Выходцам из крестьян, которыми были многие командиры чапаевской дивизии, не могли понравиться антикрестьянская политика военного коммунизма в деревне и действия низовых органов власти на местах. Сельсоветы и ревкомы часто не обращали внимания на предусмотренные декретами Центра льготы семьям красноармейцев и командиров и требовали выполнения продовольственных, подводных и других повинностей в полном объеме. Поведение продотрядов в губерниях, находившихся под контролем советской власти или недавно занятых Красной армией, и почти повальная безнаказанность их бесчинств — одна из мрачных и трагических страниц даже на фоне общего ожесточения гражданской войны. Вести из родных мест не могли не повлиять на настроения рядовых бойцов и командиров, вызывали их возмущение против порядков в тылу и засевших там начальников, порочивших, как они считали, советскую власть.
Немало чапаевцев стали участниками и руководителями крупных антикоммунистических восстаний. Александр Сапожков, чей Новоузенский отряд воевал бок о бок с отрядами и полками Чапаева, а затем оборонял Уральск, восстал против большевиков в июле 1920 года. Его ближайшими соратниками являлись бывшие комбриги 25-й дивизии Иван Плясунков и Дмитрий Зубарев. Первый вскоре покинул ряды повстанцев, сдался красным и в январе 1921 года погиб при невыясненных обстоятельствах при подавлении другого восстания, возглавленного бывшим красным командиром Иваном Вакулиным. Дмитрий Зубарев оказался в руках красных и был расстрелян за участие в восстании.
Тем временем война продолжалась. 23 июня Фрунзе конкретизировал задачи 4-й армии под Оренбургом и Уральском: «Ближайшими боевыми задачами ставлю: а) 4 армии, при содействии особой группы, объединяемой под начальством начдива-25 т. Чапаева, подчиняемого непосредственно мне, разбить главные силы противника, действующего в районе Уральска, и соединиться с осажденным уральским гарнизоном.
При выполнении указанной задачи главные силы армии, сосредоточенные в районе Семиглавый Мар, развивая первоначально энергичные действия вдоль железной дороги до Переметная, в дальнейшем должны вести наступление для овладения районом форпост Чеганский, Кошумский, перехватывая ближайшие пути отхода от Уральска на юг.
Имея в виду дальнейшую задачу по овладению всей Уральской областью, командарму 4-й принять срочные меры по усилению Александрово-Гайской группы, которой будет дана самостоятельная задача — наступая через Сломихинскую, выйти к Калмыковску, дабы перерезать тыл казакам, против которых с севера от Уральска будут действовать главные силы 4-й армии. <…>
Группе т. Чапаева, в которую кроме 25 стрелковой дивизии включаю Особую бригаду в составе 210 стрелкового имени Ленина полка, Рязанского стрелкового полка, 10 кавалерийского полка, одной легкой батареи и гаубичного дивизиона, — не позднее 27 июня сосредоточиться: Особой бригаде — Александровка, Ивановка, Ореховка; 1 бригаде 25 стрелковой дивизии — Славянка, Михайловка, Петровка, Алексеевское (Землянки), Несмияновка; 2 бригаде 25 дивизии — Сергеевка (Бобровка), Семеновка, Ромашкино; 3-й бригаде 25 дивизии — Кандауровка, Курманаево, Петровка.
По окончании сосредоточения группе т. Чапаева по особому приказанию начать решительное наступление в общем направлении на Уральск. При выполнении этой задачи группе, концентрически направляя свои части, в конечном результате выйти на фронт корд. Деркульский, Уральск, Дарьинский, разбить главные силы противника, действуя в полной связи с частями 4 и 1 армий, и освободить осажденный уральский гарнизон».
Накануне Уральской операции командарм подробно разъяснил частям, участвовавшим в операции (кроме имевшей богатый боевой опыт в борьбе с казаками 25-й дивизии в армии числились и части, впервые сталкивавшиеся с партизанской тактикой), как действовать против мобильного и энергичного противника. Фрунзе требовал не давать себя застать врасплох, чтобы не допустить паники и ее катастрофических последствий. На походе все ценное, особенно боеприпасы, предписывалось иметь в середине колонны и высылать охранение во все стороны; приказывал не замедлять движение при появлении противника и быть готовым к отражению атак с близкого расстояния и решительно прорываться вперед, стремясь выполнить поставленную задачу. Кроме того, красный полководец требовал избегать стрельбы по конным группам и разъездам противника с дальних дистанций, чтобы не оказаться безоружным в случае атаки, экономить патроны для действенного огня с близкого и среднего расстояния.
«Особенное внимание приказываю обратить на самую серьезную службу охранения и поддержание боевой готовности частей при остановках на ночлеги. Требую, чтобы каждое селение, занимаемое на ночь, приводилось в оборонительное состояние…