12 мая 1495 года Карл торжественно короновался в Неаполе; по этому случаю его воинство учинило в городе погромы и пьяные оргии. «Крестник» Савонаролы, похоже, забыл о своей миссии, оставил папу в покое, и тот вскоре оправился от своих страхов и начал сколачивать лигу против французов. Оказывалось, что жертвы, понесенные Флоренцией, напрасны и бесполезны для святого дела. А потом новости стали еще менее утешительными: Карл возвращается на родину, его войска поражены какой-то странной болезнью, сопровождающейся сильными головными болями, нарывами, язвами, параличом. Можно было, конечно, объявить ее наказанием Господним за забвение данной клятвы, но от этого Флоренции легче не становилось. Карл спешил – его войско таяло с каждым днем, но даже не это беспокоило его: он оказывался в западне. В Сицилии высадилась армия испанца Гонсало Фернандеса де Кордовы, победителя мавров. Александр VI добился союза с Венецией, к ним присоединился миланский герцог Лодовико Моро, который, по сути дела, и заманил Карла в Италию. Через Альпы перешли войска императора Священной Римской империи Максимилиана. Флоренция, сохраняя верность обязательствам, данным Карлу, фактически оставалась в одиночестве.
Савонарола все беды французов сводил к тому, что они не выполнили веление Господа и поплатились за это. В принципе, флорентийцам не было никакого дела до того, за что пострадали французы – Господь с ними сам разберется. Несравнимо больше их волновало то, что Карл со своим хворым войском может снова войти во Флоренцию, потребовать денег и поступить с ними так же, как с неаполитанцами. Этого можно было ожидать: французский посол Филипп де Коммин посетил фра Джироламо и попросил его, как провидца, предсказать, сможет ли Карл благополучно вернуться во Францию. Савонарола ответил: Господь привел короля в Италию и он же выведет его обратно, но поскольку Карл не исполнил свой долг, позволив своим людям творить зло, грабить и обирать людей, которые сами открыли ему крепостные ворота, Бог накажет его. Таков его приговор, однако Господь может смягчить его, если на обратном пути Карл не причинит никому зла. Все это фра Джироламо просил передать королю, но, подумав, добавил, что лучше он сам переговорит с ним.
Памятуя о вспыльчивом нраве флорентийцев, Карл не решился на сей раз идти со своим войском через город. Он обогнул его с запада и направился прямо к Пизе. Во временной ставке в Поджибонси 15 июня 1495 года его посетил Савонарола, осыпавший короля упреками. Карл не исполнил Божью волю и поэтому бедствия, обрушившиеся на него, – это кара Господа за нарушение данного им слова и за обиды, причиненные мирному населению. Но наказание будет еще суровее, если Карл не вернется в Италию и не доведет до конца начатое дело. В этом случае доминиканец напророчил ему гибель. Зашел разговор и о возвращении Флоренции отнятых владений. Королю ничего не стоило на словах отдать их, поскольку теперь они мало его интересовали. Сложнее было с Пизой: здесь на требование возвратить ее Флоренции Карлу пришлось лишь пожать плечами – сразу после его ухода город был занят венецианцами, извечными конкурентами флорентийцев в торговых делах.
Под конец Савонарола предупредил Карла, что его могут перехватить объединенные войска папской лиги. Король знал об этом, но здесь оставалось уповать лишь на судьбу. 6 июля 1495 года его армия столкнулась с этими силами у Форново, была разбита наголову, но самому Карлу удалось ускользнуть. Нашествие «новых гуннов» бесславно закончилось, однако Италии это не принесло умиротворения – тут же начался дележ отвоеванного. Флоренция, оставшись союзницей Франции, оказалась в сложном положении. Все, что принесли ей Медичи – владения, влияние, богатство, – было утеряно всего за один год. Савонарола и это объяснял карой за грехи, что было слабым утешением.
Для тех, кто знавал Флоренцию во времена Медичи, последующие два года показались кошмарным сном. Республика всецело находилась в руках Савонаролы, который прилагал все усилия, чтобы построить в ней «новый Иерусалим», а ее граждан ввести в царство Божие. Было запрещено почти все, что могло бы напомнить о старых временах. Во всех церквях непрерывно читались проповеди, сплошь состоящие из проклятий и призывов каяться. Шествия с распеванием духовных гимнов следовали одно за другим по самым различным поводам, город заполняли толпы кающихся, самобичующихся, стенающих, монастыри уже не могли вместить всех желающих уйти от греховного мира.