Среди британских и датских историков существуют расхождения по поводу этого решения. Датчане считают, что предложение Нельсона было уловкой, так как при продолжении боя эскадра Нельсона была бы уничтожена. Ведь береговые батареи, резерв и часть блокшипов были еще вполне боеспособны. Англичане же напирают на то, что флот Дании был скомплектован очень поспешно, там были неопытные матросы и артиллеристы; Нельсон сделал предложение только исходя из «человеколюбия» (интересное такое человеколюбие — сжечь попавших в плен). Британцы в доказательство также приводят и списки по потерям, говоря, что датчане к 14.00 потеряли убитыми и ранеными до 2500 человек против почти 1000 у англичан. Это не совсем так. Согласно отчету Фишера, датские потери убитыми составили порядка 400 человек, ранеными — порядка 1200–1400 человек, причем 250 человек — уже после боя, но об этом чуть ниже. Потери англичан строго задокументированы: 264 человека убито, 689 ранено (всего 953 человека). То есть соотношение по потерям, конечно, в пользу англичан, но разрыв не такой большой.
Соответственно, датские историки говорят о том, что принц Фредерик принял ультиматум Нельсона из-за убийства Павла I (об этом датчане узнали во время переговоров с Нельсоном), а английские утверждают, что регент испугался продолжения британской атаки.
В 16.30 из-за неудачной борьбы за живучесть взорвался датский корабль «Даннеборг», огонь дошел до крюйт-камер. От взрыва погибло 250 человек, которые также включены в список датских потерь. Многие английские корабли были сильно повреждены, пытаясь выйти к концу дня на чистую воду; несколько британских кораблей вместе с флагманом «Элефант» вылетели на мель.
Как бы то ни было, вечером 2 апреля начались датско-английские переговоры. Англичане принудили Данию подписать пакт о не вступлении в какие-либо союзы или лиги, и 9 апреля стороны объявили о прекращении огня, а 23 октября 1801 года подписали мир. Нельсону не удалось достичь победы на поле боя, но дипломатическая победа в результате его действий была полной.
С воцарением в России Александра I русско-английский союз возобновился и консолидировался на антифранцузской направленности. Но всё изменилось после поражения русских от французов при Фридланде. 16 июня 1807 года российский император Александр I был вынужден согласиться на переговоры с Наполеоном. Результатом был Тильзитский мир, заключенный 7 июля. Второй пункт этого соглашения говорил, что Россия должна была присоединиться к континентальной блокаде против Англии. По своей сути это означало, что Александр разрывает все торговые отношения с туманным Альбионом. Всем английским судам был запрещен вход в российские порты. И вот это был удар для Англии в самое сердце!
Она болезненно, но более-менее спокойно могла пережить разрыв с Европой, но потеря в одночасье Пруссии (одного из главных поставщиков дуба для кораблей) и России (а это мачтовое дерево, пенька, поташ, железо, лен и многое другое) поставило Британию на грань катастрофы. Если к началу 1807 года британский экспорт в Европу снизился на 45 % от того же периода годом ранее, то к концу года — на 75 %! Столь важный из-за скудости ресурсов импорт тоже негде было возместить. Это был нокаут.
Великобритания ответила на объявление континентальной блокады контрблокадой, широким развертыванием морской торговой войны и контрабандной торговли. «Королевские приказы» 1807 года запрещали нейтральным государствам вести морскую торговлю с враждебными странами и обязывали нейтральные суда заходить в британские порты для уплаты налогов и пошлин и проверки места назначения груза.
В начале августа Дания присоединилась к континентальной блокаде, и теперь вход в балтийские проливы оказался для англичан под вопросом. Кроме того, вовсю ходили слухи о присоединении датского флота к французскому.
Современные исследователи, в частности Томас Мунк-Петерсен, считают, что эти слухи распускал сам Наполеон. Так, в одном из своих писем к морскому министру Декре от 29 апреля Бонапарт пишет, что неплохо было распространить сведения, что датский флот срочно мобилизуется, чтобы идти сначала в Дюнкерк, а потом в Брест и принять участие в высадке в Ирландии.
Также император инструктировал Фуше и Савари: ирландские националисты и патриоты должны донести до своих сторонников на острове, что скоро к Ирландии подойдет большой французский флот, который освободит ее от английского владычества. Так как Копенгаген был наполнен английскими шпионами, этот слух там запускался многократно.