Суверенный Мальтийский Орден управляется и поныне Великим Магистром. Его полный титул: Dei gratia Sacrae Domus Hospitalis Sancti Johannis Hierosolimitani et militaris Ordinis Sancti Sepulchri Dominici magister humilis pauperumque Jesu Christi custos – «Божией милостью Священного Страннопримного Дома Святого Иоанна Иерусалимского и рыцарского (военного) Ордена Святого Гроба Господня Смиренный Магистр и со Убогими во Христе Иисусе Охранитель». Обладая рангом кардинала и принца королевской крови, а также достоинством князя «Священной Римской Империи» и - в прошлом - правящего князя Родоса, а затем Мальты, Великий Магистр пользуется как титулом Преимущества (который иногда переводится как "Высокопреосвященство"), так и титулом Высочества, Преимущественнейшего Высочества, и признается на международном уровне главой государства, пользуясь соответствующими суверенными почестями.
Нынешним 78-м Князем и Великим Магистром является Его Преимущественнейшее Высочество фра Эндрю Найнджен Берти.
Великий Магистр управляет Орденом при содействии Суверенного Совета, возглавляемого им самим и состоящего из четырех высших должностных лиц Великого Магистерства, избираемых Великим Капитулом: Великого Командора, Великого Канцлера, Госпитальера и Держателя Общего Казначейства, а также из шести членов Совета. Эти должности выборные, и их могут занимать рыцари, давшие обеты, а иногда, в виде исключения, рыцари послушания.
Папа Римский назначает своим представителем при Суверенном Военном Мальтийском Ордене Кардинала Святой Римской Церкви, именуемого Кардиналом Покровителем (Cardinalis Patronus), который пользуется помощью Прелата Ордена, также утверждаемого в должности Папой. Прелат Ордена является церковным руководителем орденского духовенства и помощником Великого Магистра, в его обязанности входит попечение о духовном благополучии Ордена.
Жизнь и работа Ордена регулируется Конституцей, утвержденной Святым Престолом (апостолическое послание от 24.06.1961 г.) и Кодексом (Сводом Законов), вступившем в силу 01.11.1966 г. Кодекс де Рогана, изданный Великим Магистром де Роганом в XVIII веке, сохраняет свою действенность как дополнительный правовой источник, в тех случаях, когда его положения применимы и не противоречат вышеуказанным двум другим источникам законности. Юридические вопросы и проблемы, имеющие для Ордена интерес и значение, разбираются Консультативным Юридическим Советом, назначаемым Великим Магистром с согласия Суверенного Совета.
Мальтийский Орден имеет собственные суды первой инстанции и апелляционные суды с председателями, судьями, законоблюстителями и помощниками с правом совещательного голоса Суверенного Совета, утвержденными Великим Магистром. Апелляции по приговорам орденских судов могут подаваться в Кассационный Суд Государства Ватикан, который в таких случаях, действует по доверенности от имени Ордена, может исполнять функции Верховного суда, Коллегии Аудиторов, избираемых Генеральным Капитулом, контролирует доходы и расходы Ордена.
Суверенный Военный Мальтийский Орден представляет собой единственное непрерывное и последовательное продолжение Ордена Госпиталя Святого Иоанна Иерусалимского, основанного в 1099 г. и официально признанного в 1113 г. Только он является религиозным Орденом Католической Церкви и в то же время Католическим Рыцарским Орденом. Только он содержит в себе руководящее ядро принесших обеты Рыцарей Справедливости, прямых преемников его основателей, из числа которых избирается Великий Магистр и большинство членов Суверенного Совета и которые стоят выше светских рыцарей (мирян), число которых резко увеличилось со времен падения владычества ордена на Мальте. Сообщество наций никогда не переставало признавать Орден в качестве суверенного и независимого от любой светской власти субъекта международного права.
Орден осуществляет суверенные функции непрерывно с тех далеких дней, когда он владел островом Родос. Суверенные функции включают в себя не только способность заключать международные соглашения, устанавливать и поддерживать дипломатические отношения, но и участвовать в международных организациях, выпускать собственную валюту, иметь собственное почтовое ведомство, собственную финансовую систему, собственную независимую юридическую систему с активным и пассивным правом законодательства. Эти факты являются неоспоримым доказательством уникальной исторической идентичности и аутентичности Ордена.