В дальнейшем, в середине XIX века, в отместку за разгром Нахимовым Синопа нападали на монастырь и англичане. Высадиться им не дала монастырская артиллерия. Но два военных корабля в течение девяти часов палили по монастырю из всех орудий, требуя безоговорочной капитуляции. Ущерб оказался невелик, люди не пострадали, уцелели даже бесчисленные птенцы чаек на монастырском дворе, что немедленно было объявлено чудом. Англичане же ретировались, прихватив с собою не то на Заяцком, не то на Анзерском острове колокол. Он провисел в Портсмуте 58 лет, а в 1913 году в знак добрых отношений Англии и России был в торжественной обстановке возвращен монастырю.
В 1635 году было сильное морское наводнение, причинившее монастырю большой материальный ущерб. Вода доходила до крыльца Преображенского собора.
Подлинным бичом монастыря были пожары, которые вызывались ударами молнии в купола церквей. Как видно, в этом северном краю грозы бывали жестокие. 6 сентября 1701 года удар молнии причинил сильные повреждения Преображенскому собору, причем «в алтаре у служившего иеромонаха Маркиана на ноге у сапога голенище разорвало, без повреждения, однако, ноги. Проломило купол и попадали иконы». Еще в 1485 году большая часть монастыря сгорела. В 1538 году монастырь сгорел повторно до основания. В 1717 году был пожар в Успенском соборе. Бывали пожары и позже. Поэтому облик монастыря многократно менялся. На древних изображениях можно найти многие постройки, которых нет на последующих.
Доставалось монахам от природы и в мореходстве. Вот, например, «1749 года октября 17 дня восемь человек монастырских трудников, ехав морем с рыбной ловли, производимой ими на западном берегу Белого моря, пристали для ночлега в Шугрецких лудах, или малых островках. Двое из них остались в судне, которое, кроме брошенного якоря, привязано было за камень канатом. А шестеро, вы-шедши на берег, разложили там огонь. Спустя мало времени вдруг поднялась порывистая буря, и судно их силою ветра с каната сорвало и унесло в море столь скоро, что находившиеся в нем те два человека не имели возможности выйти на островок. У судна руль был поврежден — ночь была осенняя, темная, почему они ожидали только своей погибели. Через двое суток за семьдесят верст от сего места их выкинуло с судном на берег Керети. Оставшиеся же на, пустом островке люди, не имев с собою съестных припасов, целых двенадцать дней питались растущими там ягодами вороницею; у них был один токмо топор, с помощью коего двое из них решились из наносных водою досок сделать плот и с отчаянием вдали себя морским волнам. Эти двое доплыли по бурному морю до берега материка, и шугрецкие крестьяне спасли по их указанию остальных». Казалось бы, сроки и расстояния в этой древней робинзонаде не так велики. Но надо вспомнить, что представляет собой в октябре разъяренное ледяное Белое море!
Из монастырских настоятелей наиболее прославился полезной деятельностью архимандрит Филипп, он же боярин Федор Степанович Колычев. Это был просвещенный и активный церковный деятель XVI века. При нем были построены многие здания, в частности Преображенский собор, заводы и мастерские, а также создана единая водная система острова и хорошая система водоснабжения монастыря. Под его руководством связаны каналами 52 озера (в настоящее время связано 70 из почти 300 озер). Настоятель Филипп прославился так, что царь Иван Васильевич вызвал его в Москву и сделал митрополитом Московским и патриархом всея Руси. Однако это возвышение на пользу бывшему боярину Колычеву не пошло. Иван Грозный разгневался на него за то, что он хотел отстранить от себя опричнину, Малюту Скуратова. Нашлись клеветники и завистники в самом Соловецком монастыре, куда была послана комиссия, настроенная подтвердить «вину» Филиппа в каких-то злоупотреблениях.
В результате «он был изгнан поносно и в одном из московских соборов разоблачен, а затем сослан на покаяние в Тверской Отрочь-монастырь». Царь Иван тем временем раскаялся, обратил гнев свой на монастырских клеветников. Дело разбиралось повторно, и Федор Колычев дожидался уже оправдания, но в ноябре 1570 года был в заточении удушен, по преданию, самолично Малютой. Вот почему на всех последующих изображениях монастыря и его деятелей венцами окружены головы не только Савватия, Германа и Зосимы, но и Филиппа.
Все, о чем я здесь рассказываю, лишь отдельные случайные вехи, взятые из рассказов и старинных книг по истории острова и монастыря. История эта была необыкновенно насыщенной событиями.
Разнообразна и природа острова. Мы упоминали уже о растительности монастырской стены и птенцах чаек. Но сейчас чаек на территории монастырского кремля давно уж нет. Все они гнездятся на малых островках. Их можно видеть на побережьях Муксалмы и Анзерки. А на зиму они вообще улетают с архипелага. Сейчас это просто дикая птица, довольно пугливая. Но прежде было совсем не так.