В 10 часов вечера 9 июня французский флагман «Ориан» дал сигнал к бою. Генерал Ренье с марсельским конвоем двинулся на о. Гоцо. 10 июня на рассвете сам Наполеон высадился с трехтысячным десантом между городом и бухтой Св. Павла. Как только десантные шлюпы подршли на расстояние выстрела к мальтийским башням и батареям, те открыли огонь. На него отвечали 24-фунтовые пушки французских канонерок. Орденская пехота противодействовала десанту. В дело вступили стрелки. Целый час потребовался французам, чтобы после ожесточенной перестрелки взять штурмом батареи и башни и выбить мальтийцев из города. Генерал Барагэ д`Илье овладел крепостью и бухтами Св. Павла и Мальты. Преодолев сопротивление обороняющихся, он захватил батареи, башни и всю южную часть острова, взяв 150 пленных и потеряв убитыми и ранеными до 30 человек. Генерал Дезэ захватил все батареи Марса-Сирокко. К полудню столица Мальты была окружена со всех сторон. Крепость вела огонь по французским войскам, подходившим слишком близко. Генерал Вобуа почти без сопротивления овладел крепостью Читта Нотабиле. Генерал Ренье захватил о. Гоцо, который оборонял 2000-тысячный гарнизон, состоявший из местных жителей, и взял в плен всех защищавших остров орденских рыцарей. В час дня французские шлюпы начали выгрузку 12 артиллерийских орудий и всего необходимого для оборудования трех мортирных платформ. В операции участвовали также 6 бомбард и 12 канонерок, вооруженных 24-фунтовыми пушками. Несколько фрегатов вплотную подошли к порту. Вечером 11 июня французы уже могли бомбардировать город 24 мортирами, одновременно с пяти направлений. Около половины пятого осажденные сделали вылазку. Французы отбросили их, взяв несколько пленных. При первых пушечных выстрелах в городе, за стенами которого укрылась большая часть жителей острова с семьями и скотом, вспыхнула паника. Жителей, желавших выйти из города, французы загоняли обратно. В течение всего 10 июня смута в городе все усиливалась. При получении каждого нового известия о взятии французами орденских батарей и башен жители устраивали беспорядки. Подготовка французов к бомбардировке возбудила ропот среди ополченцев, не желавших быть свидетелями сожжения своих домашних очагов. Несколько рыцарей было убито толпой на улицах. Гомпеш приказал освободить из тюрьмы главного «пораженца» – командора Боредона де Рансижата - и направил его, вместе со своим секретарем Дубле, на борт «Ориана», с полномочиями на заключение договора о сдаче крепости французам. Те члены Совета, которые особенно энергично призывали к сопротивлению, теперь настаивали на скорейшем заключении мира, ибо являлись в первую очередь мишенью для народного возмущения… И все-таки, сдача Мальты не была, как мы видим, совершенно бескровной, а значит – бесславной! Хотя времена изменились, и не нашлось среди рыцарей Святого Иоанна нового Пьера д`Обюссона, способного воскликнуть, как при обороне Родоса от турок в 1480 г.: «Лучше умрем здесь, нежели отступим! Можем ли мы когда славней за веру умереть?».
Акт о капитуляции был подписан на борту «Ориана» 12 июня в 2 часа ночи. В 8 часов утра того же дня все порты и форты Мальты, а также две галеры, две шебеки и два 64-пушечных линейных корабля ордена (один из которых стоял на рейде, а второй находился на стапелях) были переданы французским войскам. Наполеон взял на эти суда матросов, прежде служивших Ордену. Из 2000 солдат, служивших ранее Ордену, был составлен т.н. «мальтийский легион», включенный в состав французской армии. На службу к Наполеону поступили также гренадеры гвардии Великого Магистра и несколько мальтийских рыцарей, давших убедить себя в том, что Наполеон плывет в Египет сражаться с мусульманами, по примеру средневековых крестоносцев. (Заметим в скобках, что сия «крестоносная миссия» не мешала Бонапарту одновременно призывать под свои знамена ближневосточных иудеев, утверждая, будто он идет восстанавливать Израильское царство и Храм Соломонов!). Трофеи, в т.ч. штандарт Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, были отправлены в Париж с генералом Барагэ д`Илье. Найденная в казнохранилище серебряная посуда, из которой госпитальеры кормили больных (стоимостью в миллион ливров) по прибытии Бонапарта в Каир была перечеканена в монету. Взятые французами на борт «Ориана» серебряные статуи 12 апостолов из собора Святого Иоанна затонули вместе с флагманом в морском сражении при Абкуире. 17 июня Великий Магистр Гомпеш отплыл в Триест. На Мальте остался 4000-тысячный французский гарнизон во главе с генералом Вобуа. Все мальтийские рыцари-французы и итальянцы – получили паспорта для въезда во Францию и Италию (находившуюся также под властью французов). По условиям капитуляции, все остальные рыцари эвакуировались с острова.
Несмотря на все последующие усилия Павла I с целью вернуть России Мальту, сделать это не удалось.