Однако события на политической арене Западной Европы, вопреки ожиданиям, развивались слишком стремительно, и эта мера, направленная на спасение Ордена от надвигающейся опасности, оказалась, по сути, бесплодной. Объявление об этом экстраординарном решении пришло слишком поздно, в особенности после того как Мальта была покинута своими рыцарями. Всего неделю спустя, 7 июня 1798 г., на рейде Мальты появилась передовая эскадра французского революционного флота, шедшего на завоевание Египта. Возглавлявший экспедицию генерал Наполеон Бонапарт потребовал разрешения на высадку войск для пополнения запаса свежею водой. Но это требование было только предлогом. Наполеон сам позднее писал в своих мемуарах, что «…решающим для судьбы Ордена явилось то, что он отдался под покровительство Императора Павла – врага Франции…Россия стремилась к господству над этим островом, имеющим столь большое значение в силу своего положения, удобства и безопасности его порта и мощи укреплений. Ища покровительства на Севере, Орден не принял во внимание и поставил под угрозу интересы держав Юга…» Несмотря на отказ орденских рыцарей, войска все же были высажены. В исторической и популярной литературе уже стали штампом расхожие утверждения вроде: «Трусливый Гомпеш сдал великолепно укрепленный и вооруженный остров Мальту французам без боя» или, в крайнем случае: «Гомпеш, несмотря на то, что в его распоряжении находился сильный и хорошо укрепленный гарнизон, после незначительного сопротивления, 12 июня сдал крепость французам, а сам бежал с острова». Между тем сохранилось немало иных свидетельств о сдаче Мальты «без единого выстрела», свидетельств очевидцев, в т.ч. и самого Наполеона Бонапарта. Согласно этим свидетельствам, Великий магистр Гомпеш был человек пожилой, больной и нерешительный, отнюдь не воин, а профессиональный дипломат, не имевший боевого опыта. Бальи, командоры, сенешалы и другие должностные лица Ордена были старики, не участвовавшие в войнах. Хотя в крепости Ла Валетты имелось 1200 пушек, 40 000 ружей и 1 миллион фунтов пороха, Мальта располагала для своей обороны отнюдь не «сильным, хорошо обученным гарнизоном», а всего 800 или 900 рыцарей, мало пригодных к военным действиям и разобщенных между собой, подобно тому, как были разобщены обычаи и интересы тех наций, к которым они принадлежали; 1800 солдат – итальянцев, немцев, французов, испанцев (большей частью дезертиров или авантюристов, с тайной радостью отнесшихся к возможности соединить свои силы с судьбой самого знаменитого полководца Европы) и 800 ополченцев. Эти ополченцы давно уже чувствовали себя оскорбленными высокомерием рыцарей-дворян и не испытывали привязанности к Ордену. К тому же сама организация ополчения находилась в небрежении, ибо Орден давно уже не опасался вторжения турок, а, напротив, боялся установления гегемонии коренных жителей Мальты. Хотя фортификационные сооружения были обширны (осматривая мощные орденские форты после сдачи, французский генерал Каффарелли даже пошутил: «Хорошо, что внутри были люди, чтобы открыть нам ворота!»), но моральный фактор сводил их к нулю.
Для сравнения, французская эскадра адмирала Брюэйса (бывшего графа и офицера королевского флота!), напавшая на Мальту, насчитывала в своем составе 13 линейных кораблей (один 120-пушечный, три 80-пушечных и девять 74-пушечных), два взятых в Венеции 64-пушечных корабля, четыре 40-рушечных фрегата, десять корветов и посыльных кораблей, служивших для охраны. На борту эскадра имела французскую армию вторжения, состоявшую из 15 пехотных полубригад трехбатальонного состава, по 9 рот в каждом батальоне), 7 кавалерийских полков, 16 артиллерийских рот, 4 рот артиллерийского обоза, 8 рот инженеров, саперов и минеров. Артиллерия имела боеприпасов втрое против нормы, 12 000 запасных ружей и т.п. Общая численность французской армии вторжения (предназначенной для завоевания отнюдь не только крошечной Мальты, а огромного Египта!) превышала число жителей орденской столицы Ла Валетты и составляла 32 3000 штыков и сабель (23 400 пехотинцев, 4000 кавалеристов, 3000 артиллеристов, 1000 солдат и офицеров других родов войск).