В последней четверти XIX в. усилилось вмешательство европейских держав во внутренние дела существовавших к тому времени на юге современной Нигерии многочисленных союзов
В Северной Нигерии Лугард ввел систему косвенного управления. Теперь «туземные власти» (представители местной традиционной знати, выполнявшие управленческие функции в качестве колониальных чиновников разного уровня) отвечали, в том числе и за сбор налогов, часть которых шла на содержание самих властей. В 1914 г. с началом Первой мировой войны Северная Нигерия и Южная Нигерия были объединены в целях создания единой управленческой и экономической инфраструктуры и уравнивания возможностей регионов. Но объединение двух протекторатов не сблизило Южную и Северную Нигерию, поскольку там продолжали действовать две независимые друг от друга администрации, работу которых координировал британский губернатор. В период войны система косвенного управления была распространена и на Западную Нигерию. На территории Восточной Нигерии она была введена лишь в 1929 г., когда англичане осознали ошибочность управления через назначаемых вождей, не связанных с системой традиционной власти.
За исключением созданного в 1922 г. Законодательного совета Южной Нигерии, в состав которого выбирались четыре представителя местного населения, в стране не было выборных органов власти. Такая ситуация сохранялась до 1946 г., когда была введена первая из трех конституций, предшествовавших независимости Нигерии. К этому времени значительные успехи были достигнуты в развитии экспортно-импортной торговли, которую почти полностью контролировали европейские торговые компании и выходцы с Ближнего Востока. Железная дорога связала административную столицу Лагос и важнейшую гавань – Порт-Харкорт с Севером, позже автодороги соединили Восток и Запад с Севером и Югом, значительные объемы грузов перевозились водным транспортом по Нигеру и его крупнейшему притоку Бенуэ. В Европу экспортировали пальмовое масло, арахис, оловянную руду, хлопок, какао-бобы и древесину. Продолжался процесс нигерийского общественно-политического развития, чему во многом способствовали встроенность в имперские институты, открывшиеся для нигерийцев возможности побывать за рубежом, получить современное образование, а также усилившиеся в период Второй мировой войны антиколониальные настроения. Нигерийские политические деятели выступали не только за ускорение экономического развития страны, но и требовали предоставления им больших возможностей для участия в управлении. Такие устремления совпали с послевоенными планами Великобритании.
В 1947 г. метрополия выделила ассигнования на реализацию десятилетнего плана экономического развития колонии. До этого, в 1946 г. вступила в силу конституция Нигерии. Она стала объектом критики со стороны нигерийских политиков антиколониальной ориентации, справедливо усмотревших в создании отдельных Законодательных советов для Севера, Запада и Востока намерение сохранить раздробленность страны. Критике был подвергнут и порядок отбора членов региональных законодательных советов, где большинство было гарантировано представителям «туземных властей».