Дудаевцы, занимая непримиримую позицию, использовали переговорный процесс для активизации своих действий. Заведомо проигрышная позиция России в конце концов привела к деморализации армии и дезориентации политического руководства страны. В результате российские войска пришлось вывести из Чечни, фактически позволив боевикам взять под контроль и территории, в которых имелось преимущество оппозиции, а также бросить на произвол судьбы попавших в плен российских солдат и русское население Чечни. Лидеры чеченских бандформирований фактически получили возможность по своему усмотрению организовать жизнь в Чечне.
Окончание войны в августе 1996 г. было связано с ожиданиями спокойствия и постепенного умиротворения на Северном Кавказе. Именно на это рассчитывали те, кто готовил разного рода договоры и протоколы, подписанные высшим руководством России и лидерами чеченских сепаратистов. Ожидания, как показали дальнейшие события, оказались напрасными.
После вывода федеральных сил с территории Чеченской Республики руководство Чечни в главе с З.Яндарбиевым приступило к реализации жесткого антироссийского курса и подготовке планов дестабилизации ситуации в регионе, нацеленных на полный отрыв Северного Кавказа от России. Постоянными стали похищения людей, убийства участников международных благотворительных миссий и работников российских правоохранительных органов, вооруженные провокации на административной границе Чечни.
Заключение Хасавюртовского мира вновь обострило в Чечне конкуренцию между различными вооруженными группировками, которые закрепили свои зоны ответственности в качестве феодальных уделов. Единство между группировками наблюдалось лишь в общем “синдроме победителей” — тотальном уничтожении всех признаков российского влияния, репрессиях против сторонников оппозиции, русских общин и казачьих организаций. Руководство Республики проводит широкомасштабные мероприятия по выявлению лиц, содействовавших федеральным властям. Особенно сложная межнациональная обстановка складывается в Шелковском и Наурском районах, где боевики всячески преследуют русскоязычное население. Сразу после вывода российских войск безвестно пропали сотни русскоязычных граждан. Их домовладения заняли чеченцы.
Поводом для возобновления внутричеченского конфликта уже в конце 1996 года стал вопрос о модели государства и взаимоотношений. Но Аслану Масхадову удалось оперативно провести выборы и стать в феврале 1997 президентом Чеченской Республики. Признание Кремлем законности проведенных выборов фактически означало, что Чечне предоставлена реальная независимость. Надежды на демонстрацию преимуществ статуса субъекта Российской Федерации не оправдались, поскольку авторитет закрепившихся у власти группировок был основан только на конфронтации с Россией и безусловном обеспечении государственной независимости Чечни. Отложенный вопрос о статусе Чечни в ней самой считался решенным.
В течение 1997 года Чечня была исключена из сферы внимания российских политиков, стремящихся забыть провал военной операции. Именно поэтому практически полностью была проигнорирована информация о стремительной криминализации Чечни, а также об использовании этого неподконтрольного Москве анклава в качестве базы для российских преступных группировок. Чечня стала перевалочной базой для торговцев оружием и наркотиками, местом, где скрываются преступники, объявленные в розыск. Сюда переправлялись краденые автомобили, возобновлялось производство оружия, наркотиков, фальшивых денег и документов. Захват заложников превратился в выгодный промысел.
В условиях обострения противоречий между полевыми командирами, закрепившими за собой различные территории, и Грозным, Масхадов предпринимает попытки добиться компромисса путем включения в состав правительства наиболее признанных лидеров оппозиции. 1 апреля 1997 он официально объявил о назначении первыми вице-премьерами М.Удугова, М.Дошукаева и террориста Ш.Басаева. Неоднократные чистки в чеченском правительстве, завершаются к концу года его роспуском и формированием в новом составе под руководством Басаева.
Влияние Басаева в Чечне подтверждает и серия терактов — взрывы на вокзалах в Армавире-2 и Пятигорске, повлекшие за собой человеческие жертвы, а также нападение чеченских боевиков 22 декабря 1997 происходит на воинскую часть в Буйнакске, которое сопровождается человеческими жертвами и большим материальным ущербом.