Казалось, Патассе сумел укрепить свои позиции и справиться с политическим кризисом. Однако в конце 1990-х гг. экономическая ситуация вновь стала ухудшаться. В 2000 г. ВВП сократился на 2,5 %. ВВП на душу населения снизился с 273 долл, в 1999 г. до 245 долл, в 2000 г. С апреля
2000 г. большинство из 19 тыс. работников госсектора опять перестало получать зарплату, что вызвало новую серию забастовок и демонстраций, нередко сопровождавшихся беспорядками и столкновениями с полицией.
28 мая 2001 г. группа военных – «южан», связанных с Колингбой, попыталась свергнуть президента; был убит начальник штаба армии Абель Абру, однако Патассе обратился за помощью к Ливии и конголезскому повстанческому Движению за освобождение Конго; ливийские и конголезские отряды разгромили мятежников в Банги. 1 июня верные президенту войска с помощью подкреплений из Ливии захватили главную базу мятежников в Кассаи к югу от столицы. Началась чистка офицерского корпуса от «южан». В конце августа был брошен в тюрьму министр обороны Жан-Жак Демафут. 3 ноября президент приказал арестовать нового начальника штаба армии генерала Франсуа Бозизе, который, однако, сумел бежать в Чад, а затем со своими сторонниками начал военные действия против правительственных сил. Гражданская война возобновилась, президент фактически сохранял контроль лишь над столицей. В конце ноября 2002 г. Бозизе пытался захватить Банги, но потерпел неудачу. Однако 15 марта 2003 г., воспользовавшись визитом Патассе в Нигер, повстанцы сумели беспрепятственно занять столицу. Бозизе объявил себя президентом, отменил конституцию и распустил парламент, заменив его назначенным им Национальным переходным советом. 5 декабря 2004 г. более 91 % избирателей одобрило новую конституцию, предусматривавшую переход от президентской к полупрезидентской форме правления (Пятая республика); срок полномочий главы государства ограничивался 5 годами, он имел право однократного переизбрания. На всеобщих выборах весной 2005 г. главой государства во втором туре был избран Бозизе (64,6 %). Относительное большинство мест в парламенте (42 из 105) завоевала пропрезидентская коалиция «Национальная конвергенция Ква-На-Ква»; ДОЦН свергнутого Патассе получило 11, ЦДО Колингбы – 7 мандатов.
Приход к власти «южанина» Бозизе не прекратил гражданскую войну, а только обострил ее: против нового режима на севере страны в 2004 г. развернул «войну в буше» Союз демократических сил ради объединения (СДСО) – коалиция трех повстанческих группировок, состоявшая преимущественно из представителей северо-восточного этноса гула и пользовавшаяся симпатиями мусульманского меньшинства населения. В январе 2006 г. на северо-западе начала военные действия новая повстанческая группировка Народная армия восстановления демократии (НАВД), созданная из сторонников Патассе и отрядов самообороны северо-западных этносов ЦАР. В ноябре 2006 г. войска СДСО захватили несколько городов на северо-востоке страны (Сам-Ванджиа, Вадда) и предприняли наступление в южном направлении на Бриа. Около 212 тыс. чел. бежало в Чад, на юг страны или укрывалось в буше. Однако вмешательство Франции резко изменило ситуацию. Дважды (в ноябре 2007 г. и в марте 2008 г.) французы срывали попытку повстанцев овладеть Бирао на самом севере страны. Это сделало СДСО более сговорчивым. 13 апреля он пошел на соглашение с правительством, которое предусматривало амнистию его членов, их интеграцию в состав национальной армии и превращение организации в политическую партию. В ЦАР были размещены миротворческие силы ООН. В марте 2008 г. к мирному процессу присоединилась и НАВД, заключившая 9 мая перемирие с властями. 21 июня в Либревиле было подписано общее политическое соглашение между Бозизе, СДСО и НАВД о разоружении повстанцев, амнистии и создании правительства национального единства с участием повстанцев.
В сентябре 2008 г. была объявлена всеобщая амнистия. В январе 2009 г. в правительство было введено по одному представителю от СДСО и НАВД, которые, однако, назвали этот шаг «недостаточным». В марте в столице было расквартировано 250 французских военнослужащих. Политическая и экономическая ситуация стала постепенно стабилизироваться. Экономический рост в 2010 г. составил 3 % (в 2009 г. – 1,7 %). В мае 2010 г. СБ ООН счел возможным вывести миротворцев из ЦАР. На всеобщих выборах 23 января 2011 г. Бозизе одержал победу над вернувшимся в конце октября 2009 г. из эмиграции Патассе (64,4 % против 21,4 %)[92]
.25 августа 2012 г. последняя повстанческая группировка – Конвенция патриотов ради справедливости и мира (КПСМ), возникшая в октябре 2008 г., – заключила мирное соглашение с правительством.