Больше всего повредил единодушию парламента церковный вопрос. В необходимости реформы были убеждены все, и одним из первых действий парламента был выбор особой комиссии для рассмотрения этого вопроса. Масса членов Палаты общин, как и лордов, сначала была против всяких коренных преобразований в устройстве или учении церкви; но и внутри, и вне палат общее мнение было в пользу ослабления как могущества и богатства прелатов, так и полномочий церковных судов. Даже среди самих епископов наиболее выдающиеся понимали необходимость согласия на упразднение капитулов и епископских судов, а также на избрание в каждой епархии совета священников, который, по мысли архиепископа Эшера (Usher), должен был ограничивать произвол епископов. С этой целью Уильямс, епископ Линкольнский, составил особый проект, но он далеко не соответствовал желаниям огромного большинства общин. Помимо этих перемен, Пим и лорд Фолкленд требовали отстранения духовенства от всех светских должностей и удаления епископов из Палаты лордов.
Последняя мера представлялась необходимой для восстановления независимости пэров: численность и раболепство епископов обычно были настолько сильны, что мешали всякому противодействию короне. Одновременно усиливалась партия, настаивавшая на полном упразднении епископата. Преследования Лода принесли популярность теориям Картрайта, и пресвитерианство встало теперь между средними классами грозной силой. Средоточием его служили восточные графства и Лондон, где несколько священников, в том числе Келэмп и Маршалл, организовали общество для его распространения; в Палате лордов оно было представлено лордом Мендевилем и некоторыми другими. В Палате общин сэр Гарри Вэн представлял крайнюю партию преобразователей, будущих индепендентов; к пресвитерианству они относились не менее враждебно, чем к епископату, но пока действовали вместе с пресвитерианами и составляли часть партии, известной как «партия корней и ветвей», ввиду того, что она требовала полного искоренения епископата. Отношение Шотландии к великой борьбе против деспотизма и политические выгоды религиозного объединения обоих королевств, а также желание теснее привязать Англию к протестантизму вообще, придали новую силу партии пресвитериан. Написав «Лицида», Мильтон провел год в заграничном путешествии и по возвращении домой включился в богословскую борьбу. Он считал «делом несправедливым, что английская церковь отличается от всех реформатских церквей».
Несмотря на такое давление и подписанное 15 тысячами лондонцев ходатайство о том же, церковная комиссия высказалась в пользу умеренных реформ, предложенных Фолклендом и Пимом, и билль об удалении епископов из Палаты пэров прошел через общины почти единогласно. Лорды отвергли его перед отъездом короля в Шотландию, а по его возвращении он был внесен снова. Пим и его товарищи, желая прекратить раздоры в своих рядах и положить конец настояниям ревнителей пресвитерианства и опасениям церковной партии, остановились на полумере, предложенной церковной комиссией весной. Но, несмотря на усиленные представления общин, пэры все еще не решались принять билль. Задержка раздражила собравшуюся вокруг Уайтхолла толпу лондонцев; она стала останавливать экипажи епископов, ехавших в Палату, и оскорблять самих прелатов. Оскорбленная гордость побудила Уильямса и десять других епископов объявить, что им мешают посещать парламент и что все решения, принятые в их отсутствие, не имеют ни силы ни значения. На протест пэры ответили немедленным заточением в Тауэр подписавших его епископов; но это столкновение оказало большое содействие планам короля. Придворные стали открыто говорить, что оскорбление епископов доказывает несвободу парламента, и старались вызвать новые столкновения: они составляли отряды из офицеров и наемных солдат, ожидавших отправления на войну в Ирландию, и направляли их на толпы, окружавшие Уайтхолл.