Гибралтар, казалось, подвергался большой опасности, и создавать там долговременные сооружения не имело смысла. Находясь у самой границы франкистской Испании, Гибралтар в любую минуту мог пасть. Там следовало иметь для лодок только плавучую базу и временные сооружения, склады и жилища для подводников, располагаемые поблизости.
Был назначен специальный представитель командования подводными лодками Атлантического флота для участия в разработке проекта сооружения этих баз, подготавливаемого в военно-морском штабе.
Все оборудование для баз было собрано в Квонсет (штат Род-Айленд) и на государственном пирсе (Ныо-Лондон), а материалы для ремонта и снабжения — на складах ВМФ в Норфолке и в Байонне.
В то время как разрабатывались проекты создания баз в Гибралтаре и Гар Лок, внимание было привлечено к Бермудским островам. Военные планы требовали создания группы подводных лодок для усиленной подготовки и тренировки личного состава. Поэтому командующий Атлантическим флотом настаивал на оборудовании базы учебных подводных лодок в гавани Сан-Джорджа на острове Орднанс (Бермудские острова).
В июне 1941 года на острове началась постройка временной базы для шести подводных лодок. Было установлено необходимое оборудование для ремонта лодок типа «R» и «S», и отряд подводных лодок из 7-и эскадры был направлен на, Бермуды.
Между тем посылаемые из США торговые суда с вооружением и продовольствием для Англии подвергались серьезной опасности. Действия немецких подводных лодок, применявших тактику волчьих стай, начали угрожать морским путям сообщения союзников в Атлантическом океане. В июне 1941 года подводные лодки США также начали действовать в Атлантическом океане и Карибском море, имея задачей главным образом уничтожение немецких и итальянских подводных лодок. Пребывание подводных лодок в море не было постоянным; лодки посылались в море только тогда, когда разведка докладывала о появлении лодок противника в американских водах.
Еще в 1940 году был образован Карибский военно-морской район под командованием контр-адмирала Раймонда Спрюанс со штабом в Сан-Хуане (Пуэрто-Рико). В распоряжении Спрюанса находились новые базы в Вест-Индии, предоставленные англичанами США взамен 50 эскадренных миноносцев, переданных английскому флоту. В июне 1941 года подводные лодки США действовали у Виргинских островов, где движение судов было довольно сильным и где отмечалось появление немецких и итальянских подводных лодок.
После того как американский транспорт «Стил Сифэрер» был потоплен немецкой авиацией в Красном море, президент Рузвельт издал 11 сентября приказ, согласно которому корабли США обязаны были открывать огонь по всякой подводной лодке или рейдеру, атакующему любое торговое судно в американских водах. До издания этого приказа дозорные корабли должны были только следить за движением кораблей воюющих сторон и докладывать об этом. Подводные лодки также получили приказ топить любой немецкий или итальянский военный корабль, появляющийся в зоне патрулирования. Это было равносильно вступлению в войну.
В середине октября немецкие подводные лодки, действующие группами, атаковали конвой, который шел в Исландию. При этом пострадал от торпеды американский миноносец «Кэрни». Одиннадцать человек погибло. Затем в Атлантическом океане были торпедированы танкер «Салиное» и эскадренный миноносец «Рубен Джеймс». Получивший повреждение танкер дошел до порта, а эскадренный миноносец затонул, причем погибло сто человек команды. Это был первый случай потопления американского военного корабля во второй мировой войне. После этого личный состав флота с часу на час ожидал официального объявления о вступлении США в войну.
Обстановка в северной части Атлантического океана была в то время очень напряженной. Немецкие подводные лодки атаковали все военные корабли и суда в районе Ньюфаундленда. Пять подводных лодок из 5-й эскадры и подводная лодка «Макерел» были посланы в Арджентию, Ньюфаундленд, где предполагалось установить противолодочное патрулирование подводными лодками. Туда же направили плавучую базу подводных лодок «Грифин». Однако вскоре после нападения на Пирл-Харбор эти лодки вернулись обратно в Нью-Лондон.
Когда Германия и Италия объявили 11 декабря 1941 года войну США, американские подводные лодки Атлантического флота были готовы к боевым действиям.
Перед войной в районах Атлантики, прилегающих к США, шла усиленная подготовка лодок к боевым действиям и обучение офицеров и матросов, которым потом пришлось воевать на этом театре. В Атлантическом океане большинство подводников Тихоокеанского флота впервые пробовало свои силы. Многие из направленных на лодки, базировавшиеся на Гавайских островах, в Австралии и на Филиппинах, прошли обучение у побережья Род-Айленд, Коннектикут, Флориды, острова Пуэрто-Рико и Панамы. Война развивалась, и, поскольку в Атлантическом океане фактически оказалось меньше объектов противника, чем предполагалось вначале, океанские подводные лодки и лодки типа «S» были переведены из Атлантического в Тихий океан.