Но очень скоро война возобновилась. Отколовшаяся от КПСМ фракция «истинная» КПСМ 15 сентября 2012 г. атаковала города Сибут, Дамара и Декоа. В ноябре 2012 г. она создала вместе с двумя другими группировками (СДСО и Патриотической конвенция ради спасения Кодро) коалицию «селека» («союз») во главе с Мишелем Джотодиа, которая начала крупное наступление против правительственных сил. 10 декабря повстанцы захватили Нделе, Сам-Ванджиа и Вадда, 15 декабря – Баминги, 19 декабря – Кабо, 23 декабря Бамбари, 25 декабря – Кага-Бандоро.
26 декабря они подошли к Дамаре в 75 км от Банги. 27 декабря Бозизе обратился с призывом о помощи к международному сообществу, США и Франции. Париж ответил отказом, но Чад и ЮАР отправили воинские контингенты для защиты столицы, другие члены Экономического сообщества стран Центральной Африки (ЭКОЦАС) также обещали прислать подкрепления.
29 декабря повстанцы взяли Сибут. Под их контролем оказалась большая часть страны. 30 декабря Бозизе объявил о намерении разделить власть с «селека». 8 января 2013 г. повстанцы сообщили о прекращении наступления. 11 января 2013 г. в Либревиле при посредничестве ЭСГЦА было заключено соглашение о перемирии и политическом урегулировании. 17 января Бозизе назначил главой правительства оппозиционного адвоката и правозащитника Никола Тьянгае. Однако уже 23 января обе стороны обвинили друг друга в нарушении договоренностей. В марте повстанцы возобновили наступление, 22 марта они захватили Дамару и Боссангоа, а 24 марта заняли столицу Бозизе бежал в ДКР, а затем в Камерун. Франция увеличила свой военный контингент до 600 человек и установила контроль над международным аэропортом Банги. 25 марта Джотодиа провозгласил себя президентом и 27 марта переназначил главой правительства Тьянгае. 3 апреля лидеры африканских государств отказались признать Джотодиа президентом и потребовали формирования Переходного совета (парламента), который изберет временного главу государства, и проведения всеобщих выборов в ближайшие полтора года. Джотодиа принял эти условия. Созванный им Переходный совет 13 апреля избрал его главой государства.
Тем не менее, спокойствия в стране не наступило. ЦАР оказалась во власти вооруженных формирований, фактически никому не подчинявшихся. Административные, полицейские и судебные структуры распались. Внесудебные расправы, тайные убийства, похищения людей, пытки, грабежи, изнасилования, использование несовершеннолетних в качестве солдат стали повседневным явлением. Число беженцев достигло 400 тыс. Сторонники Бозизе организовали христианскую милицию «антибалака» («антимачете»), которая с августа развернула военные действия против «селека». В сентябре Джотодиа объявил о роспуске «селека», но большинство составлявших ее отрядов отказались подчиниться.
Сообщения о расширении масштабов насилия и массовых убийствах побудили СБ ООН 4 декабря санкционировать отправку в ЦАР французских и африканских соединений для защиты гражданского населения. Французский военный контингент (1200 человек) и африканские миротворцы (3,5 тыс. чел.) приступили к патрулированию столицы и разоружению незаконных вооруженных формирований (Операция Сангарис); в апреле 2014 г. к ним присоединились войска стран ЕС. Однако это не привело к прекращению конфликта. Столица стала ареной столкновений между христианскими и мусульманскими боевиками и погрузилась в полный хаос. Имели место даже случаи каннибализма. Тысячи местных христиан укрывались в столичном аэропорту под защитой французских солдат. Под давлением Парижа и африканских государств Джотодиа и Тьянгае 10 января 2014 г. подали в отставку. 20 января Переходный совет избрал временным президентом мэра Банги Катрин Самба-Панза, не связанную ни с «селека», ни с «антибалака», которая стала первой женщиной – главой Центральноафриканского государства.