Сохраняя региональные Законодательные советы, новая конституция 1951 г. предусматривала выборность их членов. Такая политика регионализации способствовала возникновению политических партий на этнорегиональной основе. Возглавляемый Ннамди Азикиве Национальный совет Нигерии и Камеруна (НСНК) выступал с общенигерийских позиций, но опирался главным образом на поддержку ибо Восточной Нигерии. Среди йоруба, основного народа Западной Нигерии, популярностью пользовалась партия Группа действия (ГД) во главе с Обафеми Аволово. На Севере вне конкуренции был Северный народный конгресс (СНК). После отмены в 1952 г. не продержавшейся и года конституции представители трех основных политических партий разработали конституцию, которая еще больше усилила позиции регионов. После внесения некоторых поправок именно она стала основным документом, в соответствии с которым 1 октября 1960 г. Нигерия стала независимым государством, а в 1963 г. была провозглашена республикой.
Первое правительство независимой Нигерии опиралось на коалицию партий НСНК и СНК, премьер-министром стал представитель СНК Абубакар Тафава Балева. С 1963 г. пост президента занял Н. Азикиве. Оппозиция была представлена Группой действия во главе с О. Аволово. Региональные правительства возглавили: на Севере – лидер СНК Ахмаду Белло, на Западе – С. Акинтола из Группы действия и на Востоке – представитель НСНК М. Окпара. В 1963 г. на территории восточной части Западной Нигерии была образована четвертая область, Среднезападная. На состоявшихся в 1964 г. выборах в этом регионе победу одержала НСНК. В начавшейся борьбе за власть в начале 1960-х гг. распадались ранее сформированные политические альянсы. Впервые это произошло в 1962 г. в Западной области, когда после раскола Группы действия одна из ее фракций во главе с С. Акинтолой создала Нигерийскую национально-демократическую партию (ННДП), которая, вступив в союз с НСНК, в январе 1963 г. пришла к власти в регионе. К 1964 г. в этой коалиции наметился раскол относительно оценки результатов переписи населения 1963 г. Специалисты и руководство НСНК сочли их фальсифицированными. Они считали, что численность населения Севера была умышленно завышена на 10 млн чел., что гарантировало представителям этого региона большинство в парламенте страны. Несколько позже произошел окончательный раскол, и накануне декабрьских выборов 1964 г. возникла новая расстановка сил: СНК образовал коалицию с недавно созданной ННДП в противовес союзу между НСНК и Группой действия. Победу на выборах, сопровождавшихся многочисленными нарушениями, одержал блок СНК-ННДП, что привело к конституционному кризису и обострению борьбы за власть. В январе 1965 г. было сформировано новое федеральное правительство, в состав которого вошли представители СНК, ННДП и НСНК, а пост премьер-министра сохранил Балева. Новый политический кризис разразился в октябре 1965 г., когда в результате мошеннических выборов в Западной области к власти вернулась ННДП. Это спровоцировало волну беспорядков в этой части страны.
В январе 1966 г. группа армейских офицеров, состоявшая преимущественно из ибо, совершила военный переворот – первый в истории англоязычной Африки. В ходе переворота был убит премьер-министр Балева. Численность вооруженных сил была менее 10 тыс. чел., из которых офицерский корпус составлял около 500 человек. Авторитет армии в обществе был высок и федеральное правительство посчитало возможным передать бразды правления командующему нигерийской армией генерал-майору Дж. Агийи-Иронси, также ибо. В мае военное правительство обнародовало декреты о запрещении деятельности политических партий и превращении Нигерии в унитарное государство, что должно было ослабить набиравший силу регионализм. Четыре существовавшие области были разделены на провинции. Эти меры усугубили опасения северян относительно угрозы гегемонии ибо, и на Севере были спровоцированы этнические погромы. Уже в июле армейские части, состоявшие главным образом из солдат-северян, совершили новый военный переворот, в ходе которого были убиты Агийи-Иронси и ряд других офицеров, преимущественно ибо.
1 августа главой государства и правительства стал подполковник (позднее генерал) Якубу Говон. В сентябре правительство обнародовало декрет о возвращении страны к федеральной системе, в Лагосе состоялась конституционная конференция с целью выработки приемлемой для всех формулы сохранения единства. Но на Севере возобновились этнические погромы, гибель тысяч человек привела к массовому бегству ибо на Восток (до 2-х млн чел.). В этой ситуации представители Восточной Нигерии покинули конференцию. Новая попытка федерального правительства и властей Восточной Нигерии во главе с назначенным незадолго до этого губернатором Одумегву Оджукву найти компромиссное решение была предпринята в январе 1967 г. в нейтральном месте – г. Абури (Гана). Говон согласился осуществить радикальную децентрализацию федеральной системы, но соглашение так и не вступило в силу.