После расследования дела Редера материалы в отношении Пришивцына, Ширина, других винницких чекистов отправили А. Кобулову. 9 августа 1939 г. арестовали помощника начальника отделения 3 отдела УНКВД по Винницкой области И.Г. Водкина за незаконные методы следствия и фальсификацию следственных документов. 19 сентября дело было закончено, но 29 ноября военным трибуналом войск НКВД Киевского особого военного округа его направйли на доследование.
2 февраля 1940 г. по этому делу арестовали А. Запутряева. Выяснилось прямое участие И. Кораблева в необоснованных арестах, незаконных методах следствия, фальсификации следственных документов. 21 декабря 1939 г. материалы на Запутряева, Кораблева, других бывших сотрудников были направлены в НКВД СССР для получения санкции на арест и привлечения виновных к ответственности. Пока в Москве решали этот вопрос, 19 апреля 1940 г. Военный трибунал войск НКВД Киевского особого военного округа оперуполномоченного И.Г. Водкина приговорил к 5 годам заключения и лишению звания сержанта госбезопасности.
Разрешение на арест Кораблева было получено только 16 мая 1940 г., и на этом основании 28 мая 1940 г. его арестовали в Москве. 5 июня Кораблева привезли в Киев. Дознание длилось больше шести месяцев. Интересно, что в ходе его 19 ноября 1940 г. были взяты свидетельские показания у Я. Тернивского. «В областном отделе НКВД, — утверждал он, — фактов извращений и нарушений социалистической законности в то время мне не было известно». Такие же свидетельства дал Б. Другобицкий. 7 февраля 1941 г. нарком внутренних дел УССР И.А. Серов утвердил обвинительное заключение в отношении Кораблева и Запутряева. Указывалось, что Кораблев беспрекословно выполнял задания «впоследствии разоблаченного врага народа — Успенского в соответствии с вражеской деятельностью антисоветской заговорщицкой организации, существовавшей в органах НКВД». Кораблевым и Запутряевым производились массовые необоснованные аресты. По указанию Кораблева Шириным и Редером был введен в практику метод групповых допросов, так называемая «лаборатория». В предъявленном обвинении Кораблев полностью признал свою вину, заявив, однако, что в то время он свои действия преступными не считал. Запутряев виновным себя не признал, но признал «отдельные ошибки», допущенные им в 1938 г. 16 апреля 1941 г. нарком госбезопасности УССР П.Я. Meшик утвердил обвинительное заключение в отношении И. Кораблева, А. Запутряева, Л. Ширина[1538]
.26 апреля — 6 мая 1941 г. в здании Винницкого УНКВД состоялось заседание Военного трибунала войск НКВД Киевского военного округа по обвинению Кораблева, Запутряева, Ширина. Трибунал заслушал обвинительный приговор, а также свидетелей — бывших подследственных Б. Эпельбаума, П. Юрьева (секретарь Винницкого обкома партии) и других. Они рассказали о пытках и издевательствах со стороны сотрудников управления Майструка, Решетило, Надеждина, Запутряева, Ширина, Редера и других чекистов. Отмечалось, что на оперативных совещаниях в УНКВД начальники и отделы, которые давали наибольшее количество арестованных, назывались «ударниками». Говорили о «лаборатории», где проводились групповые допросы и избиения арестованных. Указывалось, что избивал Редер и заставлял избивать арестованных друг друга ножкой от стула или резиновым шлангом. Надзиратели били арестованных в тюрьме, во время сопровождения на допросы. Особенно усердствовал уже упоминавшийся Дьяков. Перед приведением в исполнение приговора комендант Леонид Наумович Бельский, бригада сотрудников, присутствовавшие чекисты избивали арестованных. Извращенцы и садисты заставляли имитировать половые акты с расстрелянными арестованных, которых впоследствии тоже расстреливали. Пример отношения к людям показывал сам Успенский. На совещании в Винницком УНКВД в апреле 1938 г. он заявил, что если арестованные — старики или инвалиды, то их надо расстреливать. После получения статотчета Винницкого УНКВД о социальном положении репрессированных, в котором было много колхозников, рабочих, служащих, Успенский звонил Кораблеву и предлагал «посадить» сотрудников, которые его готовили. Отчет переделали, включив перечисленных выше людей в графу «бывшие люди». Бесчеловечность, презрение к людям, брутализация и распад нравственных норм в чекистской среде отражалось в популярном сленговом выражении «троечный материал». Так называли обреченных на почти неминуемый расстрел арестованных, которых уже не считали людьми.