Казнить Моралеса должен был Универсо Санчес, помощник Фиделя, отвечавший в то время за контрразведку. В беседе с Тедом Шульцем, автором наиболее полной биографии Фиделя Кастро, Санчес поведал о том, что имели место и другие трибуналы и по меньшей мере один из них — суд над обнаруженным в их рядах шпионом — действительно завершился казнью. Шульц пишет: «Этот человек, имя которого нам неизвестно, был приговорен трибуналом и под руководством Универсо казнен одним из бойцов. Тот говорит, что его "застрелили и похоронили в поле"».
В наши дни местные жители, обитающие поблизости от ранчо «Сан-Мигель», рассказывают, что за крепкими стенами там покоятся три тела. Однако, как уверяет Универсо Санчес, эти слухи не более чем легенда. На Кубе любое упоминание об этих событиях запрещено.
К началу июня группа Альмейды вернулась назад в город, и для учений на ранчо прибыла следующая. Четырнадцатого числа Че отметил свой двадцать восьмой день рождения. Казалось, все идет хорошо. Но 20 июня агенты мексиканской полиции арестовали Фиделя с двумя товарищами на одной из улиц в центре Мехико. В течение нескольких дней были захвачены буквально все члены движения, находившиеся в городе. На явочных квартирах были проведены обыски, изъяты все документы и тайники с оружием. Байо и Рауль, узнав о событиях, скрылись в тайном убежище, а Че остался командовать на ранчо. Ильда также была арестована, но успела спрятать письма Фиделя (ее адресом он пользовался для секретной переписки) и самые опасные политические записки мужа. Ее несколько раз допросили о деятельности Эрнесто и Фиделя, и затем она с ребенком была освобождена, проведя в тюрьме одну ночь.
Фидель и его товарищи были обвинены в том, что совместно с кубинскими и мексиканскими коммунистами создали заговор в целях убийства Батисты. Гавана потребовала их экстрадиции. 22 июня Фиделю было позволено выступить с публичным заявлением, в котором он, аккуратно подобрав слова, отрекся от приписываемых ему связей с коммунистами. Он указал на то, что был в тесных отношениях с покойным лидером Ортодоксальной партии, антикоммунистом Эдуардо Чибасом. Тем временем Рауль с товарищами пытались найти адвокатов для защиты Фиделя.
Гевара в это время готовился к неминуемому налету полиции на ранчо. Опасаясь возможного столкновения, Кастро поспешил приказать Че и его людям сдаться. Че повиновался и вскоре присоединился к своим товарищам в тюрьме Министерства внутренних дел на улице Мигеля Шульца.
На снимках, сделанных мексиканской полицией, Эрнесто предстает молодым человеком с решительным выражением лица, чисто выбритым, но с нечесаными волосами. На снимке в фас он глядит прямо в камеру. На снимке в профиль хорошо видны его выпуклый лоб, упрямо сжатый рот, задумчивое выражение лица.
Под фотографией указаны его имя, дата и место рождения, адрес в Мексике и физические характеристики, а также официальная причина ареста: превышение сроков визы. Ниже еще одна строчка: «Утверждает, что является туристом».
26 июня, через два дня после того, как был сделан этот снимок, Эрнесто впервые дал показания в полиции, но содержалось в них только то, что властям и так уже было известно. Рассказывая об обстоятельствах своего приезда из Гватемалы, он признал, что симпатизировал Арбенсу и работал на его администрацию. Как-то в Мексике один человек, имени которого Гевара не может вспомнить, познакомил его с Марией Антонией Гонсалес. Впоследствии он узнал, что ее дом является местом встреч кубинцев, недовольных политическим режимом в своей стране. В итоге сам Гевара познакомился с главным из них, Фиделем Кастро Русом. Приблизительно за полтора месяца до того, узнав, что кубинцы проходят обучение, чтобы возглавить революционное движение против Батисты, он предложил им свои услуги врача и был принят. По просьбе Кастро он также служил посредником при аренде ранчо в Чалько. Гевара скрыл истинное количество людей и единиц оружия, находившихся на ранчо, заявив, что у кубинцев было всего две винтовки, из которых они стреляли по мишеням и охотились для развлечения, а также револьвер тридцать восьмого калибра «для самообороны».
В тот же день мексиканская проправительственная газета «Эксельсиор» на первой полосе опубликовала статью об аресте Кастро и его сторонников. Огромный заголовок гласил: «В Мексике предотвращен мятеж против кубинского правительства и арестованы двадцать зачинщиков». Назавтра последовало продолжение статьи, называвшейся «Новые аресты кубинских заговорщиков, подозреваемых в связях с коммунистами». В качестве источников журналисты сослались на мексиканскую федеральную полицию.