В первом квартале 1899 г. вышло два важнейших постановления кабинета министров Германии. Первым постановлением от 27 февраля 1899 г. ввели поправку к закону 1898 г. о флоте, согласно которой произвели переклассификацию типов кораблей. Броненосцы 1-го класса, включая броненосцы типа "Бранденбург", а также броненосцы 3- го класса типа "Саксен" получали единое обозначение — "линейный корабль".
Ввиду принятого кайзером решения взять на себя непосредственное руководство военно-морскими силами империи вторым постановлением кабинета министров от 14 марта главное командование военно-морского флота упразднили, поскольку сделалось ненужным его существование как промежуточной инстанции между главой государства и высшими морскими должностными лицами. При этом его функции перешли к шести непосредственно подчинённым кайзеру командным инстанциям, среди которых основную роль играли имперское морское министерство и морской кабинет.
Однако, штабное отделение главного командования оставили и присвоили ему на будущее название морского генерального штаба, чем регламентировали его непосредственное влияние на планирование будущих операций. Начальник штабного отделения стал начальником морского генерального штаба. Одновременно 1-ю эскадру напрямую подчинили непосредственно самому кайзеру и учредили "главное инспекторское бюро", во главе которого поставили одного из старейших адмиралов.
28 февраля вице-адмирал Томсен снова поднял свой флаг на борту линейного корабля "Курфюрст Фридрих Вильгельм". После сбора в Киле эскадра с 5 по 11 марта совершила учебный поход в средней части Балтийского моря. 22 марта произошла авария с броненосцем 4-го класса "Ольденбург". Во время шторма и снежной бури у него оборвалась якорная цепь, после чего корабль стало сносить из бухты Страндер в открытое море. С трудом совместными усилиями линкору "Бранденбург" и портовому буксиру "Нордер" удалось его отбуксировать обратно в бухту, где корабль выбросило на отмель. Но после выгрузки угля и боезапаса он своим ходом сошёл с мели, не получив почти никаких повреждений. Всё же "Ольденбург" пришлось вывести из состава эскадры, которая 5 апреля уже без него приняла участие в торжествах по случаю 50-летия битвы при Эккернфёрде (5 апреля 1849 г.).
В мае 1-я эскадра предприняла длительный поход в Атлантику, в котором в составе 2-й дивизии принял участие корабль-база резервной дивизии Балтийского моря, бывший броненосец береговой обороны "Эгир". В начале похода для пополнения запасов угля линкоры 1-й дивизии и "Эгир" зашли в Дувр, а 2-й дивизии в Фалмут. Соединившись 8 мая у Фалмута, они продолжали дальнейший поход через Бискайский залив и 12 мая зашли в Лиссабон. С явно выраженным намерением уменьшить впечатление от прихода германской эскадры, туда же на следующий день направилась дислоцирующаяся в Английском канале британская эскадра в составе четырёх линкоров и восьми крейсеров. После посещения португальским королем Карлом I флагманского корабля эскадры "Курфюрст Фридрих Вильгельма’’ немецкая эскадра отправилась в обратный путь.
Возвращение эскадры прервалось 24 мая в районе Дувра, где в честь 80-летия английской королевы Виктории состоялся грандиозный морской парад, в котором приняли участие и немецкие корабли. 31 мая германская эскадра вернулась в Киль.
Подготовка к проведению осенних маневров регламентировалась постановлением кабинета министров от 14 марта, что вызвало новые организационные изменения. Теперь кайзер сам лично назначал командующего флотом. Как и ожидали, им был назначен командующий военно-морской береговой станции Балтийского моря вице-адмирал Кёстер, которого одновременно назначили генеральным инспектором военно-морских сил.
Особенностью проведенных в июле в Северном море маневров 1-й эскадры явилось то, что в оборонительных и наступательных фазах учений приняли участие части Х-го армейского корпуса. Первый этап маневров проходил в Балтийском море и продолжался до 30 августа. Второй этап с переходом вокруг мыса Скаген и учениями в Немецкой бухте продолжался до 7 сентября. Третий этап первоначально должен был также состояться в Северном море. Но распоряжением начальника недавно созданного морского генерального штаба эти планы изменили, и место третьего этапа маневров перенесли в проливы Каттегат и Большой Бельт.
При первом начальнике морского генерального штаба вице-адмирале Бендемане был разработан новый оперативный план, предусматривающий занятие большей частью германского флота оборонительной позиции в проливе Большой Бельт, в то время как меньшая его часть должна была прикрывать мобилизацию на побережье Северного моря и обеспечить усиление береговой обороны. Быстрое соединение обеих частей флота обеспечивалось наличием Кайзер- Вильгельм канала. Этот план строился в расчёте на то. что противник разделит свои силы между Северным морем и проливами Каттегат и Скагеррак, и действиями из пролива Большой Бельт удастся достичь успеха против части британского флота.