Однажды он навещал больных в госпитале в Мадриде. Там к нему с криком помощи бросилась одна женщина, которой собирались ампутировать ногу из-за гангрены. Франциск ее успокоил, сказал, что ничего страшного не случится, и начал гладить ее ногу. Не прошло и суток, как женщина выздоровела, и ампутация не понадобилась. Она встала с кровати и начала прогуливаться. Остальные больные смотрели не нее широко открытыми глазами и кричали: «Чудо! Чудо!» С тех пор, куда бы ни шел отец Франциск, его всегда окружала толпа людей, чтобы хотя бы прикоснуться к нему. Но только он один знал, чего ему стоило стремление подавить все негативное, свойственное династии Борджиа.
Игнатий де Лойола умер 31 июля 1556 года в возрасте 74 лет в Риме. Он был причислен к лику блаженных папой Павлом V, а в 1612 году канонизирован папой Григорием XV. После его смерти генералом ордена иезуитов был выбран Диего Лайнес родом из Кастилии. У сообщества Иисуса к тому времени появилось много противников, которые считали их посланниками Антихриста. Среди них был дядя Франциска дон Фердинанд Арагонский, архиепископ Сарагосы, у которого Франциск провел годы детства и юности. Он хотел изгнать иезуитов со своей территории, но этому неожиданно воспротивилась единственная сестра Франциска Борджиа – Луиза, графиня Рибаргоца.
Франциск решил отправиться в Сарагосу, чтобы уладить там дела ордена, но его удерживали в Арагоне братья, сидевшие в тюрьме за убийство. Еще больше дел появилось у него, когда император Карл V отказался от престола[19]
, разделил власть между братом и сыном Филиппом и удалился в монастырь. Монарх пожелал, чтобы Франциск часто навещал его там и назначил его своим душеприказчиком. Не убавилось у Франциска дел и после кончины императора Карла V: его наследник Филипп II хотел, чтобы Борджиа подготовил ему список самых достойных людей, которых он мог бы назначить на ведущие должности государственной службы. Враги Борджиа снова подняли дело братьев Франциска Диего и Филиппо. Их процесс длился 8 лет, в результате чего Диего был приговорен к обезглавливанию, а Филиппо успел сбежать и добраться до Африки.Не все шло гладко и в жизни самого Франциска. Его обвиняли в том, что он переводил в Рим большую часть денег, которые иезуиты собирали как милостыню в Испании. Затем отца Франциска взяла на заметку инквизиция и его практически обвиняли в ереси. Особенно после выхода его книги «Работа христианина», которую очень сильно исказил редактор.
Затем у него испортились отношения с дочерью Изабеллой и с зятем маркизом Алканисес, мужем другой дочери Хуаны. Все это Франциск принимал безропотно, считая волей Божьей и наказанием за грехи предков. В 1559 году Франциск поехал в Португалию на открытие университета, основанного иезуитами в городе Эвора. Для него это было хорошим предлогом покинуть Испанию, где из-за гнусных слухов уже стало невмоготу находиться. Там его проповеди имели такой большой успех, что Франциска буквально несли на руках до кафедры собора, а вот некоторые испанцы стали называть Франциска беглецом.
Генерал ордена отец Лайнес решил вызвать его обратно в Италию. Отец Франциск долго медлил, пока не получил приглашение нового понтифика Пия IV Медичи, который взошел на папский престол после смерти Павла IV. Дорога для Франциска была долгой и трудной – он сел на корабль в порту Опорто, но вскоре был вынужден сойти в Виллилпандо из-за плохого самочувствия. В Испании его чуть не арестовали – король Филипп II был разъярен, что Франциск покидает его. Наконец, Борджиа снова удалось сесть на корабль. 13 августа 1561 года он был в Генуе, а 7 сентября уже добрался до Рима, где его ждал теплый прием отца Лайнеса и папы Пия IV.
В Риме Франциск Борджиа проповедовал в испанской церкви Святого Якова, привлекая большие толпы народа, среди которых были известные в Риме персонажи. Среди его поклонников был молодой священник Карло Борромео, один из многочисленных племянников Папы Пия IV. Впоследствии он тоже будет канонизирован. В те времена как раз проходил Вселенский собор католической церкви в Тренто с целью дать отпор движению реформации. Туда был отправлен генерал иезуитов отец Лайнес, и Франциску Борджиа пришлось его заменить в Риме почти на год.
Собор закрылся 4 декабря 1563 года, и отец Лайнес вернулся в Рим, но состояние его здоровья было очень плохим. Диего Лайнес, 2-й генерал ордена иезуитов, умер 19 января 1565 года в присутствии Франциска Борджиа, которому он долго смотрел в глаза перед смертью. Возможно, отец Лайнес хотел ему что-то передать, но уже не мог говорить? После его смерти Франциск стал сначала викарием, а потом, 2 июля 1565 года, 3-м генеральным настоятелем общества Иисуса. Из 39 присутствующих 31 проголосовали за него. Как сказал сам Франциск, это был день его распятия.