Оренбург к генерал-адъютанту Крыжановскому с просьбой задержать бухарских купцов, по возвращении их с Нижегородской ярмарки, для того чтобы воспрепятствовать «ндраву» эмира разыграться над теми из нас, кто попадет в его руки, я призвал в свой лагерь аксакалов (старейшин) и влиятельных лиц вновь покоренного города. На мой вопрос, знают ли они о прибытии ко мне бухарского посольства, они отвечали утвердительно, а на вопрос, известно ли им содержание письма эмира, они отговорились незнанием, но я был уверен, что, если не всем, то некоторым из них и это было известно. Так как при малочисленности отряда обложить город, имеющий оборонительную стену в двадцать четыре версты не было никакой возможности, то сношения жителей с бухарцами могли происходить беспрепятственно. Я приказал переводчику прочесть вслух письмо эмира и видел, как по мере чтения постепенно лица большей части слушающих принимали выражение ужаса. Им хорошо было известно по многочисленным опытам прошлого, что победы и даже посещения наследников калифов сопровождаются всегда крайними неприятностями не только для самих правоверных, но и для их жен и дочерей. Таким образом судьба города очутилась между двух огней. Как угадать, на чьей стороне останется победа? К кому пристать? Я вывел их из затруднения, объявив, что пойду навстречу бухарцам и если успех будет на моей стороне, то все останется по-старому. Если же я буду разбит, то мой им совет броситься на меня с тылу, чтобы приобресть расположение эмира. До решения же, чем борьба кончится, я потребовал заложить камнями все ворота и не впускать никого в город, а равно и не выпускать из него. Они мгновенно взялись за бороды, прокричали «ля иллями иль алла» и обещали в точности исполнить все им сказанное, в чем я ни на минуту не сомневался. Эмир же, получив мой ответ на свое письмо, повернул из Ходжента на Коканд».
Когда ситуация успокоилась, офицеры расселились в уцелевших домах, солдат поместили в казармах Кокандского гарнизона. Сам Черняев и его штаб расположился в уцелевшем при пожаре здании внутри цитадели.
Всех погибших при штурме Ташкента похоронили в братской могиле недалеко от Камеланских ворот города. Позднее на месте захоронения была поставлена часовня.
С аксакалами Черняев подписал договор, который зачитывали жителям на базаре глашатаи-джарчи. В договоре объявлялось, что жители Ташкента должны соблюдать все прежние законы и предписания, установленные мусульманской религией. Немедленно отменялось лишь рабство и торговля людьми. Все рабы освобождались и становились свободными. Кроме этого, все население города на год освобождалось от податей и налогов – ход весьма популярный, хотя и дорогостоящий. Для поддержания порядка была оставлена старая полиция.
Затем Черняев постарался завоевать расположение ташкентцев. Он пришел в дом к главе мусульман города, поклонился в знак уважения и заявил:
– Я вступил в город, не собираясь препятствовать старейшинам управлять делами Ташкента, как прежде, и не буду вмешиваться в религиозную жизнь!
Черняев в одиночку разъезжал по улицам и базарам, говорил с простыми людьми и даже принимал пиалу чая от случайных людей. Открытость и добросердечие Черняева и его солдат, их великодушие не могли не покорить многих из тех, кто прежде представлял русских чуть ли не людоедами.