Но российская контрразведка сработала на опережение. В штабе Черноморского флота знали о готовящейся операции по захвату штаба с минированием кораблей. Офицеры штаба спали у себя в кабинетах с оружием. 810-я бригада морской пехоты России была готова вывести на улицы Севастополя бронетанковую технику. Однако командование Черноморского флота решило кончить дело миром. Хотя политически было целесообразно дать возможность 17-й бригаде пустить в ход оружие, а затем, показав это на весь мир по телевидению, потребовать вывода всех самостийных сил из Крыма с последующим общекрымским референдумом о статусе полуострова. Разумеется, последнее нужно было провести в присутствии наблюдателей из ОБСЕ, Турции и Киева. Но Ельцин пошел по пути капитуляции. 9 июня 1995 года президенты России и Украины снова встретились в Сочи, где подписали договор по Черноморскому флоту.
В соответствии с договором флот России должен был получить 81,7% кораблей и судов флота, а ВМС Украины — 18,3% соответственно. Раздел флотского имущества предлагалось вести по состоянию на 3 августа 1993 года, что было крайне невыгодно для России. В договоре особо подчеркивалось, что Черноморский флот Российской Федерации и ВМС Украины базируются раздельно.
23—25 ноября 1995 года в Сочи состоялась рабочая встреча министров обороны РФ и Украины, на которой подписано 17 соглашений и протоколов, по которым ЧФ теряет Мирный, Керчь, Новоозерный, Симферополь, Октябрьское. Все военные объекты, расположенных в этих местах дислокации, в полном объеме до 31 декабря 1995 года передаются Украине. Черноморский флот продолжает базироваться в Севастополе, Феодосии, п. Кача и Гвардейском.
На 29 января 1996 года ВМС Украины приняли у Черноморского флота 111 объектов из 130 запланированных к передаче. ЧФ уменьшился на 786 частей. К этому времени на 1-го февраля 1996 года Украине было передано 25,7% корабельного состава, хотя Сочинским соглашением предусматривалось передать 18,3%. Были переданы все объекты флота в Одессе, Очакове, Балаклаве, Веселом и Евпатории. Завершалась передача Мирного, Керчи, Новоозерного и объектов Симферополя.
А к 10 февраля 1996 года Украиной в одностороннем порядке захвачено, а часть ей передано: 12 из 15 основных и запасных аэродромов (73,6%); 467 летательных аппаратов (75%); бронетанковой техники 450 ед. (69%); 260 артиллерийских систем (81%).
19 февраля 1996 года начался второй этап раздела Черноморского флота. В Севастополе и Феодосии ВМСУ передавалось 30 кораблей и судов, 79 объектов различного назначения. В нарушение Сочинских договоренностей, ВМСУ решили самостоятельно базировать свои силы в Стрелецкой, Карантинной и Северной бухтах Севастополя. Принцип раздельного базирования (о котором обе стороны, казалось бы, договороились) был предан украинскими флотоводцами забвению. Совместное базирование сил несоюзных флотов полностью нарушило систему обороны базы и организацию поддержания оперативного режима.
По состоянию на 22 мая 1996 года украинской стороне отошло: 7 из 10 пунктов базирования корабельного состава (70%): Измаил, Одесса, Очаков, Черноморское, Новоозерное, Балаклава, Керчь. Украина получила 4 из 6 основных аэродромов (67%): Лиманское, Веселое, Октябрьское, Мирный. Кроме этого ей отошло и 5 из 7 запасных аэродромов (71%): Геническ, Сокологорное, Большой Токмак, Воинка, Сизовка. Отшли к Киеву и 4 из 5 мест дислокации береговых войск (80%): Симферополь, Евпатория, Перевальное, Межгорье. В дополнение к объектам, взятым Украиной в одностороннем порядке, ей были переданы объекты боевого, тылового и технического обеспечения. Вот их география: Бахчисарай, Старый Крым, Пресноводное, Наумовка, Машино, Дальнее, Мельничное, станция Пролетное, Песчаное, Ново-Андреевка и Ивановка.
В составе Черноморского флота Российской Федерации осталось: три пункта базирования кораблей: Севастополь, Феодосия и временно, до окончания ремонта кораблей, Николаев; два основных аэродрома: Гвардейское, Кача; одно место дислокации береговых войск в Севастополе; основная военно-морская база в Севастополе; пункт базирования корабельного состава и испытательный центр в Феодосии; объекты тылового и технического обеспечения в Ялте, Прибрежном Судакского района, на станции Мамут.
На момент раздела в составе Черноморского флота числилось 383 боевых надводных кораблей, 56 боевых катеров, 49 кораблей специального назначения, 190 судов обеспечения, 5 подводных лодок (всего 655 единиц). Из них Украина получила 30 боевых кораблей и катеров, одну подводную лодку, 90 боевых самолетов, 6 кораблей специального назначения, а также 28 судов обеспечения.