К 1990 г. положение в Сомали ухудшилось, начался террор: велась слежка, производились ночные аресты участников оппозиции, запрещалось собираться группами более трех человек. Барре умело манипулировал клановыми противоречиями, не давая оппозиционным его правлению партиям и движениям объединиться. Как следствие, им удалось установить контроль только над территориями проживания собственных кланов. В 1989 г. наиболее авторитетным представителям основных кланов все же удалось объединиться и создать Национальный Совет по примирению и спасению Сомали. В изданном ими манифесте выдвигались требования отстранения С. Барре от власти, передачи полномочий временному правительству и назначения многопартийных выборов.
В конце 1990 г. С. Барре объявил чрезвычайное положение, однако в январе 1991 г. он был отстранен от управления страной и бежал. Началась борьба за власть. Объединенный Сомалийский Конгресс назначил Али Махди Мухаммеда временным президентом и предложил всем остальным антиправительственным группам совместно обсудить вопрос о формировании нового правительства. Глава Национального Альянса Сомали Мухаммед Фарах Айдид отказался принимать участие в конференции в Джибути. Так Али Махди был приведен к присяге в качестве президента Сомали в августе 1991 г. сроком на два года. Он был официально признан многими государствами, однако мог контролировать только центральные районы столицы. Вражда между клановыми группировками нарастала, и Сомали перешло в разряд «несостоявшихся» государств (failed states), находящихся на грани гуманитарной катастрофы.
Наряду с этим начался процесс децентрализации Сомали. Сразу же после свержения С. Барре в 1991 г. о своем отделении заявил Сомалиленд. До настоящего времени он продолжает существовать как самопровозглашенное и не признанное на международном уровне государство на северо-западе Сомали в пределах бывшего британского протектората, несмотря на вполне успешное экономическое развитие и внутреннюю стабильность. В 1998 г. о своей автономии заявил Пунтленд – территория на северо-востоке Сомали, Галмудуг в центральном Сомали заявил об автономии в пределах федерации Сомали.
В январе 1992 г. Совет Безопасности ООН принял Резолюцию 733 о запрете ввоза в Сомали оружия. Новая Резолюция 751 положила начало миротворческой миссии ООН в Сомали. Эта миссия позднее получила название (УНОСОМ I), в ней насчитывалось 3500 военнослужащих, 700 гражданских лиц и 50 военных наблюдателей. На этом этапе предполагалось обеспечить безопасную доставку и распределение гуманитарной помощи, которая доставлялась в Сомали, в рамках миссии (УНОСОМ I). В операции принимали участие представители более 20 стран. 3 декабря 1992 г. в Совете Безопасности ООН по инициативе США была принята новая резолюция 794, приостановившая деятельность миротворческой миссии ООН и передавшая власть военному командованию США. Согласно этой резолюции, миротворцы получали права обеспечивать доставку и распределение гуманитарной помощи любыми средствами. В рамках этой резолюции была начата операция «Restore hope» («Возрождение надежды»). В рамках новой миссии миротворческих сил ООН были задействованы войска из разных стран, общая численность которых достигла 37 тыс. чел. В результате, 40 % территории было взято под их контроль. Цель миссии была практически выполнена. Под давлением США 15 марта 1993 г. была начата мирная конференция в Аддис-Абебе (Эфиопия), на которой все группировки в Сомали согласились прекратить огонь.
Затем начался второй этап миссии, целью которого ставилось прекращение гражданской войны в Сомали. Однако войска ООН не смогли сохранить нейтралитет и вмешались во внутренние межклановые конфликты. Миротворцы ООН начали подвергаться нападениям: в одном из боев в Могадишо в октябре 1993 г. погибли 18 американских военнослужащих, в результате чего президент США Билл Клинтон был вынужден заявить о выводе американского контингента из Сомали не позднее марта 1994 г. Миротворцы других стран также покинули страну. Цель миссии не только не была выполнена, но имиджу США был нанесен серьезный ущерб, ситуация внутри Сомали ухудшилась.
После вывода миротворческих сил из Сомали Μ. Ф. Айдиду и Али Махди удалось на время договориться о прекращении боевых действий. Айдид при поддержке Ливии был провозглашен президентом в 1995 г., однако в 1996 г. от тяжелых ранений, как сообщалось по местному радио, он умер. Место президента занял его сын, Хуссейн Айдид – натурализовавшийся гражданин США. В 1997 г. была предпринята попытка проведения мирных переговоров между руководителями группировок при участии и поддержке Эфиопии. Президент Сомалиленда отказался принимать участие в переговорах, как и Айдид, не доверяя Эфиопии. В 1998 г. Айдид и Али Махди заключили перемирие, чем были недовольны старейшины некоторых кланов.