Когда Соединенные Штаты вступили во вторую мировую войну, подводные лодки Атлантического флота были объединены в 25-е оперативное соединение со штабом командующего подводными силами в Нью-Лондоне.
Такая организационная структура оставалась до конца второй мировой войны. 3 января 1942 года контр-адмирал Эдварде был назначен заместителем начальника штаба адмирала Кинга, а командование подводными силами временно принял капитан 2-го ранга Кате, которого в 1942 году сменил контрадмирал А. Даблин. Последний в конце 1944годабыл заменен контр-адмиралом Чарльзом Штейером.
Моряк-подводник (офицер или матрос) должен быть высоко квалифицированным специалистом, инициативным и энергичным. Кроме того, подводник не должен быть индивидуалистом. Следовательно, подготовка подводников для двух флотов, Тихоокеанского и Атлантического, являлась важнейшей задачей командующего подводными силами Атлантического флота.
Подводные лодки Атлантического флота начали свои боевые действия на небольшом удалении от побережья. Лодки 7-й эскадры производили поиск и уничтожение подводных лодок немецкого флота, которые угрожали судоходству у побережья Америки. Боевой поход каждой лодки продолжался в среднем 12 дней.
В январе и феврале 1942 года немецкие подводные лодки действовали в американских водах, омывающих побережье от штата Мэн до г. Майами. То, что положение было серьезным, характеризуется легкостью, с которой немцы высаживали группы диверсантов на остров Лонг-Айленд, мыс Мей, на побережье Каролины и Флориды. В феврале линия патрулирования подводных лодок растянулась от Бермуд до бухты Нантакет.
Подводная лодка «R-5» всего раз встретила противника в районе Бермудских островов. Вечером 10 февраля на поверхности была обнаружена немецкая подводная лодка. Командир «R-5» приказал приготовиться к атаке. По лодке противника было выпущено четыре торпеды, но ни одна из них не попала в цель. Пока на «R-5» перезаряжали торпедные аппараты, немецкая лодка скрылась.
Подводная лодка «R-1» обнаружила немецкую подводную лодку в этом же районе в конце апреля. Встреча произошла в 309 милях северо-восточнее Бермудских островов. Командир «R-1» решил атаковать противника. Была выпущена одна торпеда. Послышался взрыв. После этого случая подводная лодка противника не появлялась в этом районе. Однако факт ее потопления все же не подтвердился.
Лодки типа «R» продолжали действовать в районе севернее Бермудских островов, но встреч с немецкими лодками не имели до апреля 1942 года. В апреле «R-5» обнаружила немецкую лодку, но атаковать ее не удалось. Подводная лодка «R-7» в мае обнаружила и атаковала немецкую подводную лодку, выпустив четыре торпеды, но ни одна из них не попала в цель. В ночь на 14 апреля подводная лодка «Макерел» шла в надводном положении из Нью-Лондона в Хэмптон Роудс. В 23 час. 10 мин. наблюдатель заметил след приближающихся к лодке двух торпед. Лодка успела уклониться, и торпеды прошли мимо. Вскоре показалась и сама лодка противника. По ней было выпущено две торпеды из кормовых аппаратов. Немецкая лодка также уклонилась от торпед и вскоре совсем исчезла из виду. Во второй раз контакт с ней установить не удалось.
В 05 час. 03 мин. на следующее утро командир «Макерел» обнаружил подводную лодку. Запросили опознавательные, однако ответа не последовало. По силуэту лодки, который виднелся в тумане, выпустили торпеду, но она не попала в цель.
Панамский канал зорко охранялся во время первой мировой войны. В 1916 году в зоне канала, в Коко Соло, началось строительство базы подводных лодок. В 1917 году база была готова для обслуживания значительного числа подводных лодок. Охрана канала, кроме того, требовала создания еще одной базы подводных лодок, так как база в Коко Соло была единственной в восточной части Карибского моря. Военно-морским министром была назначена комиссия для определения места базы на Виргинских островах. Комиссия рекомендовала строить базу в Сант-Томас, в заливе Литл Крам. Строительство новой базы началось летом 1939 года и закончилось 1 марта 1941 года.
Три подводные лодки типа «R» из 32-го дивизиона лодок прибыли на базу в Сант-Томас в мае 1941 года, а осенью прибыло несколько лодок из 7-й эскадры, стоявшей в Коко Соло. После этого лодки периодически менялись, переходя из одной базы в другую. В декабре 1941 года подводные лодки Атлантического флота были готовы защищать Панамский канал.
В первую мировую войну немцы так и не смогли приблизиться к каналу и действовать в его зоне. Но уже в самом начале второй мировой войны они проникли к побережью залива Москито. Кроме того, немецкие лодки действовали в Карибском море.
Вскоре после вступления США во вторую мировую войну боевые действия подводных лодок вокруг Виргинских островов осуществлялись лодками, базирующимися на Сант-Томас.