Первые два года существования ФРЕЛИМО ушли на его организационное укрепление. В этот период Мондлане вел активную дипломатическую деятельность, чтобы заручится поддержкой ООН, ОАЕ и других международных организаций. В июне 1964 г. было принято решение о начале вооруженной борьбы против португальского колониального режима. Уже к 1968 г. повстанцы закрепились в двух северных провинциях – Кабу-Делгаду и Ньяса. Здесь ведущую роль в организации вооруженной борьбы сыграли представители этноса маконде. Кроме своей воинственности, они прославились и как искусные резчики по дереву, и на начальном этапе ФРЕЛИМО получал часть финансирования за счет продажи их поделок. В тоже время макуа, наиболее многочисленный этнос Мозамбика, оказались большей частью в стороне от активной антиколониальной борьбы. Среди них значительным влиянием пользовались представители традиционных властей, занимавшие должности колониальных «вождей» – режедоров. Именно северные районы страны, где преимущественно были расселены макуа, в последующем стали главной базой оппозиционного Мозамбикского национального сопротивления (РЕНАМО), на протяжении почти двух десятилетий ведшего войну против правительства ФРЕЛИМО.
Летом 1968 г. Мондлане удалось провести на территории Мозамбика второй съезд ФРЕЛИМО, на котором он выступил с докладом. Но 3 февраля 1969 г. антиколониальному движению был нанесен тяжелый удар – Э. Мондлане погиб в Дар-эс-Саламе, став жертвой террористического акта.
Смерть Э. Мондлане вызвала новый виток борьбы внутри руководства ФРЕЛИМО. Завершилась она лишь в мае 1970 г., когда новым лидером организации был утвержден Самора Мойзес Маше л, а вице-президентом – поэт Марселину душ Сантуш.
Под руководством С. Машела ФРЕЛИМО окончательно перешел к социалистической ориентации. Это выразилось в принятии следующих доктрин: совмещение партийного и государственного строительства; отрицание общественного устройства, основанного на эксплуатации, буржуазной морали; идея о переходе к социализму, минуя капитализм и т. д. В начале 1970-х гг. ФРЕЛИМО развернул боевые действия к югу от Замбези. К 1974 г. он уже контролировал четвертую часть территории всего Мозамбика. В освобожденных районах создавалась местная администрация, начинали функционировать школы и больницы.
Португальские власти принимали все возможные средства для подавления антиколониального движения. Одним из самых масштабных проектов по укреплению положения португальцев в Мозамбике стало строительство на реке Замбези плотины Кабора Баса, которая должна была позволить оросить 140 тыс. км2
земли. Однако большей частью они предназначались не для африканцев. Португальская администрация рассчитывала переселить сюда колонистов из метрополии и тем самым создать заслон на пути продвижения отрядов ФРЕЛИМО.С целью лишить партизан народной поддержки португальцы стали создавать так называемые «стратегические деревни» (
Освободительная война могла продолжаться еще длительное время, но события в самой метрополии ускорили ход истории. В апреле 1974 г. в Португалии произошла революция, и к власти пришло новое правительство, которое начало переговоры с ФРЕЛИМО, закончившиеся подписанием соглашения в Лусаке. В соответствии с достигнутыми договоренностями 25 июня 1975 г. была провозглашена независимость Мозамбика.
Первым президентом независимого Мозамбика был избран председатель ФРЕЛИМО С. Маше л. Конституция независимого государства, принятая в 1975 г., закрепляла курс на создание в Мозамбике основ социалистического общества, а также руководящую роль ФРЕЛИМО. Правительство провело национализацию внешней торговли, банков, учреждений системы образования и здравоохранения и большинства промышленных предприятий, был издан закон о землепользовании, согласно которому землей наделялись создаваемые крестьянские кооперативы.
На III съезде ФРЕЛИМО в феврале 1977 г. был преобразован в Партию ФРЕЛИМО. Согласно принятому уставу партия становилась ведущей силой государства и общества.
После провозглашения независимости Мозамбик покинуло большинство европейского населения (в основном португальцев), поэтому в сфере экономики, образования и медицины власти столкнулась с серьезными кадровыми проблемами. Следствием этого явилось закрытие многих промышленных предприятий, запустение сельскохозяйственных плантаций, сокращение объема гражданского строительства.