Старейшины преподнесли генерал-майору прекрасный бриллиант, а за выдающееся мастерство полководца, которое позволило русским захватить их город столь малыми силами, дали почетное прозвание «Лев Ташкента». Сын убитого в сражении под Ташкентом предводителя кокандских войск Алимкула поднес Черняеву саблю своего отца и поклялся никогда больше не воевать с русскими. Затем старейшины города поднесли старинный щит с пространной, но знаковой надписью: «Вы не покоритель, а истинный избавитель от азиатских деспотов. Вы кротким отеческим управлением, говорили они далее, «дали нам понять, что ежели и есть на этом свете счастие, то счастие это заключается в том, чтобы быть подданными Великого Русского Царя и иметь над собою такого начальника, как Вы, достойнейший Михаил Григорьевич. Сказанное нами не лесть, а святая правда, которую говорят Вам 100 тысяч ташкентцев, испытывающих ныне истинное благополучие под вашим мудрым правлением. В такое короткое время Вы успели внести значительные улучшения в нашем быту. К Вам каждый из нас имеет доступ во всякое время, и Вы всегда с кротостью и терпением выслушиваете наши жалобы, по которым каждый из нас без задержки получает удовлетворение. Не будучи ташкентцем нельзя понять и оценить того бескорыстного к Вам уважения и любви, какой Вы пользуетесь между нами».
Некоторое время Черняеву пришлось в окрестностях Ташкента вести борьбу с мелкими вооруженными группами сторонников бухарского эмира под руководством некого Рустамбека. Однако затем тот был разгромлен и бежал. После этого как в окрестностях города, так и в самом Ташкенте стало спокойно. А вскоре жители города обратились к представителям русских властей, прося о присоединении Ташкента к Российской империи.
В начале июля в Петербург был послан инженер-поручик Александр Макаров с двенадцатью золотыми ключами, поднесенными Черняеву жителями Ташкента. Император Александр II был чрезвычайно доволен столь блестящей победой. За взятие города Черняев был награжден бриллиантовой шпагой с надписью: «За взятие Ташкента» и орденом Святой Анны 1-й степени. Все отличившиеся офицеры тоже были достойно вознаграждены. Солдатам выплатили по два серебряных рубля.
Овладение Ташкентом дало Петербургу ключ к завоеванию всей Центральной Азии. Прежде всего, был вбит клин между Бухарой и Кокандом, навсегда отделив их друг от друга. К тому же отказ англичан прийти на помощь хану Коканда вынудил его искать мира с нами. Это хотя бы на время защитило наш тыл, позволяя концентрировать силы в направлении Бухары. Следует признать, что завоевание Черняевым обширной среднеазиатской территории, составляющей значительнейшую часть Туркестанского края, включая Ташкент, было совершено не только с необыкновенной легкостью, но и без крупных затрат. Сам Черняев при этом сумел приобрести доверие и уважение местного населения не только личной храбростью, но своей доступностью и искренним вниманием к нуждам каждого.
Смерть Алимкула дала основание Черняеву поставить вопрос о дальнейшей судьбе Кокандского ханства. Черняев был немногословен:
– Предлагаю провести границу по Сырдарье как самую естественную и прошу инструкций в связи с намерением бухарского эмира занять бесхозную часть Кокандского ханства за Сырдарьей!
Милютин губернатора Туркестанской области поддержал:
– Утверждения бухарского эмира в Кокандском ханстве нежелательно, это сделает его излишне сильным.
Тогда же министр приказал Черняеву уведомить эмира, что захват кокандских земель будет рассматриваться как враждебный акт против России и приведет к «совершенному стеснению торговли бухарцев в России».
Одновременно Министерство иностранных дел предложило Крыжановскому договориться с бухарскими властями о предоставлении нашим купцам в ханстве тех же прав, какими пользовались бухарские торговцы в России: обеспечение личности и имущества, право свободной торговли во всех городах и уравнение в пошлинах.
В целом Военное министерство и Министерство иностранных дел поддержали Черняева, объясняя его действия враждебными выступлениями бухарского эмира и обращением жителей Ташкента за помощью к России. Однако министр внутренних дел Валуев недоумевал: «Ташкент взят ген. Черняевым. Никто не знает, почему и для чего». А госсекретарь Российской империи А. Половцев в своем дневнике написал еще откровеннее: «Сегодня пришло сообщение, что генерал Черняев взял Ташкент. Никто не знает, почему и зачем. Есть все-таки что-то эротическое в происходящем на границах нашей империи».