После временного пребывания штаб-квартиры Мальтийского Ордена попеременно в Мессине, Катании и Ферраре, Державный Орден в 1834 г. экстерриториально обосновался в Риме на виа Кондотти, в бывшей резиденции посла Державного Ордена Святого Иоанна Иерусалимского при Римской курии (папском дворе).
Только в 1879 г. папа Лев XIII восстановил должность Великого Магистра Мальтийского Ордена, вновь уравняв его по достоинству с саном кардинала римско-католической Церкви.
В настоящее время со ставшим строго католическим и подчиненным папскому престолу «Суверенным (Державным) Военным (Рыцарским) Орденом Госпитальеров Святого Иоанна Иерусалимского Родоса и Мальты (S.M.O.M.)», сосуществуют следующие официально признанные им, как ведущие свое происхождение напрямую от «Ордена госпитальеров Святого Иоанна Иерусалимского», но перешедшие из католицизма в протестантизм и из подчинения Папе Римскому и мальтийскому Великому Магистру – в подчинение светским государям, «равнородные по происхождению», хотя и «инославные» ветви, рыцарские корпорации:
1.«Бранденбургский баллей (бальяж) Рыцарского Ордена Госпиталя Святого Иоанна Иерусалимского», известный также под названием «Орден Иоаннитов» (Ballei Brandenburg des Ritterlichen Ordens St. Johannis vom Spital zu Jerusalem; auch: Johanniterorden). Его краткая история такова.
Со времен антикатолической Реформации на землях, где позднее возникло королевство Пруссия, наряду с традиционной католической, существовала и протестантская (лютеранская) ветвь Мальтийского (иоаннитского) Ордена которая в 1648 г., по завершении Тридцатилетней войны, окончательно оформилась в виде исключительно протестантского рыцарского Ордена, в 1852 г. преобразованного прусским королем Фридрихом-Вильгельмом IV в династический Орден Гогенцоллернов под вышеприведенным названием, называвшийся также «Королевским Прусским Орденом Иоаннитов». Во главе Ордена был поставлен «герренмейстер», принц прусского королевского дома Гогенцоллернов, подчинявшийся верховному Протектору Ордена – королю Пруссии (являвшемуся с 1871 г. также Императором объединенной Германии). Начиная с падения дома Гогенцоллернов в результате Ноябрьской революции 1918 г. и до конца 1999 г. этот Орден подчинялся только своему герренмейстеру. В настоящее время резиденция Ордена находится в Бонне, его герренмейстером с сентября 1999 г. является Его Королевское Высочество Принц Оскар Прусский. Его отец, Принц Вильгельм-Карл Прусский, бывший герренмейстер, ныне является Протектором Ордена Иоаннитов.
2.Орден иоаннитов в Нидерландах (Johanniter Orde in Nederland), являвшийся до 1909 г. ассоциированным членом Бранденбургского баллея рыцарского Ордена Госпиталя Святого Иоанна Иерусалимского, а затем преобразованный в самостоятельный Орден, подчиненной нидерландской короне. С 1946 г. резиденция Ордена находится в Гааге. Во главе Ордена стоит Его Королевское Высочество Принц Бернгард Нидерландский.
3.Орден иоаннитов в Швеции (Johanniterorden i Sverige).
Шведский Орден иоаннитов ведет свое происхождение от старинного Великого приорства Дакийского, входившего в германский „язык“ (ланг) Мальтийского Ордена. Долгое время интересы шведских иоаннитов представлял Бранденбургский баллей, однако уже в 20-х гг. прошлого века предпринимались попытки создать чисто шведское иоаннитское братство. Наконец, в 1946 г. по указу шведского короля был учрежден автономный, негосударственный Шведский Рыцарский Орден Святого Иоанна с резиденцией в Стокгольме. Протектором Ордена является Его Королевское Величество Король Карл XVI Густав Шведский.
4. Великое Приорство Досточтимого (Достопочтеннейшего) Ордена Госпиталя Святого Иоанна Иерусалимского в Британском государстве, или Орден Святого Иоанна (The Grand Priorу in the British Realm of the Most Venerable Order of the Hospital of St. John of Jerusalem, The Order of St. John) .
Как мы знаем, католический Мальтийский Орден был формально упразднен в Англии в 1540 г.. Однако, с начала 40-х гг. XIX столетия, там стало нарастать стремление к воссозданию в Англии Ордена Святого Иоанна, правда, в национальной, хотя и не исключительно англиканской, форме. Наконец, в 1888 г. был учрежден автономный Орден Святого Иоанна, подчиненный британской короне, с резиденцией в Лондоне. Суверенным главой Ордена является британский монарх, в настоящее время – Eе Величество Королева Елизавета II Английская. В качестве ассоциированного члена в британский Орден Святого Иоанна входит православный
«Орден госпитальеров Святого Иоанна Иерусалимского, рыцари-госпитальеры под Королевским покровительством Петра II, Короля Югославского» („Hospitaller Order of St. John of Jerusalem, Knights Hospitallers under Royal Charter of Peter II., King of Jugoslavia“), гроссмейстерами которого после 2-й мировой войны являлись Его Королевское Величество Король Петр II Югославский и Его Королевское Высочество Принц Кароль Румынский. С момента признания Ордена британской короной в 1998 г. главой Ордена является Ее Величество Королева Англии Елизавета II.