Документ предусматривал, что российская сторона, начиная с 1998 года, будет ежегодно производить начисление сумм платежей. Начисление должно было производиться за использование Черноморским флотом РФ земельных участков и размещенных на них объектов, акватории бухт, радиочастотного ресурса, а также в качестве возмещения экологического ущерба, связанного с пребыванием флота на территории Украины, путем уменьшения равными долями государственного долга Украины перед РФ. Сумма этой ежегодно погашаемой части государственного долга Украины, согласно соглашению, составляет 97,75 миллионов долларов США. Кроме того, согласно этому документу, Россия уменьшала сумму госдолга Украины на 200 миллионов долларов в качестве компенсации за расщепляющиеся материалы.
При этом Россия могла держать на Украине не более 25 тысяч человек личного состава, 24-х артиллерийских систем калибра более 100-мм, 132 бронемашин, 22 самолетов.
В конце мая 1996 года в Киеве между двумя государствами в рамках Договора о дружбе, сотрудничестве и партнерстве были подписаны базовые соглашения: «О статусе и условиях пребывания Черноморского флота РФ на территории Украины». Раздел Черноморского флота бывшего СССР на этом завершился.
Помимо кораблей и береговой инфраструктуры в 90-х годах Украина прибрала к рукам и два военно-морских училища, которые ей, вообще-то, были абсолютно не нужны. Ну, для чего, скажем, было «незалежной» забирать у России Севастопольское высшее военно-морское инженерное училище! Ведь в нем готовили инженеров ядерных энергетических установок для атомных подводных лодок. А атомоходов в ВМСУ не предвиделось даже в самом отдаленном будущем. Но все равно забрали, отчасти от жадности, отчасти из вредности.
Ялтинские соглашения 1992 года были призваны урегулировать кризис и снять напряжение на Черноморском флоте. Обе стороны пошли на политические уступки. Украина официально отказалась от своего начального постулата «что на моей территории, то мое» (а это 90% состава Черноморского флота), в ответ Б. Ельцин отказался от своего известного высказывания «никакой присяги Кравчуку не давать» и согласился делить флот 50/50 с переходным периодом до 1995 года. Однако нарушения с таким трудом достигнутого договора начались Украиной буквально на следующий день. Киев демонстративно продолжил самовольную приватизацию кораблей и береговых частей. Будучи не в силах обуздать алчные аппетиты Киева, Москва была просто вынуждена руководить Черноморским флотом самостоятельно, без утвержденного ранее в Ялте согласования своих действий с Украиной. В отместку Киев принялся пакостить по мелочам. К примеру, отказался признавать нового начальника штаба Черноморского флота вице-адмирала Святашова, однако, помешать вступить в должность, ему не смог. Одновременно прокуратура Украины принялась фабриковать уголовные дела по фактам продажи старых списанных кораблей и судов Черноморского флота, заключенных без ее согласия.
В начале 90-х годов, в эпоху т.н. «первичного накопления капитала», когда бандитизм по всей территории бывшего СССР просто зашкаливал, в Севастополе «поднялась» организованная преступная группировка бизнесмена и криминального авторитета Е. Поданева по прозвищу «папа». Разгромив своих конкурентов, и войдя во вкус власти, «папа» решил двинуть в большую политику и организовал Христианско-либеральную партию Крыма, насчитывавшую 168 тысяч членов. Идеологом партии стал отставной флотский политработник контр-адмирал С. Рыбак. Помимо него в руководящие структуры партии вошел и ряд офицеров высшего звена ВМС Украины. Так произошло сращивание командного состава ВМСУ с крымским криминалитетом. На учредительном съезде партии в Ялте над гостиницей, где заседали христианские либералы, в честь новой партии выписывали виражи самолеты ВМСУ. Но политического долгожителя из Е. Поданева не получилось. Свою бурную жизнь партийный лидер и друг украинского флота закончил в 1994 году от автоматной очереди на поминках другого крымского авторитета В. Башмакова.
Интересно, что когда после убийства «папы» оперативники нагрянули на загородную виллу покойного, их поразила охрана особняка, которую составляли… морские пехотинцы ВМСУ, причем все как один в полной парадной форме. Похоронили же убиенного «папу» по требованию командования ВМСУ на знаменитом Братском кладбище Севастополя между… братской могилой моряков линкора «Новороссийск» и членами экипажа подводного атомохода «Комсомолец».