Суверенитет Мальтийского Ордена выражен в двоевластии Верховного Главы Ордена, который является - в одном лице - суверенным Князем (Принцем) и Великим Магистром,с одной стороны, и Советов - Суверенного Совета, Генерального Капитула, Общего Государственного Совета, с другой. Генеральным Капитулом называется высшее собрание рыцарей, оно созывается по обычаю каждые пять лет и избирает членов Суверенного Совета, в то время как Общий Государственный Совет созывается с целью избрания Великого Магистра или Лейтенанта. Оба Совета - Генеральный Совет и Общий Государственный Совет — состоят из представителей Великих Приоратов (Великих Приорств, Великих Приорий), Приоратов (Приорств, Приорий), Суб-Приоратов (Суб-Приорств, Суб-Приорий) и Национальных ассоциаций (деления на «языки» больше не существует), которые являются составными частями организма Ордена в различных странах по всему миру.
Цели Суверенного Мальтийского Ордена изложены в статье 2 орденской Конституции. Они заключаются в следующем:
— Орден считает своей задачей, в соответствии с многовековой традицией приумножать честь Господа освящением членов Ордена со службой во славу веры и Святого Престола, на благо ближнего своего.
— Верный божественным заповедям и наставлениям Господа нашего Иисуса Христа, направляемый учением Церкви, Орден поддерживает христианские добродетели братства и любви к ближнему, содействует им, творит милосердие, оказывая помощь больным, эмигрантам, беженцам, беспризорным детям и бедным. Он печется об укреплении их духа и веры; активно поддерживает католические миссии. Орден всегда готов прийти на помощь жертвам стихийных бедствий и пострадавшим в войнах.
— Медицинские подразделения Ордена построены и действуют в соответствии с международными конвенциями и в рамках законодательства государств, с которыми заключены соответствующие соглашения.
Суверенный Военный Орден Госпитальеров Св. Иоанна Иерусалимского Родоса и Мальты поддерживает, на сегодняшний день, согласно нормам международного права, дипломатические отношения на уровне посольств с 78 государствами: Австрией, Албанией, Аргентиной, Бенином, Республикой Беларусь, Болгарией, Боливией, Боснией и Герцеговиной, Бразилией, Буркина- Фасо, Ватиканом (от которого, по своей двойственной природе, он зависит как духовная организация, но независим как суверенный объект международного права), Венгрией, Венесуэлой, Габоном, Гаити, Гватемалой, Гвинеей, Гондурасом, Доминиканской республикой, Египтом (АРЕ), Заиром, Испанией, Италией, Камбоджей, Камеруном, Кабо-Верде, Колумбией, Коморскими островами, Конго, Коста-Рикой, Кот д`Ивуаром, Кубой, Латвией, Либерией, Ливаном, Литвой, Лихтенштейном, Мадагаскаром, Маврикием, Мавританией, Македонией, Мали, Мальтой, Марокко, Микронезией, Мозамбиком, Нигером, Никарагуа, Панамой, Парагваем, Перу, Польшей, Португалией, Россией (официальные отношения на уровне чрезвычайных и полномочных послов), с Румынией, Сальвадором, Сан-Марино, Сент-Винсент-Гренадинами, Сао Томе и Принсипи, Сейшельскими Островами, Сенегалом, Словакией, Словенией, Сомали, Суданом, Таиландом, Таити, Того, Уругваем, Филиппинами, Хорватией, Центрально-Африканской Республикой, Чадом, Чехией, Чили, Эквадором, Экваториальной Гвинеей и Эфиопией.
Кроме того, Суверенный Мальтийский Орден имеет миссии в Бельгии, Германии, Монако, Франции и Швейцарии и представлен делегациями в ООН в Нью-Йорке (Орден имеет статус постоянного наблюдателя при ООН – но отнюдь не в качестве «суверенного объекта международного права», а в качестве общественной организации!), Комиссии Европейского Сообщества, Совета Европы, в бюро ООН и штаб-квартирах международных организаций в Женеве, ЮНЕСКО, FAO, IAEA, UNIDO, Организации Центрально-Американских государств, Международном Институте Прав человека, Международном Институте Унификации Частного Права и других международных организациях и комитетах...
Его Преимущественнейшее Высочество Князь и Великий Магистр при посредстве Суверенного Совета управляет Суверенным Мальтийским Орденом, распространенным по всему миру активным субъектом международного права, который, никогда не отказываясь от своей исконной цели — защиты христианства, ныне посвятил себя преимущественно оказанию всесторонней помощи в медицинской, социальной и гуманитарной сферах в самом широком смысле этих слов, без какой-либо дискриминации по религиозному или идеологическому признаку.
Госпитальерская деятельность осуществляется через территориальные организации Ордена, то есть через Приораты и Суб-Приораты и, прежде всего, через Национальные Ассоциации и через Службу Помощи Суверенного Мальтийского Ордена.