Вначале военное положение улучшалось, хотя оно еще оставляло желать много лучшего. Различные маршалы, каждый из которых осуществлял полунезависимое командование, осели во многих частях страны и получили инструкции следовать политике, определяемой центральным правительством, но солдаты фортуны, вроде Сульта, Виктора и Ожеро, поднявшиеся до высшего командования из рядовых, не были склонны приносить в жертву свои амбиции и личное обогащение ради национальной политики, и их жадность и неспособность к сотрудничеству внесли значительный вклад в длинный ряд французских катастроф на полуострове. Номинально Жозеф все еще осуществлял верховную власть, но в стране, подобной Испании, где французские контингенты были разделены большими расстояниями, труднопроходимой территорией и стаями партизанских бойцов, взаимодействие было бы затруднено даже в том случае, если бы маршалы пытались осуществлять его по своей доброй воле. Но доброй воли и не было, всего лишь повседневные проявления алчности, ревности и эгоизма, а в результате, как этого и можно было ожидать, возник хаос.
Дела не пошли лучше при активизации британских и португальских войск под искусным, но слишком уж осторожным командованием Веллингтона. Само присутствие этой небольшой, но хорошо оснащенной армии было источником бесконечного подстрекательства для испанцев. Терпя все новые и новые поражения в открытом поле, национальные силы могли восстанавливаться, набирать рекрутов, перегруппировываться и снова наносить удары по изолированным французским корпусам. Если бы военный гений, подобный Наполеону, объединил командование и поставил бы на колени ссорившихся между собой маршалов, то, вне сомнений, Веллингтон был бы сброшен в море. Но Наполеона занимали другие дела, к тому же он периодически уединялся со своей новой австрийской женой в Париже, и, когда Массена, самый крупный стратег среди маршалов, получил достаточное количество солдат и высшее командование на поле боя, было уже слишком поздно. Британцы хорошо обустроились, а испанцы познали ошибочность проведения крупных сражений против хорошо дисциплинированных войск. Иногда сам Жозеф вступал в бой, и под Талаверой вместе с маршалами Журданом и Виктором он нанес большие потери британцам, однако не разбив их до конца. Кадис так никогда и не был захвачен, а в кампаниях Веллингтона по отражению ударов французов его противники обычно не могли противостоять разрушительной мощи британских залпов, и все заканчивалось взаимным отводом сил.