Вскоре после этого почти одновременно попали 2 бомбы, обе 250-кг либо 250-кг и 500-кг. Одна (4) попала в край кормового элеватора ближе к переднему правому углу, пробила платформу и взорвалась на дне колодца. Вторая (5) попала в тот же элеватор ближе к левому краю и взорвалась. В этот момент платформа была на полпути между палубой ангара С и полетной палубой, поднимая истребитель «Фулмар», в кабине которого сидел мичман-пилот. Результат сдвоенного взрыва был ужасным. Самолет просто исчез вместе с пилотом. Несколько «Суордфишей» и 4 «Фулмара» в ангаре вспыхнули. В результате взрывов и пожара корабль между 162 и 166 шпангоутами был выпотрошен до броневой крыши рулевого отсека. Все электрические провода были перебиты осколками, причем не только идущие к элеваторам боеприпасов, но и к рулевым моторам. Это еще больше усугубил близкий разрыв (6) возле правой раковины, который затопил ряд отсеков и повредил само рулевое управление. Корабль потерял управление и начал описывать круги, так как руль был заклинен «лево на борт». Лейтенант Г.Р.Б. Джанврин (наблюдатель L4P) поднимался в кабину своего «Суордфиша» за аптечкой. Взрывом его отшвырнуло прочь. Пожарные партии сразу опустили огнеупорные завесы и приступили к тушению огня.
Около 12.42 500-кг бомба (7) попала в полетную палубу в 1 футе левее диаметральной плоскости на полпути между островом и задним элеватором. Бомба пробила броню и взорвалась в 2 футах над ангарной палубой. В ней появилась дыра в 60 кв. футов, и она просела на 4 дюйма. Эта бомба вызвала большие разрушения. Она выгнула дугой платформу носового элеватора. Через образовавшееся отверстие устремились потоки воздуха, раздувая пожар в ангаре С. Платформа кормового элеватора была буквально выбита наружу. Металлические огнеупорные завесы были разбиты на куски, их осколки учинили страшное кровопролитие среди пожарных партий. К счастью, пожар не распространился на ангар В, хотя по нему и прокатилась ударная волна взрыва. Были повреждены элеваторы 4.5" башен, один снаряд взорвался прямо в беседке. Лейтенант Г.Р.М. Гоинг (наблюдатель L5F), который следил за атакой с правого переходного мостика, поспешил вниз на помощь. Обнаружив, что командир пожарной партии убит, Гоинг сразу принял командование. Ему помогали остальные пилоты и наблюдатели.
Дополнительные повреждения были вызваны 3 близкими разрывами, один из которых, на правой раковине, мы уже упомянули. Еще один (8) по левому борту вызвал пожар в кают-компании старших матросов и повредил электропроводку. Большой осколок этой бомбы попал в остров и обрубил провода питания, идущие к радару, репитерам гирокомпаса и 20" сигнальным прожекторам. Третий близкий разрыв (9) по правому борту вызвал пожар в кают-компании морской пехоты.
Среди грохота взрывающихся бомб, дыма и пламени, падение сбитого Ju-87 прямо в шахту кормового элеватора прошло почти незамеченным. Но пылающие обломки его фюзеляжа вызвали новые потери. Хотя машинные и котельные отделения остались целыми, дым и ядовитые газы от пожаров, бушующих наверху, оказались достаточно опасны. Втяжная вентиляция подавала их к котлам, что не только ухудшало сгорание топлива, но и делало обстановку в котельных отделениях почти невыносимой. Кочегары были вынуждены обматывать головы мокрыми тряпками и постоянно пить воду из вспомогательных насосов, чтобы утолить жажду, вызванную страшной жарой. Палубы над головой у них раскалились почти докрасна, но кочегары отважно оставались на своих постах почти 2 часа. Капитан 1 ранга Бойд был вынужден написать: «Отвага и чувство долга машинной команды были великолепны».
К 13.03 была исправлена паровая рулевая машина, и корабль снова смог управляться. В 13.13 скорость была увеличена до 26 узлов. В 13.30 «Илластриес» находился в 10 милях на северо-восток от линкоров, а те, в свою очередь — на таком же расстоянии к югу от конвоя «Иксесс». Теперь появились несколько итальянских горизонтальных бомбардировщиков, возможно, им помогали и самолеты X авиакорпуса. 7 самолетов атаковали линкоры, 7 — «Илластриес», 3 — конвой. Они сбросили бомбы с высоты 14000 футов, но попаданий не добились.
Из поступивших рапортов капитану 1 ранга Бонду стало ясно, что его корабль находится в серьезной опасности. Языки пламени поднимались из шахты кормового элеватора, и вся кормовая часть корабля представляла собой огненный ад. Он решил на полной скорости идти на Мальту. Адмирал Каннингхэм согласился с этим и выделил 2 эсминца для сопровождения поврежденного авианосца. Но в 13.35 поврежденное рулевое управление снова отказало, и еще целый час авианосец выписывал беспорядочные петли. Однако в 14.48, управляясь машинами, корабль пошел курсом 110° со скоростью 14 узлов.