Как и ожидалось, теперь в тюрьме остались только Эрнесто и Калисто Гарсиа, официальной причиной чему было то, что ситуация с их иммиграционным статусом оказалась «более сложной». Но, несомненно, в случае с Че большую роль играли его связи с коммунистами. Гарсиа же, видимо, не выпускали потому, что он слишком долго прожил в Мексике на нелегальном положении — с марта 1954 г. Хотя над ними по-прежнему висела угроза экстрадиции, Че отказался от предложения своих гватемальских друзей, Альфонсо Бауэра Паиса и Улисеса Пти де Мюра, воспользоваться для его освобождения дипломатическими связями. Так случилось, что аргентинским послом в Гаване в то время был один из дядьев Че, и Ильда предлагала воспользоваться его услугами, чтобы обеспечить мужу выход на свободу. Ильда писала: «Фидель одобрил эту идею, но, когда мы рассказали обо всем Эрнесто, он сказал: "Ни в коем случае! Я хочу быть в том же положении, что и кубинцы"».
Пока Че упирался, Фидель должен был как можно скорее покинуть страну. Мексика больше не была для него безопасна. В качестве меры предосторожности Кастро рассредоточил своих людей, отослав их в отдаленные от Мехико районы, где они должны были ждать развития событий. Понимая, что Фидель должен спешить, Че предложил ему уезжать без него, но Фидель поклялся, что не бросит друга. Это был великодушный шаг, о котором Че не забудет до конца своих дней. Потом он напишет: «Чтобы освободить нас из мексиканской тюрьмы, нужно было потратить ценное время и деньги, необходимые для других целей. Такое отношение Фиделя к тем, кого он уважает, объясняет ту фанатичную преданность, которую эти люди питают к нему».
Примерно в этот же период Гевара сочинил оду, которую назвал «Гимн Фиделю». Он показал стихотворение Ильде и сказал, что собирается подарить оду Кастро, когда они на корабле отправятся на Кубу. Хотя эти стихи поэтически незрелы, они отражают глубину чувств, которые в то время питал Эрнесто к Кастро.
В середине августа, проведя в заключении пятьдесят семь дней, Че и Калисто Гарсиа были выпущены на свободу.
Однако Че и Калисто, так же как ранее их товарищи, были освобождены с одним условием: в течение нескольких дней они должны были покинуть Мексику. Однако, как и их товарищи, они ушли в подполье. Правда, поначалу Че приходил домой, чтобы сделать некоторые дела, а также полюбоваться на малышку. В те три дня Ильда не раз видела, как он сидит у колыбели и читает дочке вслух стихи или просто молча смотрит на нее.
По приказу Фиделя на выходных они с Калисто переехали за город, в местечко Истапан-де-ла-Саль, где поселились в гостинице под фальшивыми именами.
Нелегальное существование продлилось три месяца, и Эрнесто пару раз тайно возвращался в столицу, но в основном Ильда приезжала к нему по выходным. Все свое время Эрнесто посвящал теперь размышлениям над двумя родственными явлениями: марксизмом и революцией. Даже находясь с семьей, он неустанно говорил жене о «революционной дисциплине» или сидел зарывшись в толстые книги по политэкономии. Его идеологический пыл распространялся и на общение с дочерью: он частенько называл девочку «мой маленький Мао».
В начале сентября, после очередного приступа астмы, Эрнесто вместе с Калисто перебрались из Истапан-де-ла-Саль в Толуку, где климат был суше. Затем Фидель пригласил их на съезд будущих повстанцев в Веракрусе. Там Че встретился со многими своими товарищами, которых не видел несколько месяцев.