В 2000 г. была предпринята попытка объединения страны, когда представители полевых командиров, собравшись в городе Арта в Джибути, избрали президентом выпускника советского вуза Абдулкассима Салат Хассана. Однако ему отказались подчиниться полевые командиры. В 2004 г. Эфиопия пролоббировала создание альтернативного временного правительства, которое возглавил Абдуллахи Юсуф Ахмед.
В 2000 г. был сформирован Союз исламских судов (СИС), как оппозиция переходному федеральному правительству. Правление СИС, несмотря на ужесточение мусульманских норм, пользовалось поддержкой местного населения, однако вызывало озабоченность в других странах в связи с ростом угрозы исламского терроризма по всему миру. Местные бизнесмены, заинтересованные в экономической и политической стабильности, были на стороне СИС, а ношение строгой мусульманской одежды гарантировало женской части населения безопасность передвижения по городу. В период правления СИС был открыт международный аэропорт и морской порт в Могадишо, закрытые в 1995 г., начался вывоз мусора из столицы. В ноябре 2001 г. после терактов в Нью-Йорке администрация США запретила все финансовые операции, проводившиеся исламским банком Баракат, являвшимся главным оператором по переводу денег в Сомали. Поначалу это вызвало экономические проблемы, однако в результате привело к созданию сомалийских компаний и систем по переводу денег Дахабшил (Dahabshiil) и Хавала (Hawala).
К 2006 г. Союз исламских судов контролировал южные районы страны, вводя в них правление согласно нормам шариата, что встречало поддержку среди местного населения. Переходное федеральное правительство пыталось восстановить авторитет собственной власти с помощью эфиопских войск и миротворцев Африканского Союза, что в конечном итоге ему удалось сделать.
Союз исламских судов состоял из 11 судов шариата, каждый из которых обладал авторитетом в определенном районе Сомали. Цели и тактика лидеров внутри Высший совет исламских судов были различны. Так глава СИС Шариф Ахмед придерживался умеренных взглядов и видел целью деятельности Союза восстановление порядка в стране после 15 лет безвластия и войны. Два шариатских суда в составе СИС считались радикальными: один из них возглавлялся X. Д. Ауэйсом, подозреваемым в терроризме, другой лидер – А. X. Айро, прошедший подготовку в Афганистане, также считался террористом. Молодежное и военное крыло СИС – «Аш-Шабааб» («молодежь» – араб.), заявившее о себе в 2004 г., также не отличалось единством взглядов о принципах и идеях борьбы, каждый лидер отряда выступал от собственного имени.
Связь «Аш-Шабааб» с «Аль-Каидой» представляется очевидной, так как многие ветераны последней принимали участие в «Аш-Шабааб» и выражали готовность оказать ей поддержку. «Аш-Шабааб» была объявлена террористической организацией в США в 2008 г., позже в Австралии, Великобритании и Канаде. «Аш-Шабааб» отрицала необходимость гуманитарной помощи в Сомали, расценивая ее как «политически мотивированную пропаганду»[89]
: было запрещено ввозить гуманитарную помощь в рамках Всемирной продовольственной программы, так как, по мнению руководства «Аш-Шабааб», наличие иностранных продуктов ухудшало условия развития местного бизнеса на рынках страны.В феврале 2007 г. в Сомали началось размещение миротворческих войск Африканского союза – АМИСОМ (AMISOM). Хотя их численность планировалось довести до 8 тыс. чел., на самом деле лишь Уганда и Бурунди отправили в Сомали по одному батальону.
В 2009 г. члены «Аш-Шабааб» провели серию терактов против членов Переходного Федерального правительства во главе с президентом Шарифом Ахмедом, убив трех министров. В 2011 г. медиа указывали на возможную связь членов «Аш-Шабааба» и сомалийских пиратов для приобретения оружия. «Аш-Шабааб» вел активную вербовку по всему миру, включая пропаганду своих идей через социальные сети.