Этот род в период своего доминирующего влияния являлся правящей властью Бухары – точно так же, как Микалисы в Нишапуре и похожие семьи в других городах. Я использовал слово «правитель» для раиса – «предводителя», хотя современное название этой должности в американских городах представляет собой лишь весьма приблизительный аналог данного слова. Нет ничего неожиданного в том, что эти религиозные лидеры, являясь одновременно и лидерами политическими, конфликтовали со своими караханидскими хозяевами. Нам неизвестно, имело ли правительство Караханидов право смещать имама и раиса Бухары, но нам известно о другой семье имамов, Саффари, позднее занимавшей эту должность, что указывает на некоторые перемены. В 1069 г. Абу Ибрагим Исмаил аль-Саффар, занимавший одновременно пост имама и раиса, был казнен Шамсом аль-Мульком. Его сын Абу Исхак ибн Исмаил, который, предположительно, наследовал своему отцу, точно так же выступал против Караханидов и, как и его отец, был им как кость в горле. Видимо, Абу Исхак находился на высоком посту до самого прихода султана Санджара, вторгшегося в Трансоксиану сельджукского правителя. Чтобы обуздать непокорного имама и восстановить мир, около 1102 г. сельджукский султан забрал Абу Исхака в Мерв. Тогда же или чуть позднее Санджар назначил своего сводного брата Абд аль-Азиза ибн Умара аль-Маза, высокообразованного религиозного лидера Мерва, главой всех судей и религиозных кругов Бухары вместо Абу Исхака. Абд аль-Азизу присвоили титул садра и лакаб «Бурхан аль-Милла вал-Дин», как и еще несколько других. Отсюда берет свою родословную династия религиозных лидеров Бухары, названной по лакабу осно вателя, – Али Бурхан. Таким образом, Али Бурханы наследовали руководство делами Бухары у предыдущих родов.
В 1102 г. Санджар разгромил и убил правителя восточной ветви Караханидов, Кадыр-хана, который объявил себя верховным правителем западной части караханидской Трансоксианы. Санджар поставил править Трансоксианой, в качестве своего вассала, другого караханидского правителя, Арслан-хана. Этот Арслан-хан, правивший до 1130 г., оказался замечательным строителем, и при нем был восстановлен большой минарет Бухары, сохранившийся до наших дней. Он также восстановил великую мечеть и сад, место для праздничных молитв, которое прежде было Самсабадом – местом нахождения поместий и садов, где располагалась резиденция Шамса аль-Мулька. Арслан-хан строил дворцы и бани, а также восстановил городские стены. Он перестроил значительную часть города Пайкан на самом юге Бухарского оазиса, но просчет по части снабжения города необходимым количеством воды сделал его достижения недолговечными. Вспыхнувшие между Арслан-ханом и Санджаром разногласия завершились осадой Самарканда, где обосновался Арслан-хан. Последнему наследовал другой член династии Караханидов, который правил непродолжительное время и был заменен еще одним правителем, Килич Тамгач-ханом, также ставленником Санджара. Правителями Трансоксианы стали Сельджуки, а Караханиды были всего лишь вассалами Санджара.
Однако у Санджара имелись и другие проблемы, среди которых необходимость воевать с мятежным вассалом Атсизом, правителем Хорезма. Хоть султан и победил, исходящая от Атсиза угроза не была устранена, и в 1139 г. хорезмшах смог захватить Бухару, убить назначенного Санджаром правителя и разрушить цитадель. Немного погодя он согласился на переговоры, заключил мир с Санджаром и подчинился ему. Вскоре Санджар отправился отражать вторжение неверных каракитаев с Дальнего Востока, однако в сентябре 1141 г. сельджуки оказались наголову разбиты в битве при Катване, в степи близ Самарканда. Целая страна упала в руки языческих правителей каракитаев, в тот же год оккупировавших Бухару.
Правитель каракитаев не стал менять существующее положение в Трансоксиане, поскольку один из караханидских правителей, Ибрагим ибн Мухаммед, занял место кагана в качестве вассала каракитаев. Однако Ибрагим погиб в битве с тюрками-карлуками под Бухарой в 1156 г. При каракитаях правители Караханидов продолжали осуществлять исполнительную власть, но они значительно утратили свое могущество. В Бухаре делами города руководили садры, хотя номинальными гражданскими правителями оставались Караханиды.